Basic Information

Symbol
CACNG2
RNA class
mRNA
Alias
Calcium Voltage-Gated Channel Auxiliary Subunit Gamma 2 Stargazin Neuronal Voltage-Gated Calcium Channel Gamma-2 Subunit Voltage-Dependent Calcium Channel Gamma-2 Subunit Transmembrane AMPAR Regulatory Protein Gamma-2 TARP Gamma-2 MGC138502 MGC138504 Calcium Channel, Voltage-Dependent, Gamma Subunit 2 MRD10
Location (GRCh38)
22:36560857-36703752
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006078.5
Sequence length
5642.0 nt
GC content
0.5188

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1975.64 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2077.50 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1236.87
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((.((((..((..((.((((.(((((((((((.......(((((((....(((((.(..((((((..(((((((((((...((((((...((((((.((((((((((((((((((.(((((((.((.(.((....)).))).))))))).).)))))))...))).))))).)).)))))).((((.(..((((((((((((.((((.......)))).((((.(((..(((....(((.((.((((((....)))))))).))).)))))).)))).(((((((((((((((.......((((((.((((..((((((..........))))))..((((...((((((((((.......(((..........)))........)))))))))).....((.............))........................)))).)))).)))))).......)))).))))))))))).))))).)))))))..).)))).))))))(((((.((((((......))....(((.......))).)))).)))))((((((....))))))........((((..(((((((((........)).))).))))..)))).((((((((...((.((((...(((.(((((((((((..((((..((((((((((.....((((...))))...)))))))))).(((((.....)))))...)))).)).))))))))).((.(.((((((..(((((((((((..((((((.(((((...)).((((((......((((.....))))....))))))..((((.....(((((((((((.((((((((((((((....)))))..)))))))))...)))))))))))....)))).............))).)).)))))))))))...))))))))))..).))..)))))))))((((((..........))))))))))))))(((((....)))))...)))))))))))..))))))..).)).)))............((((((((....)))))))).....(((((((((((((.((..(((((((........(((((((((((....((((((..((((..........))))..))))))...((((((.....))))))((((.((((((.(.....).))))))))))....((((.((((((..((..((((....))))..))..))))..)).))))((.((((...)))).)).......)))))...)))))).))))))).)).))))))))))))).........((((((((((((..(((.(((((((.((((..(((((..(((((.((((.((.((((((.......(.(((((..(((....(((((...(((....)))....)))))....)))..)))))).....)))))))).)))).)).)))..))))).......((((.....((((........))))....))))((((...(((...))))))).((((((......))))))..........)))).)))))..)))))))))))))).)))((((.((((((((((..((((((((..(((.......))).))))))))..((((....))))..(((...)))...........))))))))..((((((((((((((.(((((((.((((((((((..(((..(((..((((((.(((((((((((((((........))))).)))))))........((((((....))))))(((..(((.....))).)))))).))))))..(((((((((.(((....))).......((((.(((.(((((......((((((....(((((((((((.....((((((((.(((((..((((((((....((((........))))...))))))))...((((((((....(((..(((((((..(((((....(((((......)).................(((.....))).((((((((.......(((((((..(((((......(((((..........)))))...........(((..(((..(((((.(((((.........((((((.(.((....)).).))))))..)).)))...))))).))).)))((((((((((((((((.(.(((...((((....))))..........................................................................................................................(((((.....((((((..(((.........(((((...........((((((((........)))).......((((..((((((.............((((.......))))........((((((......))))))...(((((((..(((((((...........)))))))..)))))))..(((((((................((((((((((((((.(((((((((((((((((((....))))))...))))))........)))).))).)))))))))))))).....(((((.((........)).))))).............((((((((((((((.........)))))))........)))))))(((((((((((((((((((((...))))(((((.(((((((..((((((.(....)))))))..)))))))..(((((.......)))))(((((((((.........((((((........))).)))))))...)))))...(((((((((((..((......))..))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).))))))..))))))))..))))))))..)).))))...((((((((((..((((.(((((.((((((.(((.....((((((((..(((.((((.....)))).))).....)))))))).(((((((......)))))))((((((.((....)).))))))(((...(((((......))))).)))....))))))))))))))...))))..))))))))))...((((((.((((((((..((((((((((((.((.(((..(((((((...(((....))).)))))))...)))...)).))))))))((((((((.(((..(((((...))))).))).))))))))..........((......))((((((((........))))))))......(((((..((((........))))..)))))...............(((((..((.......))..)))))(((.(((((((...........))))))).)))...((((((((.......))).)))))........((((((((.(((.((((((((.(((((..((....))..))))).........(((((................((.(((((((................))))))).))..((((((((((((...((.(((((((.(((((.((..(((((.((((((((((((((((..((((((((.....((((((((((......))))))((((((((..(((((..................................)))))..))).....)))))..)))).....))).)))))........))))..).))))))...))))).)))))....)).).))..))))))))).)).......((((((((((((((.((((......)))).))))))))((((......))))................))))))..(((((((((.......(((......))).......)))))))))..((((((......((((..((.((...............................)).))..))))(((((...(((....(((((((....))))))))))...)))))..))))))((.((((((((..(((((.....((.((((....)))).))))))))))))))).)).....))))))).....))))).....)))))...))))).))).)))))))))))..((...((((.((.....)).)).))....)))))).).))))))).))))))...(((.........)))..........................))))).))).))))))))..).)))))))).((((...))))..........)))))....))))))).......))))))))..)))....)))))...(((((((((((.......))))).........)))))).))))))))))..))))))))......))))).))))))))....((((((((....))))))))((((((.....))))))(((((((.....(((..((((((.((.....)).)))))))))........((((.(((((..(..........)..))))))))).(((((((....(((.......)))...)))))))))))))).........))))).))).)))..((((((..((((.((((((..(.((...((((....(((((((...(((((....((((((....))))))...)))))....)))))))..(((((((....)))))))...))))...)).)(((((....((((((.((((..........(((((.(.((.......))).))))).(((((.((.(((((.((((((((((....)))))))).(((((...(((((....((((.........))))...)))))..((((((((((((((((((((........)))))))))....)))))))))))......))))))).)))))))))))).)))).))))))...))))))))))).))))....))))))........((((((((.............((((((.......)))))).......(((((.(((.((((((.........((((.(..(((((.....((((((.........))))))..))))).).)))).)))))).))))))))..........))))))))...)))))).(((((.(((((((...(((......)))))))....))).))))).(((((((((((((((.....)))..))))))).)))))..)).)))))).))))(((.((((.....))))))).)))))))))((((....))))..))))))..))))))..)))).)))))))))))))).))))..))))).))))..)))))))))).))).))))).)))).))..))((((((((((....(((((..((((((((.(((.......))).)))))))))).)))....(((((((((((((.(((((....((((.....))))....)))))....)))))))))))))..)))).)))))).(((((((.......))))))))))).))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,{.(((({,((.{(({{....({((,||}}||{{|||||{|||{(({,..{((((,,..((((((..(((((((((((...((((((...((((((.((((((((((((((((((.(((((((.((.(.((....)).)}),))))))).).)))))))...))).)))))}}).)))))).((((.(,,((((((((((((.((((.......)))).{{{(,(({..{((....(((.((.((((((....)))))))).))).}},))).}))),(((((((((((((((.....,.((((((.((((..((((((..........))))))..((.({..((((((((((.,,,...,,.|,,,.||..,)}}........))))))))))...}.}}.............,,.................{{.,..}}.)}.)))).)))))).,.....)))),,)))))))))).)))))}})))))),,}.)))).))))))(((((.((((,,......}}....(((.,....,))).)))).))))),((({{..,{||||||{.,.....((((..(((((((((........)).))).))))..)))).((((((({.,,((,({{(,..{({.(((((((((((..(((({.((((((((((.....((((...))))...)))))))))),(((((.....)))))...)))).)).))))))))}.|{.|.{(((((..{{(((((((((.,(((({,.,{{{{...}},((((((..,...((({.....})))....)))))).,{{{{.....((((((((((,.((((((((((((((....)))))}}}})))))))...,}))))))))},...}}}},,,,....,}}},,}}.}}.}}}})))))))},.,})})))))}..||),..})))))))}((((((..........))))))}}}}))))|||||}},,}}},,,},)))))))))))..))))))..},)),,}}..........,.((((((((....)))))))).,,..{((((((((((((,((,,(({(((({{{,.{{.(((((((((({.....,,(((,.,,{({,.{{{{.{{||||{{,,,|,|...{{{{((.....})))}|((((.((((((.{,...,}.)))))))))}....((((.{{((((..,{..((((....))))..})..)))}..)).)))).}}}))))}.)))).))}.....,)))))},.)))))),))))))).)}.))))))))))))}...,,....{{{(((((((((..{((.(((((((.((((..(((((..(((((.((((.(,{((((((,{{....(.(((((..(((....(((((.,.(((....))).,..)))))....)))..)))))).}},.)))))))).)))).)).)))..))))).......((({.,..,((({{,.....,)))),,,.)))){(({..,(((...))))))},((((((......)))))).,........)))).)))))..))))}))))))))).)))||.({(((((((,((,,((((((((..{((.......))}.))))))))..((((....))))..(((,{{|||{,.........}}},})),..((((((((((((((.(((((((.((((((((((..(((..(((,.((((((.(((((((((((((((........))))).)))))))........((((((....))))))(((..(((.....))).)))))).)))))).{(((((,((((((,....||,...||..((((,(((,{((({......|||{||||,.,,,{(((((((....{((((((((.(((((..((((((((..,.((((........)))),..)))))))).}.((((((((....(((..(((((((..(((((....((({,......||.....},..........{((....,))}.((((((((.......(((((((..(((,,...,..(((({....,,....})))).,,,,......(((..(((..(((((.({(((.........((((((.,.((....)).}.))))))..,).))).}.))))).))).)))(((((((({(((((((.(,(((...{{{,,||}))|,...,|,,....,................................................................................,,...{{{{......,,.............{{{{,..................,((..{(((((,...........,,{{{{{{........||||.....,,,|,(((((({,,.............{(((.......}}}}........((((((......))))))...,((((((..(((((((...........)))))))..))))))|((((((((..{((............,(((((((((((((.((((((((((((,{(((((....})))))...}))))}........)))).))).)))))))))))))|(((((.....)))))}.,,.))}))))))))}..,,(((((.((((...}}}||,|}|||.|.((((((((((,(({(..((((.(((((((((((((((((((((((...)))}.,{{{{(((((((.,((((((,(,,.,||||}||..}}))}))..(((((.......)))))|||||||}}}},...,,.{{{{{|..,,...})})})))))})}}}||||{,.{((((((((((({{,,..,}..,}..))))))))).))),,.)))))))))))))))))))).})))}))||||..,))))}}}}}..,..,,,..||,|,,....((((((((((..((((.{((((.((((((((((..{{,((((((((..(({.((((.....)))).})).....)))))))).(((((((......)))))))((((((.((....)).))))))..,,,.,{((({,....)))))........)))))))))))))),..))))..))))))))))...{(((((.((((((({..{(({((((((((.||.{{{..,|{{{((,,,|||.,.,))).)))))}}...})),,,,}.)))))))}((((((((.(((..(((((...))))).))).)))))))).........,({.....,}}((((((({.,....},)}}}}}}|......(((((..((((({......))))},)))))...............(({{{,.{{......,}}.,}})))|}|.|{{{{{{........,..))))))),}..,,.||{(((((.......))).))}}}........((((((((((((.((((((((.(((({,((({...))}}))))).........(((((...................,,{{{{....,...{,......,))))}|{{{{((((((.(((((((...((.(((((((.({,({,({.,(((((.((((((((((((((({,,((((((((.....((({((((((......))))))((((((((..(((((..........,,...........,,.........)))))..)))}....,))))..}))).....))).))))).......,))))..}.))))))...))))).)))))....)}.},)},.})))))))).)).......((((((((((((((.((((......)))).))))))))((((......))))................))))))..(((((((((.......(((......))).......)))))))))..((((((,.....((((..((.((...............................)).))..)))){((((...(((....(((((((....))))))))))...))))),.))))))((.((((((((..(((({..,,,,{.((((....)))).))))))))))))))).)).....))))))))))))))))).,}}.)))))...))))).))).)))))))))))|.((...((((.((.....)).)).}}.,,.))}))}.))}}))))).)))))}..,}||,.))))}}.,...................)))))).}}))))).})),))))))))..}.)))))))).,{,,...,|||....,,....,,,,}....))))))).......))))))))..)))....)))))...(((((((((((.......))))).........)))))).))))))))))..))))))))......))))).)))))))}}}..((((((((....)))))))){((((({{.{{||||||((((,{,.....,,|}}|||||{,||,..,}))})))))))))..|||,,.(((,,(((((.,{..........}..))))))))).(((((((....{{{.......))}...)))))))}}},|||,...}))}.}|}||.}}}||}|,,((((((..((((.((((({.....,..{((((....(((((((...(((((....((((((....))))))...)))))....)))))))..{((((((....)))))))...,|||.{{{{(((((......))))).}}}|{.{{.{((((((((((.,,((.......)),.))),|.{(((,{((.(((((.((((((((({....}))))))).(((((.({{(((({,..,|||}}},,....,,,,.{{|||||..((({((,,{(((((((((((........))))))))))}.})})))))))))......))))))).)))))))))))).}.))))))))})..,)))))))))).))))....)))))).,,,.,..{{{{((({............||{((((.......))))},...,,{.(((((.(((.((((((.......,,((({,(..{((((,....({(({{.........)))))}..))})),),)})}.)))))).))))))))..........}}}|||||,..}}|||}.(((((.{{{{{({...,{{.....,)))}))).,,,|||.|||}}.(((((((((((((({.....}))..))))))).)))))..})))})))),))))|||,((((.....))))}})})))))))))|(((....)))}.,)))))),.))))))..)))).)))))))))))))).))))..))),.,||.|..((((|....})))).)}))).}))).},,,))||||||{{{|}}}}||||...,(((((((.(((.......))).)))))))))),))},...(((((((((((((.(((((....{(({.....))))....)))))....))))))))))))).,)))).}}}}}|,{{(((((.....,,)))))}))))}.))......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001379051.1 NCBI
AUCUCUAGCUACGCCUUCCUCUAAGCUCCGGGAGCCCAGGAGAGCGCUC… 5351 nt 0.5268
NM_006078.5 NCBI
AUCUCUAGCUACGCCUUCCUCUAAGCUCCGGGAGCCCAGGAGAGCGCUC… 5642 nt 0.5188
Summary

The protein encoded by this gene is a type I transmembrane AMPA receptor regulatory protein (TARP). TARPs regulate both trafficking and channel gating of the AMPA receptors. The AMPA subtype of ionotropic glutamate receptors are ligand gated ion channels that are typically activated by glutamate released from presynaptic neuron terminals and mediate fast neurotransmission in excitatory synapses. TARPs thus play an important role in synaptic plasticity, learning and memory. Mutations in this gene cause an autosomal dominant form of cognitive disability. [provided by RefSeq, Jul 2017]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.