Basic Information

Symbol
CACNA1S
RNA class
mRNA
Alias
Calcium Voltage-Gated Channel Subunit Alpha1 S CACNL1A3 Cav1.1 HypoPP Calcium Channel, Voltage-Dependent, L Type, Alpha 1S Subunit Voltage-Dependent L-Type Calcium Channel Subunit Alpha-1S Voltage-Gated Calcium Channel Subunit Alpha Cav1.1 HOKPP MHS5 Calcium Channel, L Type, Alpha-1 Polypeptide, Isoform 3, Skeletal Muscle Dihydropyridine-Sensitive L-Type Calcium Channel Alpha-1 Subunit Dihydropyridine Receptor Alpha 1 Subunit CCHL1A3 CMYO18 CMYP18 HOKPP1 DHPRM TTPP1 CACH1 CACN1
Location (GRCh38)
1:201039512-201112451
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000069.3
Sequence length
6028.0 nt
GC content
0.5599

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2339.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2432.13 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1470.08
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000069.3 NCBI
AGUCCCCAAGGCGGGGGCAUUGGGGACACAGGGAAGGGAAAGCACUGGG… 6028 nt 0.5599
Summary

This gene encodes one of the five subunits of the slowly inactivating L-type voltage-dependent calcium channel in skeletal muscle cells. Mutations in this gene have been associated with hypokalemic periodic paralysis, thyrotoxic periodic paralysis and malignant hyperthermia susceptibility. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that perinatal lead (Pb) exposure altered adult hippocampal gene expression at single-cell resolution, identifying 12 cell clusters and showing Pb treatment was associated with a 12.4% increase in oligodendrocytes and differential gene expression in endothelial, microglial, pericyte, and astrocyte clusters [Bakulski et al. DOI:10.1093/toxsci/kfaa069].