Basic Information

Symbol
CALML5
RNA class
mRNA
Alias
Calmodulin Like 5 CLSP Calmodulin-Like Skin Protein Calmodulin-Like Protein 5 Calmodulin-Like 5
Location (GRCh38)
10:5498697-5499570
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_017422.5
Sequence length
874.0 nt
GC content
0.6682

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-420.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -433.47 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 164.31
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_017422.5 NCBI
AGAACUGUCUGGGACAGACGCUGCCCGGAUCCCUGCGGCUGCCUGCACU… 874 nt 0.6682
Summary

This gene encodes a novel calcium binding protein expressed in the epidermis and related to the calmodulin family of calcium binding proteins. Functional studies with recombinant protein demonstrate it does bind calcium and undergoes a conformational change when it does so. Abundant expression is detected only in reconstructed epidermis and is restricted to differentiating keratinocytes. In addition, it can associate with transglutaminase 3, shown to be a key enzyme in the terminal differentiation of keratinocytes. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans examined candidate mRNA markers for skin identification, where the CALML5 was initially ascertained from the GNF SymAtlas database as a skin identification candidate [Visser et al. DOI:10.1007/s00414-010-0545-2]; however, subsequent experimental testing revealed that the CALML5 showed non-specific amplification among the tested samples [Visser et al. DOI:10.1007/s00414-010-0545-2].