Basic Information

Symbol
BTRC
RNA class
mRNA
Alias
Beta-Transducin Repeat Containing E3 Ubiquitin Protein Ligase FBXW1A Beta-TrCP1 BetaTrCP BTrCP1 BTrCP Fwd1 F-Box And WD Repeats Protein Beta-TrCP F-Box/WD Repeat-Containing Protein 1A PIkappaBalpha-E3 Receptor Subunit Epididymis Tissue Protein Li 2a E3RSIkappaB FBW1A Beta-Transducin Repeat Containing F-Box And WD-Repeat Protein 1B BETA-TRCP FBXW1 BTRCP
Location (GRCh38)
10:101354033-101557321
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_033637.4
Sequence length
6024.0 nt
GC content
0.4490

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1807.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1920.20 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1588.27
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001256856.2 NCBI
AGUGGCCUCGGCGAUUAUGGACCCGGCCGAGGCGGUGCUGCAAGAGAAG… 5946 nt 0.4495
NM_003939.5 NCBI
AGUGGCCUCGGCGAUUAUGGACCCGGCCGAGGCGGUGCUGCAAGAGAAG… 5916 nt 0.4459
NM_033637.4 NCBI
AGUGGCCUCGGCGAUUAUGGACCCGGCCGAGGCGGUGCUGCAAGAGAAG… 6024 nt 0.4490
Summary

This gene encodes a member of the F-box protein family which is characterized by an approximately 40 amino acid motif, the F-box. The F-box proteins constitute one of the four subunits of ubiquitin protein ligase complex called SCFs (SKP1-cullin-F-box), which function in phosphorylation-dependent ubiquitination. The F-box proteins are divided into 3 classes: Fbws containing WD-40 domains, Fbls containing leucine-rich repeats, and Fbxs containing either different protein-protein interaction modules or no recognizable motifs. The protein encoded by this gene belongs to the Fbws class; in addition to an F-box, this protein contains multiple WD-40 repeats. The encoded protein mediates degradation of CD4 via its interaction with HIV-1 Vpu. It has also been shown to ubiquitinate phosphorylated NFKBIA (nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells inhibitor, alpha), targeting it for degradation and thus activating nuclear factor kappa-B. Alternatively spliced transcript variants have been described. A related pseudogene exists in chromosome 6. [provided by RefSeq, Mar 2012]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic methamphetamine administration significantly dysregulates the ubiquitin-mediated proteolysis pathway in cortical microglia, with the BTRC being identified as one of the many components significantly dysregulated in this pathway [Oladapo et al. DOI:10.3390/Ijms26020649].