Basic Information

Symbol
CALN1
RNA class
mRNA
Alias
Calneuron 1 CABP8 Calcium-Binding Protein CABP8 Calcium-Binding Protein 8 Calneuron I Calneuron-1 CaBP8
Location (GRCh38)
7:71779491-72447151
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden unexpected death diagnosis Forensic psychiatry evaluation Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_031468.4
Sequence length
9424.0 nt
GC content
0.4794

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3079.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3254.05 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1992.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001017440.3 NCBI
GUUCCUCAGGUUGCGCUGCUUGGAAACCGAGGGAGCCAUUGGAGAGGCG… 9639 nt 0.4944
NM_001363460.1 NCBI
AUUCUGAGGAGCUGCAGUGCCCUGCUCCUUCCUGAUGGCUUAGAGAUUC… 9053 nt 0.4752
NM_031468.4 NCBI
GAAGCUCGCUGGGGUGCUAUCCGCUUGAGUUUGUGUUUUUUUCUUUCCU… 9424 nt 0.4794
Summary

This gene encodes a protein with high similarity to the calcium-binding proteins of the calmodulin family. The encoded protein contains two EF-hand domains and potential calcium-binding sites. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human postmortem cardiac tissue identified CALN1 as a significantly upregulated RNA biomarker associated with Sudden Unexplained Death in Schizophrenia (SUD-SCZ) pathogenesis, discovered through single-nucleus RNA sequencing analysis [Chen et al. DOI:10.1016/J.Forsciint.2025.112646].