Basic Information

Symbol
ZFR
RNA class
mRNA
Alias
Zinc Finger RNA Binding Protein SPG71 ZFR1 Zinc Finger RNA-Binding Protein M-Phase Phosphoprotein Homolog HZFR
Location (GRCh38)
5:32354350-32444761
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_016107.5
Sequence length
4717.0 nt
GC content
0.4200

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1329.1 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1423.75 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1305.62
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_016107.5 NCBI
CUGUUCUCCGCUGAGGAGGAGCGGGGCAGAGGAGGGAGGCAGCGGGUGA… 4717 nt 0.4200
Summary

This gene encodes an RNA-binding protein characterized by its DZF (domain associated with zinc fingers) domain. The encoded protein may play a role in the nucleocytoplasmic shuttling of another RNA-binding protein, Staufen homolog 2, in neurons. Expression of this gene is regulated through alternative polyadenylation that mediates differential microRNA targeting. Elevated expression of this gene has been observed in human patients with pancreatic cancer and knockdown of this gene may result in reduced viability and invasion of pancreatic cancer cells. [provided by RefSeq, Sep 2016]

Forensic Context

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