Basic Information

Symbol
C9
RNA class
mRNA
Alias
Complement C9 Complement Component C9 Complement Component 9 ARMD15 C9D
Location (GRCh38)
5:39283982-39371324
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001737.5
Sequence length
2770.0 nt
GC content
0.3819

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-679.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -733.79 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 716.63
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........(((((((..........(((((((((((.((((((((((..(((((..((((.(((((............(((((((((((((..........(((((.((((...((((.(((.......)))...(((((((((((.......)).))))....))))).)))).)))).)))))....((((.(((((((((.((((.((((((((......))))))))...))))..))))).......)))).....))))......(((((((..(((.((....)).))).)))))))....))))))))))))).....((((((((((((....))))..)))))).)).)))))))))......)))))))))))))....)))))).))).))))..((.((((((((...(((...(((((...((((((..(((((((((((((((((.((.....((((((.(((((..((((.......)))))))))..((((((..(((((...)))))))))))..........(((........)))))))))..))..)))))))...)))...)))))))......(((((............(.((((((..(((((..((...)).)))))...)).)))))..........)))))........................(((((.(((....((((((((((..(((((................(((((.(((...........................))).))))).....(((((((((...(((((.((....(((((((((((((((((((((((((...(((((((((.........))))))...))))))))))))))))))..(((((..(((..((......((((((.(........).)))))))).)))..)))))...)))..)))))))...)).))))).))))))))).))))).))))))))))))).))))).(((........((((((((.(((....))).))))))))........)))..)))))))))))..((((..((((((...((..((((.(((((((.((....((((((((((((((((...)))))......(((((.........)))))..((((((((.((.((......)).)).))))))))..((((((((...((((.(((((((......))))))).)))).............)))))))).(((((((((..(((((((.(.((((.....)))).).)))))))(((((((((....)).)))))))(((.((((....))))...)))..((((....))))....(((((((.(((((((((((((((((.((..(((.((((.((..........)).)).)).)))..))..)))))......)))....)))).))))))))))))((((((((((((..((((((((((((..........(((.....))).((((((........))))))......((((...........))))...(((...))).(((((((((.......(((((((..((.((......))))..))))))).......((((((((((((......)))...........((((((..((((....(((.....(((((.....((.........((((((((((((((.((((...(((((((((((((((.........((((((.........)))))).........(((....)))....((((...))))....((((((..((...((((..((((......)).))..)))).))..))))))........)))))))).....((....)).....)))))))....))))......)))))))))))))).........))))))))))..))))..))))))..((((((...((((...........................)))).))))))...............)))))))))....(((...(((((.....)))))...))).((((...))))...)).)))))))..((((..(((((.......((((....)))).......))))).))))))))))))))))...)))))).(((((.(((((.((((.......)))).))))).))))))))))).....)))))))))(((....))).((((.(((.....)))..))))......)))))..))))))..)).)))))))..))))..))....))))))..))))((((((((((.(((((......)))))((((((((.(((((((.(((((....(((((((..............)))))))(((((...)))))....)))))...))))))).))))))))................................))).)))))))...((((.((((((((.....)))))))).))))..)))..)))))))))).........)))))))...........((.(((((((((((((((......(((.(((((((....))))))).))).((((((......................))))))............................................(((((........)))))))))))))))..))))).)).....................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{({((((((({....{{,{.(((((((((((.(({(((((((..(((((..(((,,(((((............(((((((((((((....,,....(((((.{{{(.,.((((.(((.......))).,.(((((((((((.......)).))))}....,))).)))).))}}.)))))....|||,.{{,((((((.((((.((((((((......))))))))...))))..))))),......||},.....,,}.,,,.,.(((((((..(((.((....)).))).))))))).}..))))))))))))).....{{((((((((({....})))..}))))).}}.)))))))))......))))))))))))}....)}))))},)).)))),,{{.,{{{{{,,..,,{{..,..(((.{.((((....(((((((((((((((((.((,.{{,({(({{.{{{{|,.((((.......)))),}|||..((((((..((((,...})))))))))).,.,}}....{{{..,,,...|||||))))..}),.))))))}...)))...)))))))...))}}.}.}}}.....}|,,.,.,|}}},...}}))}},({(((.,{,.,|....)}}}))}}}|......|||.....,,.......,,..,..,,...,(((((.(((,...((((((((((..(((((..............,.(((((.(((...........................})).))))).....(((((((((...(((((.((,...(((((((((((((((((((((((((...(((((((((.........)))))),,.}}}))))))))))))))}..(((((..(((.{({......{(((((.(........).)))))))).)))..)))))..,))),.})))))).}.)).))))).))))))))).))))).))))))))))}}},}}|||{(({,({.(((..{((((((.(({....))).)))))))|{...{{{,.||..(({,{{.,|||..{{{|||||,|||||,{|,.{{((,,((((,,......}|||||||,...(((((...))))).,,..|{{|{{...,,....,||||..(((((((({,,.||}}}}.})).,)}))}}}}}}..||{|||||,.,{(((|{{(((((......)))))}}.}))},,,}......,},)))}))}},||{{(({({..(((((((.,.((((.....)))).}.))))))){((((((((....)}}})))))}(((,..{,.,,.,|||...||}..,,,..{{{||||,..{((({{{{,(((((((({(({{({{,.,|}}|((.((((.((..........)).))})}.}}},.))}}))))}.....,|||||{|.}}}.}..||||||}}}|{{{{,{(((((..((((((((((((..........,{{,...,{{,.((((((........))))))..,,,.((((.......,,..})}}...(({...})}.(((((((((.......(((((((..((.((......))))..)))))))..,,,{,(((((((({{({,,,...|||...........|{{||(|,((({,,.,{{{.,,,.||({{.....,|,....,,..((((((((((((((.((((...((((((((((((({{.....,,..((((((.........)))))).........(((....})}....{(({...}))}....{{{{{........((((..((((......)}.))..)))).....,,|},}....,...)))))))).....{{....,,,..,,))))))}....))))......)))))))))))))).........,}}},,}||},,,|||..,))),}..||||||}.,|||,..........................,|}}}.}))})}||.,...,,|,,,.})),,))))},...(((...(((((.....)))))...))).((((...))))...}).)))))))..((((..(((({,..,{,.((((....))))..},,..))))).))))))))))))))))...)))))).(((({.(((((.((((.......)))).))))).})))).,,|||,,,..}}}}}}|||{{.....,|,.{(((.(((.....)))..)))),,.....}}}},..,,,},.,,,,)))),,})))))}.,}},..)))))})..,.))|||||||}|,,||||{......})))}{{((((((.{((((((.{(((({,,.(((((((...........,..))))))|{{{{|...})))}...,}}}}},..})))))).}))))))}....||||....,,....,,,}},,}},,...,,|,}},,}},...((((.((((((((.....)))))))).))))..,,,..}})))))))){,.|,,.{|||}}},,.},}}||||.,||.{{{{{{(((((((((..||{{(((.(((((((....))))))).))}.|||{{{......................,,,}},..........,,...........,,,,....{,....,,....,|||||........)))}))))))))))}..}}}}}{||||,....}}}}}}....,,,......,,,........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001737.5 NCBI
ACCCCACUCGCAGCCACCCAGCAAGAGCAGCAUGUCAGCCUGCCGGAGC… 2770 nt 0.3819
Summary

This gene encodes the final component of the complement system. It participates in the formation of the Membrane Attack Complex (MAC). The MAC assembles on bacterial membranes to form a pore, permitting disruption of bacterial membrane organization. Mutations in this gene cause component C9 deficiency. [provided by RefSeq, Feb 2009]

Forensic Context

A study in human blood plasma demonstrated that the C9 (complement component C9) was significantly upregulated with age and was part of a set of 21 proteins used to build accurate chronological age-predictive models [Salignon et al. DOI:10.18632/aging.204787]. The protein-based model achieved an R² of 0.59 ± 0.02, and combining these proteomic data with miRNA data further improved prediction accuracy to an R² of 0.70 ± 0.01, capturing a broader range of age-related physiological changes.