Basic Information

Symbol
CABP4
RNA class
mRNA
Alias
Calcium Binding Protein 4 CSNB2B Calcium-Binding Protein 4 CaBP4 CRSD
Location (GRCh38)
11:67452406-67461752
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_145200.5
Sequence length
3991.0 nt
GC content
0.5109

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1393.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1462.06 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 953.36
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001300895.3 NCBI
AGCUUUAUGGGUCCUGAAAGCCAAGGGUGCCCAGGGGUGUGGUGUCUCU… 4059 nt 0.5132
NM_001300896.3 NCBI
AGUAGAAGCGGCAGGCAGCUGUCCCCAGCGGCCAGUGUCCCCCAUGCCG… 3962 nt 0.5098
NM_001379183.1 NCBI
AGUAGAAGCGGCAGGCAGCUGUCCCCAGCGGCCAGUGUCCCCCAUGCCG… 4358 nt 0.5218
NM_145200.5 NCBI
AGCUUUAUGGGUCCUGAAAGCCAAGGGUGCCCAGGGGUGUGGUGUCUCU… 3991 nt 0.5109
Summary

This gene encodes a member of the CABP family of calcium binding protein characterized by four EF-hand motifs. Mutations in this gene are associated with congenital stationary night blindness type 2B. Three transcript variants encoding two different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2014]

Forensic Context

A study in humans identified the CABP4 as a hub gene within the salmon module in platelets from patients with non-ST-segment elevation myocardial infarction (NSTEMI) through weighted gene co-expression network analysis of RNA-seq data [Zhang et al. DOI:PMC8129354].