Basic Information

Symbol
CACNA1E
RNA class
mRNA
Alias
Calcium Voltage-Gated Channel Subunit Alpha1 E CACH6 BII CACNL1A6 Cav2.3 Voltage-Dependent R-Type Calcium Channel Subunit Alpha-1E Brain Calcium Channel II Calcium Channel, Voltage-Dependent, R Type, Alpha 1E Subunit Calcium Channel, L Type, Alpha-1 Polypeptide, Isoform 6 Calcium Voltage-Gated Channel Subunit Alpha1 Subunit E Voltage-Dependent Calcium Channel Alpha 1E Subunit Voltage-Gated Calcium Channel Alpha Subunit Cav2.3 Voltage-Gated Calcium Channel Subunit Alpha Cav2.3 Calcium Channel, L Type, Alpha-1 Polypeptide Calcium Channel, R Type, Alpha-1 Polypeptide EIEE69 DEE69 Gm139
Location (GRCh38)
1:181317690-181813262
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001205293.3
Sequence length
16420.0 nt
GC content
0.4900

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-5517.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: 100000.00 kcal/mol
Frequency: inf
Diversity: 0.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000721.4 NCBI
CUUCUUGAGGAAUGGAGCUUCGCAGAGGUUGCAUUUAGAUUCAACAGUU… 16291 nt 0.4895
NM_001205293.3 NCBI
CUUCUUGAGGAAUGGAGCUUCGCAGAGGUUGCAUUUAGAUUCAACAGUU… 16420 nt 0.4900
NM_001205294.2 NCBI
CUUCUUGAGGAAUGGAGCUUCGCAGAGGUUGCAUUUAGAUUCAACAGUU… 16234 nt 0.4893
Summary

Voltage-dependent calcium channels are multisubunit complexes consisting of alpha-1, alpha-2, beta, and delta subunits in a 1:1:1:1 ratio. These channels mediate the entry of calcium ions into excitable cells, and are also involved in a variety of calcium-dependent processes, including muscle contraction, hormone or neurotransmitter release, gene expression, cell motility, cell division and cell death. This gene encodes the alpha-1E subunit of the R-type calcium channels, which belong to the 'high-voltage activated' group that maybe involved in the modulation of firing patterns of neurons important for information processing. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described for this gene. [provided by RefSeq, Apr 2011]

Forensic Context

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