Basic Information

Symbol
BTNL9
RNA class
mRNA
Alias
Butyrophilin Like 9 BTN8 Butyrophilin-Like Protein 9 FLJ32535 Butyrophilin-Like 9 Butyrophilin 3 VDLS1900 BTN3
Location (GRCh38)
5:181040225-181061524
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_152547.5
Sequence length
3457.0 nt
GC content
0.5398

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1300.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1358.37 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 962.61
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001308245.2 NCBI
AAUUCUGUCACACGUGCCCUGGCCUCUGGAGCUCAGCUGCCAGUCCACG… 1585 nt 0.5432
NM_152547.5 NCBI
AAUUCUGUCACACGUGCCCUGGCCUCUGGAGCUCAGCUGCCAGUCCACG… 3457 nt 0.5398
Summary

Predicted to enable signaling receptor binding activity. Predicted to be involved in T cell receptor signaling pathway and regulation of cytokine production. Predicted to be located in plasma membrane. Predicted to be active in external side of plasma membrane. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in human trauma patients demonstrated that the BTNL9 mRNA was significantly downregulated in circulating CD3+ T cells during the injury stage compared to the recovery stage [Rau et al. DOI:10.2147/JIR.S375881].