Basic Information

Symbol
CACNA1I
RNA class
mRNA
Alias
Calcium Voltage-Gated Channel Subunit Alpha1 I Voltage-Dependent T-Type Calcium Channel Subunit Alpha-1I Voltage-Gated Calcium Channel Subunit Alpha Cav3.3 Cav3.3 Calcium Channel, Voltage-Dependent, T Type, Alpha 1I Subunit Ca(V)3.3 Calcium Channel, Voltage-Dependent, Alpha 1I Subunit KIAA1120 NEDSIS
Location (GRCh38)
22:39570753-39689735
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021096.4
Sequence length
10002.0 nt
GC content
0.6141

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-4405.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -4567.24 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 3068.87
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001003406.2 NCBI
AUGGCUGAGAGCGCCUCCCCGCCCUCCUCAUCUGCAGCAGCCCCAGCCG… 9897 nt 0.6146
NM_021096.4 NCBI
AUGGCUGAGAGCGCCUCCCCGCCCUCCUCAUCUGCAGCAGCCCCAGCCG… 10002 nt 0.6141
Summary

This gene encodes the pore-forming alpha subunit of a voltage gated calcium channel. The encoded protein is a member of a subfamily of calcium channels referred to as is a low voltage-activated, T-type, calcium channel. The channel encoded by this protein is characterized by a slower activation and inactivation compared to other T-type calcium channels. This protein may be involved in calcium signaling in neurons. Alternate splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2011]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the CACNA1I is downregulated in the medial prefrontal cortex following a history of alcohol dependence and is identified as a convergent target of PRDM2-mediated H3K9me1 and DNA methylation [Heilig et al. DOI:10.1111/Gbb.12344].