Basic Information

Symbol
CACNA1H
RNA class
mRNA
Alias
Calcium Voltage-Gated Channel Subunit Alpha1 H Cav3.2 Calcium Channel, Voltage-Dependent, T Type, Alpha 1H Subunit Voltage-Dependent T-Type Calcium Channel Subunit Alpha-1H Low-Voltage-Activated Calcium Channel Alpha1 3.2 Subunit Voltage-Gated Calcium Channel Subunit Alpha Cav3.2 Calcium Channel, Voltage-Dependent, T Type, Alpha 1Hb Subunit Voltage Dependent T-Type Calcium Channel Alpha-1H Subunit Low-Voltage-Activated Calcium Channel Alpha13.2 Subunit Voltage-Gated Calcium Channel Alpha Subunit Cav3.2 Voltage-Gated Calcium Channel Alpha Subunit CavT.2 CACNA1HB HALD4 ECA6 EIG6
Location (GRCh38)
16:1153103-1224169
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021098.3
Sequence length
8219.0 nt
GC content
0.6612

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3896.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -4019.93 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2256.19
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001005407.2 NCBI
AGCCCGAAGUUUCCUGCGCCGCGCGCGGACGGGCUCGAGGCUCGCUCGC… 8201 nt 0.6611
NM_021098.3 NCBI
AGCCCGAAGUUUCCUGCGCCGCGCGCGGACGGGCUCGAGGCUCGCUCGC… 8219 nt 0.6612
Summary

This gene encodes a T-type member of the alpha-1 subunit family, a protein in the voltage-dependent calcium channel complex. Calcium channels mediate the influx of calcium ions into the cell upon membrane polarization and consist of a complex of alpha-1, alpha-2/delta, beta, and gamma subunits in a 1:1:1:1 ratio. The alpha-1 subunit has 24 transmembrane segments and forms the pore through which ions pass into the cell. There are multiple isoforms of each of the proteins in the complex, either encoded by different genes or the result of alternative splicing of transcripts. Alternate transcriptional splice variants, encoding different isoforms, have been characterized for the gene described here. Studies suggest certain mutations in this gene lead to childhood absence epilepsy (CAE). [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CACNA1H was not significantly changed (1.05-fold) in injured dorsal root ganglia following spinal nerve ligation [Wu et al. DOI:10.1177/1744806916629048].