Basic Information

Symbol
CAMKK1
RNA class
mRNA
Alias
Calcium/Calmodulin Dependent Protein Kinase Kinase 1 CAMKKA Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase Kinase Alpha Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase Kinase 1, Alpha Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase Kinase 1 CaM-Kinase Kinase Alpha CaM-Kinase IV Kinase CaM-Kinase Kinase 1 DKFZp761M0423 CaM-KK Alpha MGC34095 CaM-KK 1 CaMKK 1 CAMKK Alpha Protein EC 2.7.11.17 CaMKK Alpha EC 2.7.11
Location (GRCh38)
17:3860315-3894891
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_032294.3
Sequence length
3572.0 nt
GC content
0.5879

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1504.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1565.02 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 756.46
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..(((((.((.(((((((((.((.((((.((((((((.(((..((((((..(.(((.((....))..))).).))))))(((((((.((((...)))).)))))))(((..(........)..)))...((((..(.((((((((..............)))))))).)..)))).((((((((((((((..((((((..(((((.....(((((((.((((((..(((..(((.....)))...))))))))).)))....)))).........((((.((....))))))....)))))..))))))..).))).))))))))))...........(((((...((((((.((((((((..((((((((((((((((((((((...(((..(((........)))..)))(((((((((((.....))).)..)))))))((.((((((((((((((((((((.....)))))).........((((((((....(((((((((.((((((....))))))((((((...........))))))....))))).))))..((((..((.((.(((((((((.(((((((.((((((..((((...(((...(((((((....(((.((((((((....((((((.(((((((......))))).(((((.(((((((((((((.((((....((((..((((((.(.(.((((......)))).).))))))).(((((((((((((((........)))))....((...((((((......))))))...))..(((((((((.(((((((((((..((((....))))...)))).(((((.(((((.((((..(((((..(((((((.......)))))))..))))))))))))))..)))))((((........))))...))))))).)))))))))))))..)).)))).....(((.((((....))))))).)))).....)))).)))..))))))....)))))))))..((.(((((....))))))).((...(((((.(((.(......).))))))))....))..(((.((((...(((.....((((((.....))))))..))).)))).)))))))))))..)))))))).)))...)))))))....)))...)))).)))).((((((((((((((((.....))))(((.(((..((((((....((((((((...((((((((((.(........).)))).)))))))))).))))))))))..))).)))((..((((.....))))..))....))))))).....((((........))))(((((..(((.....))))))))(((((....)))))...(((((((....)))))))..(((((((((((...)).((((((((((((((((.(((..............))).))).(((((((((.((((((((((((((....))..)))..))))).)))).)))...(((((....))))).....))))))...(((((((.(((..(((((((....))).))))((..((((((.((......))..))))))..))..((((((..((((.....)))).....((((......)))).(((((((((((.((((((((((((......(((((....(((.((...........)))))......)))))......)))))....(((((....)).))).))))))).)))).)))))))........))))))..))).))))))).....)))))))).)))))....(((((((((.((......)).)))).)))))((((((((((((...)))))))..))))).)))))))))((((((.(((((((.((((...((..((((((((.(.......).))))))))(((((((..((((((.((....)).))))))...))))))).)))))).)))).)))...)))))).))))).)).))))))).))))))))).))..))..))))...((((((.(((((....)))))))))))((((...))))..)))))).))))))))((((((.........))))))(((((.(.((((((((((((((((((..(.(((((..((((.......))))..))))).).((((((.((((((.(((..(((((..........((.((((((((.((...(((((....((((((((((((((((((((..((((.((((((....((((.................))))))))))))))..))((((......))))......(((((((((.............((((((((((((((.(((((.((..((((...((.((..(((......)))..))))...)))).)))))))))))))....))))..))))....))))).))))))))))).)))....))))))))....))))).)))))))))).))(((((((((.....((((((((((((..((.....)))))))))))).))...(((((.....((((...))))(((((((((((...(((((((.(((....))).....(((.((......)))))..........(((((...)))))))))))).))))..................)))))))..(((.(((.(((.....)))...))))))..(((((((...))))).)))))))))))))))).(((((((.(((((((((((((.(((((....))).))..)))))).........))))))).)))))))..((((.....))))(((...((((((((((.....))))))).)))...)))((((((.....))))))..)))))))).))))))))))))......)))))))))))))))))).)))))))))))))).))))))).))).))))))))).)))))....)))))))))))))))))))...))).).))))))).)))).)).)).))).)))).)).)))))((((.........))))..(((((((((((((((((......)).))))))..((((...)))).......((((.....)))).((((((((((((((.((((((...))))))..))))))......))))))))(((((..(((((((((....(((((((((...)))))..)))))))))))))..(((((((((((((((((((.((................((((((((..(((((.((.(((.....(((((((((.((((((((((.((.........)).)))((((((((.....))))))))...))))))).)))))))))......))))).))))).)))))))).(((((((((.((.......)).))))))))))).)))))))))))))))))))............)))))).))))))))............)))..((((((........)))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({..(((((.((.(((((((((.((.((((.(((((((({(((,.((((((,.(.(((.((....))..))).).))))))(((((((.((((...)))).)))))))(((..{,,......)..)))..,|{{{..(.,(((((((.{.{,...,,.}.))))))),},|.,}}}}.((((((((((((((..((((((..(((((.....(((((({.((((((..(,(..(((.....})),,},))}))))),))},...}})}.........|||(|((....,))))).},.)))))..))))))..).)))}}}))))))))......,.,,,(((({..{((((((.((((((((..(((({(((((((((((((((((,,.{((..(((,......,)))..)))(((((((((((.....))).}..}))))))((.((((((((((((((((((((.....))))))........,,{((((({..,.(((((((((.{(((((....)))))|((((((...........)))))),...)))))},)))..{(({..({.({,(((((((((.(((((((,(((({,..((((...(((...(((((((.,..(((.((((((((....((((((.(((((((......)))}}.(((((.(((((((((((((,((((....(((({{((((((.(.(.((((......)))).).))))))).||{((((({.(((((........)))))....,{...((((((,....,))))))...}}..(((((((((.(((((((((((..((((....))))...}))).((({{.(((((.((((..(((((..(((((((......,)})))))..))))))))))))))..))}}|((((........)))))..))))))).))))))))),,,,.}))})},}.....(((.((((....))))))).)))).....)))).)))..))))))....)))))))))..((.(((({....})))))).((...((({{{(((.(......).))))))))....))..(((.((((...(((.,...((((((.....)))))).,))).)))).))),,})))))..)))))))).)))...)))))))....))).,.))))})))).((((((((((((((((.....))))|((.(((..((((({...,(((({{((,.{((((({((((.(........).)))).))))))),)),))))))))))..))).)),{({.((((.....)))),.,}....})))))}....{((((........))))|((((..(((.....)))))))}(((((....)))))...(((((((....))))))}..{((((((({{{...}}.((((((((((((((((.(((..............))).))).(((((((((.(((((((((((({(....,},.)))..))))).)))).))).(,(((((....))))).,,,.))))))...(((((((.(((..({((((({,..,||{,|,|(((........))))....}}}.|||},|(({{..((((((..,,{{.....))})}}},,{({|..{{,.|,,|.(((((((((((.((((((((((((......(((((....(((.((...........)))))....,.)))))......))))),...(((((....)).))).})))))).)))).))))))),}.,))}})))),)},))).))))))).....)))))))).)))))....(((({((((.((......)).)))).)))))((((((((((((...)))))),,}))))).)))))))))((((((.(((((({.((((..,({..((((((((.{.......}.))))))))(((((((..((((((.((....)).))))))...))))))).}))))).)))).))).,.)))))).))))).,}.))))))).))))))))}.)},.})..}))).,.((((((((((((....))))))))))){(((...))))..,|||||.}||||}}},,||||,.}},,,..))))})(((((.(.((((((((((((((((((..(.(((((..((((.......))))..))))).).((((({{((((((.(((..(((((..........{(.(((((({{.((,..(((((....((((((((((((((((((((..((({{((((((....((((,,...............))))))))))))))..}}({({.....,}})|...,..{{{((({((.........,,,.(((({(((((((((.(((((.((,.((((...((.((..(((......)))..))))...)))),))))))))))))),}},}}},..)))).,}.)}))).)))))))))))},}}.,..)))))))).,..))))).)))))))))).||(((((({{,.,{..{,((((((((((..((.....)))))))))))).}},,.{{{{{.....{{({...)))){{{{{(((((...,{{((((({......})))))...(((.{{..,,,.,,}||,.........(((({...})))),}))}))}))),....,.|,,.{.|,.||||||||||{|{({,{(({((({{{..||}.||}}}))...||((((|...})))).},})}))))))))))},(({{{{{.((((((({{(({(,{{(((....))).||{||.,,))}})..}},.))))))).))))))).,{{{{,,,.,)))){((...((((((((((.....))))))).)))...)))((((((.....))))))..)))))))).))))))))))))......)))))))))))))))))).)))))))))))))).)))))))},)).))))))))).)))))....)))))))))))))))))))...)))},.))))))).)))).)).))},)).)))).)).)))))((((.........))))..(((((((({((((((((......)).))))))..((((...)))).......((((.....)))).((((((((((((((.((((({...})))))..))))))......))))))))(((((..{((((((((....(((((((({...}))))..))))))))))|{((,(((((((((((((((((((.((......,.........((((((((..((,(({,.((((.....(((((((((.((((((((((.((.........)).)))((((((((.....))))))))...))))))).)))))))))......)))),.)))}).)))))))).(((((((((.((.......)).)))))))))}}.)))))))))))))))))))}}}},....}},)))))),))))))))............}))..((((((........)))))}.......

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_032294.3 NCBI
GCUCGGCGAUCUGGGCCCCAGCGAGGCGGUGGGGCGGGGCGGGGCGGGG… 3572 nt 0.5879
NM_172206.2 NCBI
AGCAGAACAGAGUAUGCAAUUUGGGAAGCUGUGGUGUGGCUGCAGUGGA… 3508 nt 0.5781
NM_172207.3 NCBI
GCUCGGCGAUCUGGGCCCCAGCGAGGCGGUGGGGCGGGGCGGGGCGGGG… 2468 nt 0.6070
Summary

The product of this gene belongs to the Serine/Threonine protein kinase family, and to the Ca(2+)/calmodulin-dependent protein kinase subfamily. This protein plays a role in the calcium/calmodulin-dependent (CaM) kinase cascade. Three transcript variants encoding two distinct isoforms have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans established a targeted RNA sequencing protocol for predicting the time-of-day of bloodstain deposition using 69 candidate mRNA markers, including the CAMKK1 which contributed to the final penalised regression model with coefficients of 1.406 (sine) and -1.551 (cosine) [Gosch et al. DOI:10.1101/2025.02.03.636230][Gosch et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2025.103287]. The final model, evaluated on 408 dried blood samples from 51 individuals, achieved a root mean squared error of 3 hours and 44 minutes, with 78% of predictions correct within ±4 hours via five-fold cross-validation, demonstrating its potential for investigative forensic trace contextualisation.