Basic Information

Symbol
ZMYM3
RNA class
mRNA
Alias
Zinc Finger MYM-Type Containing 3 DXS6673E Zinc Finger Protein 261 ZNF198L2 KIAA0385 ZNF261 MYM Zinc Finger MYM-Type Protein 3 Zinc Finger, Myeloproliferative, And Mental Retardation-Type 3 Zinc Finger, MYM-Type 3 XLID112 XFIM
Location (GRCh38)
X:71239617-71255269
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_201599.3
Sequence length
5536.0 nt
GC content
0.5466

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2019.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2120.98 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1006.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001171162.1 NCBI
CAGACAAGGACAGAAAGGGGGCUGGAGGAGAAAGAGAGAGAGAGAUACA… 6136 nt 0.5486
NM_001171163.1 NCBI
AUUGAGGGGGGCGGACGCCGAGGGGGUGAACACGAGUGGGAAGCUAAGA… 1930 nt 0.5596
NM_005096.3 NCBI
AUUGAGGGGGGCGGACGCCGAGGGGGUGAACACGAGUGGGAAGCUAAGA… 5611 nt 0.5457
NM_201599.3 NCBI
AAAGGGGCCGCGACCCCUGUCCCGGCUGCUAGGGAGGGAGGUAGAGAAG… 5536 nt 0.5466
Summary

This gene is located on the X chromosome and is subject to X inactivation. It is highly conserved in vertebrates and most abundantly expressed in the brain. The encoded protein is a component of histone deacetylase-containing multiprotein complexes that function through modifying chromatin structure to keep genes silent. A chromosomal translocation (X;13) involving this gene is associated with X-linked cognitive disability. Several alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2010]

Forensic Context

A study in rhesus macaques identified the ZMYM3 as a differentially expressed gene downregulated in left ventricular tissue from animals with hypertrophic cardiomyopathy compared to healthy controls [Rivas et al. DOI:10.1038/s41598-024-82770-4].