Basic Information

Symbol
CACNA2D2
RNA class
mRNA
Alias
Calcium Voltage-Gated Channel Auxiliary Subunit Alpha2delta 2 Alpha2delta-2 KIAA0558 Calcium Channel, Voltage-Dependent, Alpha 2/Delta Subunit 2 Voltage-Dependent Calcium Channel Subunit Alpha-2/Delta-2 Voltage-Gated Calcium Channel Subunit Alpha-2/Delta-2 Gene 26 Alpha 2 Delta Calcium Channel Subunit CACNA2D CASVDD
Location (GRCh38)
3:50362613-50504244
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006030.4
Sequence length
5696.0 nt
GC content
0.5801

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2229.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2332.13 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1312.26
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.(.(((((.(((((...((.((.((.(((((((.((((((.((((((((((((((((.(((.((......(((((......((((....(((((((((((.((...(((.(.(((......(((.....))).......))).).))).)).)))))))))))....))))....)))))...(((((((((....((........))..))))))))))).))).)).)))))))))))(((((.((((..(((((.....)))))....)))).))))).((((........))))((((...)))).(((((.....)))))....)))...))))))))))))))).))))..((((.(.(((.(((((((((((((......)))....(((......))).(((.....)))..(((((((..((((.(((......))).))))..(((.(((((((((((.(((((....))))).)).)))((((((.((((((.((..(((...((((.....))))...(((((.((((.......(.((((.(((.(.(((((((((((.........(((((((.....)))))))((((((.(((.((.(((((((((..(((((((......(((.(..(((.....)))..).))).....(((.(((((((((((.(((((((((((((((..((((((.(((((((.(((..((((.((....(((((...........(((((((((.(((((........))))).)))......))))))...)))))....)).))))..)))))))...)))..........(((((.((((((((((((..((((((.((((.....((.((((((.((......(((.....))).....)).)))))).)).....))))..(((((((((((....)))))..)))))).(((...)))...)))))).((((((((..............))))))))..................)))).)))))))).))).))((((((.....)))))).((((.(((((......((((((((((((((......((.(((..(((.((.((....)).)).)))..))).))..(((((.((((((((.....)).))))).).)))))))))))))))))))....)))))(((((...))))).)))).)))))))))))))...........(((((...(((((((((((....((((..(((((((..((..(((((((...)))))))..))..)))))))...((((....))))(((.........)))...(((...(((((....(((..(((((((....((....(((.((.((...)).)).)))....))..))))))).))).....)))))...)))))))....)))).)))))))..)))))..)))))))))))...)))))))).))).(((((...................))))).((((((((((((.(((......)))........((.((.....)))).))).)))))))))..((((((((((......)).).)))))))((((((....(((((..((((((...((((.....((((((((.((((((....((((((....)))))).(((((((((((((.(((.((((((((...)))))))).))).((((...))))..((((..((((.......((((((((((((((.((((.((((.(((.(((((((((((((...((.((((((..((((.....((((........))))))))..((((((((((...(((.((......)).)))))))))..))))..........(((.((.((.(((......(((((..(...((....((((((.(((((.....).))))))))))....))..)..)))))......))))).)).))))))))).))...)))))))).....).))))...))).)))).).))).))))(((((((.(.((((.(((((.....(((((.......((((((......(((((((......(((((...)))))))))))).........))))))...(((((((..(((.(((((.(((((..........))))).......((((((((((((....))))((((.(((((((.((..(((.(((((((.((((....(((((....((.((((((((.....)))).............)))).))....)))))...))))..)))))))..))).)).))))))).)))).(((((............)))))....((((((((....)))).)))).((.((.((.((((((((..((((((((((..((((.((((((((((..(((....)))..))))))...((((((.....))))))....((.(((((((((......)).....)))))))))...))))..))))..)))))).))))..)).)))))))).)).))..((((..(((((((....((((((.((((((....((((....))))....)).....)).)))))))).....)))))))..))))....((((...)))).))))))))((((....))))((((.(((((((......(((((((((....(((((..((((.(.((((((((....)))))))).).)))))))))...))..)))))))......)))))))..))))(((.......)))....))))))))..)).)))))...((((((((((.........)))))))))).((((((....(((.((((........)))))))))))))..((((((((((((((((((((.(((((.((((((((((((.........))))).)))......((((((((.......).)))))))...........((((..((.((.......))))..))))(((((.(((((((.(((((....)))))....)))))))..)))))...........)))).).)))).)))))..)))..)))))))))))).)))))....))))))))).)))))).)).....))))))))))........))))(((((((((.((((((((..((.(((((((.......)).))))).)).......((((((........(((...(((.........)))...))).......)))).))..((((((((.((((((((...((((((...)))...........((((((.(((((((((((((....((((((.((((.....)))).))).)))))))))))))))))))))))))....)))))))).))))))))...(((.(((((((.(.....((.(((((.((.(((((...((((.(((((.(......)))).)).))))..........(((((.((((((......)))))).)))))))))).))))))).))))))).))))))))))).))).))))).))))...)))).))))))).)))))).)))))).(((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.(((..............(((((....(((((((......((((((.....(((((((((((.((.((...((((.((.......)).))))....((.((((((((.......)))))))).)))))).))).))))))))....((((((((.((.((((((..(((((..........((((((((((((..((((((((((.(((....))).)))....(((((((((.....))))))))).((((.((((((((((....((.(((((......)))))))....((.(((.((......)).))).))....(((((((.((...)).)))))))......)))))))))).)))).(((((......))))).........)))))))...)).)))))))))))))))......)))))))).)))).))))........)))))))))))))...((((((((((....))))...))))))....)))))..(((...(((((.(((.....((((((((..((.((((.....(((.......)))...)))).)).....))))))))....))).)))))....))).................(((....))).......................)))))))))))))).)))))))))).....(((((....))))).))))).))))))))))....))))))))...))))....)))))))))))))))))((......)).))))))).)))))))))))..(((((........))))).....))).)))...)))(((((((((((((.....)))))))))))))))))).))))))..).))).)))).).....))))..))))).)))..)).)))))).....))))))..)))))).))))))))))((((((((((((((...((((........)))).......(((((((((((((((((((.((....))))))))))...)))).....))).))))((.(((((((((((.(((((((((..........(((....)))((((...((((((((((((...............((((.((....))))))(((.....((((((.(((((.((....................)))).))).))))))..))).(((.(((((((((((.......)))).....((((((..(((......)))))))))...))))))).))).))).))))))))).))))..))))).))))))).).)))))))))((((((((((((((((((((((((....)))))))))))))..........)))))))))))...))).))))))))))).....(((.((((((((((((.(((((((......))))))).))))).))))))).)))......))))))).))).))).).))))..(((.(((.((((..((((((((((((..................))))))))..((((...))))......................))))..)))).))).))).......))))).))))).)...)))...........(((((((((((((((((((((.((((((((((...(((((((((((...(((((.((...((((((((((((((((.(((((....))))).)))).........)))))))))))).)))))))..............(((.((((((......((((...((((((...((........))))))))...))))..........))))))...)))...))))))))))).))).))....)))))..)))))))))..(((.(((((........))))).)))...(((((((((.(......).)))))).))).(((....)))..))))).)))))))..(((((.....(((((.(((((((((................))))))))).))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((.(.(((((.(((((((((((,((.,...((((((({(.,,..,,...,)}))))),,))).)))))).({((((((..(((((((.,..(((((((((((.((.(.(((((.((........}..)).)).))).,.},..,,)))))))))))..}.))))..((.(((((((..(((((({((({(((({,,,,{...,{,,..|||,|}|||||}(((((((((.({,((((((...{((((.(({{..(((((.....)))))....)))).)||||.((((........)))).||||..,,))}))),|,.)))))))))...||||,.}}}}})||,(((((((.((((((((,,{(,{{{(((((((..(({{{{{{(((((({..(((...((((({.(({.....))).)).,))))...)))...})).))))),})))).,))))}}}.)))).....))))))))..)))))))||||||,,.....,..{{|,...,,,..,|},|||(((((.((......)).))))).},,...)).))))..)).)))))})}.....))).)))}})}))((((..(.(((((.(((((((((.({({((,{(.{{((...,,|....,}},}..|||,,,,,)}}((((((((..((.((((((((..((((..((({......))))...((((..(((.((((.((..{....{(.,.((((((..((((.(((((((((({((,(((((........))))).))}......)))))}.........((((.((((((.,,((((..(((.((((.......{((((.((((((((((((..((({{{.{{({|.,,,,{.,{({{{.{{....,.{{|.....}})..,..}}.}))))}|},...{{||||.{{{(,,,{{{{,,,,,)))))..||||||{(((..({{{{(.((.({,.{{((,,......,}}..}}}).)))))),)}}.....}}}}}}}..,,)))).)))))))).))).)}((((((.....)))))))))).))).........(((((((((((((({.....,,.,,,{{((({(({,,{{{{,|.,}.}}|..||,{{{{..,,}}}},|||||{,....))}),,))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))...(((..((((((((((({((...,............((((((((((((((.((((....((,{((((.....((..(((.{(.(((((((((((((..{(((.......((((....)))){((((((.((((...(((((((((((..((({.((((((((((...{(,.({.((......}).}).}}.)))))))...))}.{((((.(((((((({((,({{{{((((...({({((({.,,,,.{(,..{{{,...)))},}),,,},)))),}))),||{|,,,.,|,,..,,,,)))))).,...((((((((((((((({{(,(((......))).,,......{,{,.....},,..})).)))))))}}..((((((({,({,...})).}.)))))))((((((....(((((..((((((...((((.....((((((((.((((((....((((((....)))))).(((((((((((((.(((,((((((((...)))))))).}||.((((...)))).||{{{..((((.......((((((((((.(((.(((((((,((((..,,,.,{,(,(((({{......|}||))},)|},..}|||....))))}))))}(((((((,({{{.{({{{({{.,{,...,,...((({.,,((({{{{|,,...(({((,{..((.((.(((......({(((,,(..{{,....((((((.{{{{|.,...}.))))))))))..,,,)..}..))))}......))))).)).,)}))),)))))}}}.})))),),,})},})})}..})))))),..,.,,.{{{||(((((((.,.((((.(((((..,..(((((.......(((((,......(((((((......(((((...))))))))))))}}}}}.,,,|||||,...(((((((.,((,,(((((,((((,,({{({{((((((({.....,,{,{{(((({(((....|||,((((.(((((((.((..(((.(((((((.((((....(((((....{,{(((.((({.....)))).............)}))))}....)))))...))))..)))))))..))).)).))))))).)))).(((((............)))))....,{,{((({|,{{,((((|{{..((.((.((.((((((((..((((((((((..((((.((((((((((..{{(,,..}}),,)))))).{.((((((.....)))))).,..{(.(((((((,(,.....)).....)))))))})...))))..))))..))))))},)))..))}}))))))).)).)){{((,{..{{{,((({.{,,,,,||||||,.....}||||}}}}))))}},}))..}},))})))))))).)))}.))))))}.)))},.}}||{|...||||{||,|||,.((((....))))((((.(((((((..,...((((((({(....(((((..((((.(.((((((((....)))))))).).)))))))))...}}..)))))))...,..)))))))..))))}}).}}.,}})),.,},)))))))).,)).)))))...((((((((((.........)))))))))).{{{{((,...,{,|{|||,,,,,...}}}}}}}}}})),..((((((((((((((((((((.{((((.((((((((((((.,.....}.))))).))},,....(((((((,.......).))))))).....,.....{(((,,{,,{{,|,....|||}..})))(((((.(((((((.(((((....)))))....)))))))..))))),,.....,...}))).),,))).))))),.}))..)))))))))))).))))).,..))))))))).}))))).))..,,,))))))))))........))))(((((((((.((((((((.{(({(,({((,{{{,,..||{|,|||.,,.....}}|,||||.,,.}}}}|||}}}|,...............{||,.,,...}),,)}),..((((((((.((((((((...((({,{.,.,||........,,.|||(((,(((((((((((((...,((({((,((({....,)))).))),}})))))))))))))))))))))))....)))))))).))))))))...(((.(((((((((((((,(({.,{((,(((((((((,..{{{||,{{{.,......||}||||,,|,.....}...,}}||||.||||||}}},..}))))}.))))).|)}},})}))))))).})))},)))))))))).))).))))).))))...})))}))))))),,))))).)))))).(((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.(({..............(((({....{{{{{{,.....{((((((.....(((((((((((.((.((,..((((.((.......)).))))..}.((.((((((((,....,.)))))))).)))))).))).))))))))....((((((((.(,{((((((..(((((..........((((((((((((..((((((({((.(((....))).))}....(((((((((.....))))))))).,(((.((((((((((....((.(((((......)))))))....((.(((.{(,.....)).))).))....(((((((.((...)).)))))))......)))))))))),))||,(((((......))))).....,,,.)))))))...))}})))))))))))))}......)))))))).)))).))))........))))))))))))),..((((((((((....)))),..})))))....,|||}..,,|,,.(((((.(((.....((((((((..((.((((.....(((.......)))...)))).)).....))))))))....))).))))),...}}|,.........,,.....{((....))),....,,................}))))))))))))).)))))))))).....(((({....))))).))))),})))))))))....))))))))...)))).,..))))))))))))))))){{......}}},))))))}})))})))))))))))))))..)))))...))))))..)))))))).))|((((((((((((.....)))))))))))),.)))).))))))).)))))).)}))).,)}...)))))))....)))).)))))...............{(((.{{(({{(,....))).}}...)}.)))))))))))))....((|.(((((...(((((((((((((((((({{((....))))))))))...))))....,))).))))...))))}},|{{,...}))}......,.}}.})))},))))))..)))...,,,,)))).)))).))).}}).}.},,)))}.)))))).)..))))....)))))))}}}))).))......,,{{((((((({{,{,,....((((((((((....))).))))))).(({,((.,((((({{,,,{,(((((..{((,((((.,{{|,||,,||..,,,))..}).,}}}}...))))}...}),.})))),.})))},)),)))||{||{|.({,((((((((((((((((((((....)))))))))))))...}))}))),)),))))))).))))))))))))))))).)))){((.((((((((((((.(((((((......))))))).))))).))))))).))))))))))))))).))))}.)..)))).{,.(((.(((.((((..((((.(({{{{,...,{{{,........},)))}}}}|..((({...,}}}....,..............,}.))))..)))).))).))),}.....))))).))))).}.,,)),...........(((((((((((((((((((((,((((((((((.,,(((((((((((...,{(((.((..,((((((((((((((((.{((((....))))}.))))....,,,,,)))))))))))).},)))}}..,{{{{,...{{{{(,,{{{{{(,....,{...,,,|,|,.},.,|}}}.,.}}}))||||||,,,,|||...}}}},,.,},,}}..,},,...))))))))))),))).)}...,)))))}.)))))))))..(((.(((((........))))).)))...(((((((((.{......).)))))).))).(((....)))..)))))})))))))..(((((.....(((((.(((((((((.,.......,......})))))))).))))))))))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001005505.3 NCBI
AGAGCGCUUGGAGCCAGCGCUGCAGGGAGAUAGCAGCGCGCAGCCCGCA… 5702 nt 0.5803
NM_001174051.3 NCBI
AGAGCGCUUGGAGCCAGCGCUGCAGGGAGAUAGCAGCGCGCAGCCCGCA… 5717 nt 0.5797
NM_001291101.1 NCBI
GCGAAGCGAGUGGCUGCAGAGGGCUGCAUCCUGCCGUCCCCAGCCCCCC… 5461 nt 0.5660
NM_001410768.1 NCBI
AGAGCGCUUGGAGCCAGCGCUGCAGGGAGAUAGCAGCGCGCAGCCCGCA… 5699 nt 0.5801
NM_006030.4 NCBI
AGAGCGCUUGGAGCCAGCGCUGCAGGGAGAUAGCAGCGCGCAGCCCGCA… 5696 nt 0.5801
Summary

Calcium channels mediate the entry of calcium ions into the cell upon membrane polarization. This gene encodes the alpha-2/delta subunit of the voltage-dependent calcium channel complex. The complex consists of the main channel-forming subunit alpha-1, and auxiliary subunits alpha-2/delta, beta, and gamma. The auxiliary subunits function in the assembly and membrane localization of the complex, and modulate calcium currents and channel activation/inactivation kinetics. The subunit encoded by this gene undergoes post-translational cleavage to yield the extracellular alpha2 peptide and a membrane-anchored delta polypeptide. This subunit is a receptor for the antiepileptic drug, gabapentin. Mutations in this gene are associated with early infantile epileptic encephalopathy. Single nucleotide polymorphisms in this gene are correlated with increased sensitivity to opioid drugs. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Mar 2014]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CACNA2D2 is a target of the RNA-binding protein hnRNP H1 in the striatum, where methamphetamine administration altered its binding, decreased its transcript levels, and increased proximal 3'UTR usage [Ruan et al. DOI:10.1016/J.Pnpbp.2025.111598]. In a separate cardiovascular study, cocaine exposure in mice increased the CACNA2D2 expression in aortic smooth muscle cells, which elevated intracellular calcium and cell contractility, contributing to increased blood pressure and aortic stiffness; this effect was reversed by miR-423-5p overexpression which targets the CACNA2D2 [Dykxhoorn et al. DOI:10.3390/Ijms24076584].