Basic Information

Symbol
CA6
RNA class
mRNA
Alias
Carbonic Anhydrase 6 Carbonic Anhydrase VI Salivary Carbonic Anhydrase Secreted Carbonic Anhydrase Carbonate Dehydratase VI CA-VI EC 4.2.1.1 GUSTIN
Location (GRCh38)
1:8945867-8975092
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001215.4
Sequence length
1334.0 nt
GC content
0.4985

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-400.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -427.14 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 354.91
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001215.4 NCBI
AUUACAGAUGUGCAGCACCAUGAGGGCCCUGGUGCUUCUGCUGUCCCUG… 1334 nt 0.4985
NM_001270500.2 NCBI
AUUACAGAUGUGCAGCACCAUGAGGGCCCUGGUGCUUCUGCUGUCCCUG… 961 nt 0.5525
NM_001270501.2 NCBI
AUUACAGAUGUGCAGCACCAUGAGGGCCCUGGUGCUUCUGCUGUCCCUG… 1154 nt 0.4827
NM_001270502.2 NCBI
AUUACAGAUGUGCAGCACCAUGAGGGCCCUGGUGCUUCUGCUGUCCCUG… 1005 nt 0.4667
Summary

The protein encoded by this gene is one of several isozymes of carbonic anhydrase. This protein is found only in salivary glands and saliva and protein may play a role in the reversible hydratation of carbon dioxide though its function in saliva is unknown. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in dogs demonstrated that the CA6 mRNA was detected in only 1 out of 20 canine saliva samples and was found in 9 out of 10 canine whole blood samples, showing it was unsuitable for saliva identification due to its low detection rate in saliva and expression in blood [Nakanishi et al. DOI:10.1007/S00414-016-1391-7]. A separate review in humans identifies the CA6 as a salivary protein detectable via mass spectrometry, classifying it as a proteomic marker with applications for indicating physiological and pathological states [Kumar et al. DOI:10.1016/J.Jflm.2025.103044].