Basic Information

Symbol
CACNA1B
RNA class
mRNA
Alias
Calcium Voltage-Gated Channel Subunit Alpha1 B CACNL1A5 Cav2.2 CACNN Calcium Channel, Voltage-Dependent, N Type, Alpha 1B Subunit Voltage-Dependent N-Type Calcium Channel Subunit Alpha-1B Voltage-Gated Calcium Channel Subunit Alpha Cav2.2 Brain Calcium Channel III BIII Calcium Channel, Voltage-Dependent, L Type, Alpha 1B Subunit Calcium Channel, L Type, Alpha-1 Polypeptide Isoform 5 Voltage-Gated Calcium Channel Alpha Subunit Cav2.2 Calcium Channel, L Type, Alpha-1 Polypeptide Cav2.2 Voltage-Gated Ca2+ Channel Calcium Channel Alpha12.2 Subunit NEDNEH DYT23 CACH5
Location (GRCh38)
9:137877782-138124624
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000718.4
Sequence length
9792.0 nt
GC content
0.5797

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3972.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -4140.84 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2187.56
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000718.4 NCBI
GGGUGAGGCGGCGGCGGCUGCGGCGGUGGGGCCGGGCGAGGUCCGCUGC… 9792 nt 0.5797
NM_001243812.2 NCBI
GGGUGAGGCGGCGGCGGCUGCGGCGGUGGGGCCGGGCGAGGUCCGCUGC… 9605 nt 0.5777
Summary

The protein encoded by this gene is the pore-forming subunit of an N-type voltage-dependent calcium channel, which controls neurotransmitter release from neurons. The encoded protein forms a complex with alpha-2, beta, and delta subunits to form the high-voltage activated channel. This channel is sensitive to omega-conotoxin-GVIA and omega-agatoxin-IIIA but insensitive to dihydropyridines. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

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