Basic Information

Symbol
ZNF644
RNA class
mRNA
Alias
Zinc Finger Protein 644 KIAA1221 BM-005 MGC60165 MGC70410 Zinc Finger Motif Enhancer Binding Protein 2 Zinc Finger Motif Enhancer-Binding Protein 2 MYP21 ZEP-2 Zep-2 NatF ZEP2
Location (GRCh38)
1:90915298-91022376
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_201269.3
Sequence length
5541.0 nt
GC content
0.3590

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1273.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1387.39 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1919.56
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((...(((..((..((((((((...((((((((.....(((((.(..((((((((.(((...((((((((((((((((.(((((....((................(((((((...((..((((.(((....(((..(((((((((((((.(((((.......)))))........(((((((..................((((.......))))..)))))))....................(((.(((((.(((.....((((.((..(((((((((..(((..((((....))))..)))......(((((((...(((...(((.(((((.........((((.((((((((..(((....((((((((((..((((((((.((.((((((((..(((((.(((..(((.....)))..)))))))).....................((((..((((.((........)))))))))).(((((...((.((.(((((.((((..(((..((((..((((((((((((...))))))).)))).)..))))..(.(((((...(((...((((((((((.((((......(((((...((((((((((.((((...(((..........(((((((((((((((...(((...(((.(..((.((.....(((........)))....)).))..)))).....)))...))))))))))))))).))).))))..))))).)))))........((((((....))))))...((((...))))...(((((((((..((((((.(((.....((((((.((((((((..(((....(..(((......(((((...(((((((((((....(((.......)))...)))))))........)))).)))))......)))..)......)))((..((((((.....((((......))))..))))))..)).(((.(((((((((((.......................((((.((((.((........)).)))))))).(((((..((((((((((..((.((.((((((....(((........)))..)))))).).).))...)))))(((((........)))))..........(((........))).....(((((.(((((.((((((........(((((((.............))))))))))))).)).)))))))))))))..))))).((((((((.(((((...((.(((((((.((((((((((........)))).....))))).).))))....(((.(((((((((((.((...((((.(((((((((........))).)))))).))))...))....))))))))))).)))(((((......)))))((((..((....(((.(((((.....(((....))).....))))).)))....))..))))))).))...)))).).))))))))..(((((...)))))......))))))))))).))))))).)))).)))))).........))).)))))).)))))))))....)))))......)))).)))))))))))))..(((((((((((((.......))))))))))))).............((.((((((.....)))))).))(((((((((.........))))))))).....(((((........)))))...............))))).).))))))).))))).)).))...)))))......))))).)))...)).)))))))).))..))))))))...)))......(((((((...)))))))..)))))))).))))(((.(((...))).)))(((.((((..(((((....)))))...)))).)))...((((.((..(((((((((.....(((.((((................(((.......)))..........((((((....((.((((((..........))))))))...))))))......)))).))).....)))))))))..)))))).(((((.........((((((((.(((.(((((((((..(((...((.((((...((((.(((((..((((((....(((..(((((..((((...............(((.......))).((((((((...........(((..(((....)))..)))...(((.....)))..(((((((......)))))))(((((..(((((((((((((..........)).))))..)))))))..))))).....((((((..((......))..)))))).....(((((.((((((.........................(((((.((((.......((((.((....((((((((.(((((((.......((.(((.((((((...(((((.(((((............(((((..((((((.(((((.(((.....((((((....))))))..((((((((..(((((((....)))))))))))))))((((((((((((.............(((....))).(((((((.....((((((.((....((((((.((((.((..(((((...(((.(((.....)))...))).)))))..........(((((((((..................(((((((...((....(((((..(((..((((.........))))..))).)))))...))....))))))).(((((.....((((((...(((..(((.....((...(((.((((..........)))))))...))..))).)))...))))))..))))))))).))))).(((((((..((((......))))..))))))).....)).)))).)))(((((...(((((((...))))))))))))...)))...)).))))))..)))))))....))))))))))))........))).))((((((((((((..................)))).....))))))))..))).))))))..)(((((....)))))....((((((.....(((((((((...(((((....((.(((.((((((((((.((((.(((..(((((((((((((((((((....)))..))))))))))........)))))).....))).)))).)))......((((((........))).)))...))))))).))))).((((((....((((((((..............)))).....)))).....))))))..........)))))..)))))))))....))))))((((....)))).))))............)))))..)))))..))).))))))..))..........)))))))...)))).)))))).)))).......))))))))).(((......))).)))))))))))........(((((.(.(((((...((((.......))))...))))).......((((((((.((((((((.(((((((..((........)).)))))))((((((.(((((...((((((.((..(((((.(.(((((((.(((.(((.(((..((((((...(((((.((((((((..(((.......)))...))))))))..........((..(((((.((((............)))))))))..))...((..((((.........))))..)).((((....)))).....(((((((.........((.((((((((((((((((((((((((..((((....)))).....))))))))))....(((..((((((.......))))))..)))...(((((((.(..((.......))).)))))))....))))).......))))))))).))........)))))))...)))))...))))))..))))))..)))...))))...))).)))))).....))..))))))..))))).)...))))).))))))))))))))))((.((((...((.(((((((..........))))))))))))))).....(((((((.(((((..((.((((((....(((((.(((((((((.....((.((((((((...)))))))).)).....)))...)))))))))))....)))))).))....))))))))))))........).))))).(((((..(((((............))))))))))))))))))..))))..))))).)))......))))))))))))))))))).)).....)))..))))).))))..........((((((...((((((((((...)))))))))).))))))...))).))))))))...........)))))))))).)))..)))...)))))))..........(((.....))).(((((((........))))))).)))))))))))))))...)))))))))))..(((((((....)))).)))((((((((......(((((.(((((..(((.((.(((..(((((((.((((((((((((...((((.(((....))).))))))))).)))))))(((((((((...)))))))))..(((((((((((((((((((...((.((((((....))).)))..))...))))).(((((((((..(........)..))))))))).......(((((((...)))))))(((((...((..(.((((......((((((...((((.((((...(((((..........)))))...)))).))))....))))))......)))).)..))...))))))).))))))))))))..)))))))..))).)).)))..))))).)))))))))).))).....))))))).))))))...)))))).))))..)))))))))............(((((((((((((..(((((((((((((........))).))))...))))))..))))))))).)))).))...))))))).)))...))).))))).))))))..)))))))).).)))))...)))))))).((((((((....(((((((..((((...((((((((....))))))))..................(((((((......(((....((((((....))))))....))).........))))))).))))..))))))))))))))).((((((((.....))))))))))))))))..))..)))..((((((.(((((.......)))))...))))))...............)))))))((((((((((.((((((.....(((((...)))))...............)))))))))..)))))))....(((.(((((........))))).)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((...((({,,,..{{{{||||}..((((((((.....(((((.,..((((((((.{((,,.(((((((((((((({(,((((,...,|||,...|||,,,,,..{((((({{,,((((((,(({{..,,,{{|({((.(((({.,,,,,.(((({.......)))))........(((((((.{((({,........}}}|||{.......}}}}..)))))))...........{{||{|},,,,}}}.{{{{{{{..........,({((({((,,,,,,||}..,|||||,|||{{.,||||},,..(((((.....)))))..,||{|||||||||,,},||{.(((.(((.(((((((((((,{{....}}|(((((((((((..(((((.{.((((((.{((({{((({,{{({|{,,|||{|.....,,..,{{......,,,...,||{|||||{.,,,,..,,|||{({{{{||{{|((,{{{{{....,{{{,....}}}}|,,..,,}}},,{{{{{{|||||,,,,)))))),)))}.,,,|||{.{||{{|,,..{.....}},,..,,||||},.,}.}},}{{|{,,.,)))}.(((((.(({{,{{(({..........{((((((((((((((...((({,,{((.(,,{|.{||{{,.{{,..,,....}}|..||}}.}),,,))).,,,.},,...))))))))))))))).)))}))))..))))}.}))))}...,,.}||}},)}}....)),)))))).}..})))).))))).))))))}.,,.(((((((((.(((....,{{((((...)))}.....,}}),,,)}}.})))}..})))).,,..)))))))))))....))).)))..,|||{,{{|||||||{|||||,........,.,{{{,....,{{{({,((((((.....((((......))))..))))))..,|{((({{{(((({{{,..,,,,.,,,,...{{{{{{{{{{({{{.,|||||,...,....,|,,(((((((.....)))).))),,,,,..,,|||,||..,,..{(((({({{{,.,{{...,}}},..(((((((((((,{(((({,...|}}..}}|||,...........}}},.|||{{{{{,{{{,{.,,,,,|||.|}}}}}},..{((,(((((((,,.....,{{...,))),,},}))}}}}}}}})))))))))))..,{({{,((((({{{,..|{({{|{{{{{,,{{{...,(((({....|{{{..(((((((((({{(((({{{{,{{,,(((.(((((((((((.({,..((((.(((((((((........))).)))))).}))).........))))))))))).))),{{((|{.,||||,||||||..||||{{{(,.(((({..{{{...((,...,||,...,,.}})}},.}}...}}},,|))|},.},)),)})},)))}}},..(((({,,.||}}}...((((((((,{{{,,,({(({{{{||{|||((,{((((((,,..,{{{,,.,,..,.,|||{|||,,(((|,......}}||............|||,,{((((((((((((.......))))))))))))}.{,.....,,...((.((((((.....)))))).))(((((((((.,.......))))))))),}},,||||{.......,|||||,..,||||,......{,.,,,,{|{.,{|{{|||{{{({{(({,{{||,.........,,,.,,},|....,,,,}))},))}}}}}}))},},,,,.......(((((({...})))))),,))))).)}}.}}}||.,|,,.,}}}}}),,|||.||||},(((((....)))))...,,,,.}},...,|,||||||{|||||{{,.{{{.,.(((((....}}}}}...,.....,,.......,)),..,,,,,,.((((((....{{,((((({...,....,,)))))))}...))))))......,,}}.,,,..,,.}))))))}),}}})))}}.}}|||,.,,,,,,,,,|},...(({{,{,..{((({(((({,..(((((({{{{...{{,,{,,...{{{({{{,(,,{,...,,,,{{{{..........||,{{.{(((..,{,.{{....}}.}}|...}}},}}.(((..(((....)))..)))...(((.....)))..(((((((......)))))))(((((..(((((((((((({..........}),,))}.,)))))))..))))}.....||||||}}|.}}}.,}}...},,)))})))))){{((((((.{(((((..(((((.((((({{(((.((((((,.{{(,....(({(...{{{...,))),|||,,,{||{..,{,,,{(,,...,|..|||,|....,,},}.....,}}.,)))..)))}.}}}}},.})))),,)))}}..)))))}(((((((((,,{,.((((((((..(((((((....))))))))))))))}.,,..{{{{,......}}},.))))))))).........}}}|||||,{{{|||,.}},|||},(((({(....))},|||,.,,|(({((({{{{{|||{,.,||.|||||.......,,..{{{,{{{{{{{{...{(((((((.,.....,,.)))).)))}(((((..(((..((((.........))))..))).))))).....,|||||||||,,{{{,,...,.,|{|||,|}||||||||,....||,,.(((.(((({,.....}},}))))))...}|..,||,}}},.||||}}},,,,|,{||,||{{|||||{{{{{{..((((.,,,.,}|||..}}}|||,|,,,||{||||,..,,(((({,({{({((((...)))))))))))}........},|||,}}}})))))}}}}..,||||||}}|||,|||{||||||,,{{|((((((({(({{..,........,..,,..})}}.....})}}))}}|||....,|||{}|}(((((....)))))....,,||||..,,,||||||,{({{{((,,,.....}}}}|},,,,,,.((({(((({,(({{(({((((((((((((((,,....|||,,||||}}}|||,....,,{}}}})),....,},.,|||,|,|{{{...{(((((,.......|}}|}},.|||||}}||{|{{{{,{{(((({{...,,,,,{{..............}}}}...,{||||,..,,|}}|||,},}}.,,,.,||}|,,||}|}|}}}.....,,,{((.(((((.,(((((,{{........,}}.)))))....))))).))}..,..,||||},||,,.||.|||{,.,}}|||||||||||,,,)},|,{{,{{{(((({({..((({{.........,,............,,.....,{{{..,))}...}}||,}}}}}}})))...,}.,,.,..,}}||{,,,,...,{{((((((((((((..{(,....,}.}}.)))))))}|,....||||{...|||||,.||..||,{|}|,|||||||.||,.{{|}|||}}|||{{,.,}||{|}}||||||{|,..|},,},|||||{,....,{{{(((((((.{(...{,.{,((({...,.}}}}.....}...,)).))))))).))|(..((((.........))))..)}.,|||}}}})),)}}}}}}))})}}}}}}.))).||.{||{{|||||||||((((((((((,,((((....)))}.,}}.)))))))))),,,.(((..((((((.......))))))..))),},{{{{{||,|,||{,,,,.|||.},))))}}}....})))).......}}})))})).))}}}}}.,|....}))}})))))....,,))))}}||||,,.})))...,,,)}}}))}.,))))),..,.}}|,||}}}},})))}}|}...}}}||,|,)))))}}))))}}},..,,||.,,,,.|||{|||,,,.....,,}}})))}....|||(((({.(((((({{((((({{({.((((((....(((((.(((((((((.....((.((((((((...)))))))).)).....,.))}))))))))))))....)))))).}}}}}.))))))))))))..,,....,,|,{({,(((((..(((((..,,.....,..))))))))))..}})).,(((((((((({.{(((..{{{..(((.....)))..))}.)))}.....})).)))))))))))))).,,...,,{(((((.,.{(((((((((...)))))))))).)))))},}}}||||||||},.,,}}}}})}.}})))))),....||,..,|,,,}}}))})))}....}},,))},)))),}}||||||{.}}}}},.,,,,}}}.})))})||||,,},|||.}}}}}|((((((.(((((((((((({(({.((.((((((((,(((((((.((((....)))).))))))).})))))...)).))}})).)))))))))))).)))))),,||||||{{{{{.{((.(((((((({...})))))))).))}.)),))))).}}|||,{...{{,((((({....))).)))...,,,,))))}.(((((((((.,{........,,,))))))))).......(((((({...})))))),|||||||,...,}},}}}}}},}}})))).,}}))}})))))}}}}}}...,,,...,,}}))}}})})))}}))),)))),)))))}}}},},}}..|||{{{..{((((.....)))))....,,,,,,,,,.}},,,,}))))}}}||))|,|((((((((((((.......,.......,,,,,|,,.,{({{,.....,}||||.....,)}},..............))))))))))))}...,,,,..})))))},}))))))))}},|||,,{{{{{{{{{{{...,))))))))))}.))),..})).))))),,)}},}..)))))))).}.)))))...)))))))).|{{((((({...{((((((.,({{{.,.{{((({{{...,}))))))}.,,...........,,..{|||||,......(({....((((((....))))))....}}}..,......}}})))),}}))..))))))))))))))).((((((((.....))))))))}}}|||,|{{||{.,|,..,,,|,}}||||,}}},...,,,,,,..,}}}},.,,,,,,,.......))))))|((((((((((.((((((,{{..{{({{...})))}...........,,}})))))))))..)))))))....(((.(((((........))))).)))...

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_016620.4 NCBI
GGUCGCCAUUGCAAUGCACUGAGUAACGGGGCGGGCCGAGAGCAGUCAC… 2062 nt 0.3472
NM_032186.5 NCBI
GCGUGCUCCCAACGUCGCCCCGGUUUGACGCACACGGCACCAAACUGUU… 1897 nt 0.3263
NM_201269.3 NCBI
GCGUGCUCCCAACGUCGCCCCGGUUUGACGCACACGGCACCAAACUGUU… 5541 nt 0.3590
Summary

The protein encoded by this gene is a zinc finger transcription factor that may play a role in eye development. Defects in this gene have been associated with high myopia. Three transcript variants encoding two different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.