Basic Information
Symbol
C1orf56
RNA class
mRNA
Alias
Chromosome 1 Open Reading Frame 56
MENT
Methylated In Normal Thymocytes Protein
Protein MENT
FLJ20519
Methylated In Normal Thymocytes
Location (GRCh38)
1:151047751-151051986
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
MANE select
Transcript ID
NM_017860.5
Sequence length
2085.0 nt
GC content
0.5151
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-695.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-732.03 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
628.80
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AAACGACCCGGUGGGUCUACAGCGGAAGGGAGGGAGCGAAGGUAGGAGG… | 2085 nt | 0.5151 |
Summary
This gene is a proto-oncogene whose promoter is methylated by DNA methyltransferase 3B (DNMT3B), which represses the proto-oncogene. However, a catalytically inactive isoform of DNMT3B is overexpressed in lymphomas, leading to hypomethylation of the proto-oncogene's promoter and derepression of the proto-oncogene. [provided by RefSeq, Sep 2016]
Forensic Context
A study in humans identified the C1orf56 as an important gene in a lasso regression model for age prediction from bloodstain RNA-Seq data, where it had a positive coefficient in the RNAgE dataset [Dørum et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2023.102976]. This research, which analyzed mRNA from dried blood stains and whole blood, generated a lasso-selected gene list that achieved a mean absolute error of 4.46 years for age prediction, demonstrating the potential of such markers for forensic age estimation.