Basic Information

Symbol
CALB1
RNA class
mRNA
Alias
Calbindin 1 Vitamin D-Dependent Calcium-Binding Protein, Avian-Type Calbindin 1, 28kDa Calbindin-D28k Calbindin D28 Calbindin D-28K CALB Calbindin 1, (28kD) RTVL-H Protein Calbindin 27 CAB27
Location (GRCh38)
8:90058608-90095475
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004929.4
Sequence length
2533.0 nt
GC content
0.3750

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-570.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -622.08 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 916.74
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.(((((..(((.(((((((..(((((((.(((((..(((((...((((..(((...))).)))).((((.((........)).))))....(((....)))(((((....))))).....))))).(((............)))...........................)))))......((((........))))...............))).))))..))))))).)))))).(((((((((..(((((((.(((((((.((((.((((((((((((((.((((((.((.(((((((((((((((((...(......)...))))))..((((((.(((.......))).))))))....((((((.....(((.((((((((((..(((((((.(.(((((((((..((..........(((((((....((.(((((((((((((....)).).))))))..))))))))))).))(((.((((((((((...(((((((.............((((..((....))..))))(((..(((.(((....))).)))..)))(((......))).....(((((((((((..((.((....((((((((((.(((........)))....((((((...))))))..(((((((((.(((((((.(((((..(((((.(((....)))...(((..(((.((((((((((...(((((.(.(.......).).)))))(((((((......)))))))((((((((((....((((((..(((((.(((.............((.((((.((((...)))).))))))(((((((((((..(((.(.((((((((.....................(((((((.(((((((((((.((.....))..)))))))).((....))(((..((((((((((((......)))))))...))))).)))((((....((.((((.(((((.((((..................)))))))))))))))....)))).))).))))))).((((((((............))))))))..)))))))).).))).....))))))))).)).))).))))).))))))....)))))))))).......((......))..))))))))))))).)))...))))).)))))..........................(((((.(((.((.......)).))))))))..........))))))).((((((((.............))))).)))..........((((((((.((.((((....(((((.((.((................(((......)))......(((((.(((........))).))))).)).)).)))))....)))))).)))))))))))))))))....))))))......(((........))))))))).))..))))))))))).......(((((((.(((....((.((((((((((....(((((((((.(((......))).))))))))).))))))(((.((.(.((((.((.(((((.........)))))..)).)))).).)))))................))))..)).....))).))))))).)))))))....)))))))))).))))).....))))))..))).).))))))).)))))).)))).))).....))))))..............))...)))))).))).))))))))...))))).....))))))))).))))((((((..(((((...((.((((((((((((.....(((((.....)))))))))...............((((((...................)))))).(((((((.((((((((((((((((((..(((.(((((((....))))....((((((........)))))).)))))).))))))))..))))))(((((((.....).))))))(((((.(((.((((....))))..))).))))).....(((((..((((.........)))).))))).(((((...........))))).................((((((((.........(((((((..((...((((.(((((.......))))))))).))..)))))))...........)))))))))))).))))))).)))))..))).)).)))))..)))))).((((((((((...........))))))).)))...(((((....)))))...........)))))..((((((..((((((...............))))))......(((((.......)))))..))))))........(((((...((...((((((((.....))))))))...)).)))))....)).)))))))..)))))).))).)).))...................................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((((,,..((({({((,,(,{(({((((.{{|{{.,{{,((...{{{|.,|||,}})}}.|}|},||||}||,}}}..|{||,}}|}..,,|{{,,,,|||(((((....))))},,,,,,,|||{(|({,,,,,......,}}............,,,............|||||....,,((((........}))).,...,,,,,,,,.,}}}|||||{,|}}}}||{||||||{((((({(((|.{(({({{.{{,{|{|||{{{,{{{{{{{{|{{{{|,{(({||,{|.{{{{(((((((((((((.{,(......,..,)))}}.}}}|||||.,{{|,,}...,,,..,||||,|||({({((.,,,,(((.({{{((((({..{{{{{{{.,.||||{{{{{,.{|,,,,,,,,,.{|(((((..,.{.,(((({{(((((({....},.),,))))),.))))))))))).)),{{,(((({{{{|||},{({{{,{,,,,,((((....)))}},{{||,|||...))},||,,|{{.(((....))).}))..}}|(((......))),....{{(((((((((..{{.,....,((({((((((.(((.......,)))....((((((...))))))..{{({(({,{((((((((.(((({..{{({{.{{{....})),,.||{||(((,{{{||||||,.,,|||||}|}|,,,....}||{||||,,({((((,.,...||||,}}{{{{{(((({.{{{(({{((,,,((((,(({..,.,,.,,,,,,,{.((((.((((...)))).))))||(({(({((((({{,((((((((((((({{...,}}}}}..........,{,{{......,{{{{{{{.(({{.{{,|{.,,,,)),)}}}},.)))))))})...||}||}||}}}}},||||||,,,{{{{{,.{(((({,....||}||{{}||||(,((({..||}},.......,..,}))))))}},}}}})||||))}}}}}}}})))},|.{(({((({........,,,,}}}}}}}}..,|||||||,,{|||{,,,,,||||||||{||.|||.}}}}},||||}}....}}}))))),,..,.,.},},,.}.))))}))))))),}||||,}}}.,,)))}}.}}}}}..........................(((((.,(({((.......)},))))))))..........,|,{|(,,{{|||{,,...,{,,..||||}|||,.|,|{{.{{{....|||,|||{,{{,||||}|..||||{.||,{{.....,,{|,......{{{,,,,,,|||......{{(({.{{{........))).))))},||.||,||||}.,,.}}))})}))))),))}}))))}))....)))}}}.......,,.,,.....}}}))))},.}}..)))))))))}}...,..,(({{{((,,......,,.{{{{({((((.,,.(((((((((.(((......))).))))))))).},}}})|||,((,(.{(((,{{.(((((.........))))).,}}.}))).}.))}{|..,,...||,......,,}}||}||,,..||}.}}}}})),)))))))....)))))))))),))))).....}},}}),,))),),)))))}}.)))))).)))).))).....))))))..............,,..,)))))),)}}.)))))))),,,})))),,}},,}}}}}|}}.||||{{{{{{,,||||{||.,..{(||{||||,||}},,,(((((.....))))),}}}......,.|||,...,{{{{{,{,{{,{.......,,.,})))}},.(((((((.((((({{{{(((((((((..(((.(((((({....|||}|,,.{{{{{{....,,,.}}}})),)))))).))))))))}.}}}},.(((((({.....}.)))))){((((.(((.((((....})))..))).))))}.....{(((({,({{,....,,,..,,,,.))))}.(((({...........)))}}.....,,......||..{({{{(((,{{{,{,{{(((({((..{{.,.{|||||||||...,,,,)))}})})).)).,))))))),,,,,...,,.})))))}))))).)))))))}}},))},}}).}))))}}}..)})))}.||((((((((|........}.))))))),)))...(((((....)))))..,.,(((((.,,.,{,,{{..||||||,|||...............,}}|||{,,...,(((({.,...........,.}}},,,,,.,,,|{{,,...{{...{(((((({.....))))))))}}})),)))))...})}.}}))))),,}}}}}},,}}.}},)),,,...,|..{{{|{.,,....,,..,,,,,..,,.,,........}},..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001366795.1 NCBI
AGGGAGAGAACUCUGGAGGAACGCUGAGCUGAGCAGCACCGAGGACAGC… 2458 nt 0.3755
NM_004929.4 NCBI
AGGGAGAGAACUCUGGAGGAACGCUGAGCUGAGCAGCACCGAGGACAGC… 2533 nt 0.3750
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the calcium-binding protein superfamily that includes calmodulin and troponin C. Originally described as a 27 kDa protein, it is now known to be a 28 kDa protein. It contains four active calcium-binding domains, and has two modified domains that are thought to have lost their calcium binding capability. This protein is thought to buffer entry of calcium upon stimulation of glutamate receptors. Depletion of this protein was noted in patients with Huntington disease. [provided by RefSeq, Jan 2015]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CALB1 colocalization with the neuronal activation marker c-Fos increased significantly in the primary somatosensory cortex following a burn injury, indicating its association with activated interneuron subtypes in acute pain processing [Erdei et al. DOI:10.3390/ijms26083538].