Basic Information

Symbol
CANX
RNA class
mRNA
Alias
Calnexin IP90 P90 Major Histocompatibility Complex Class I Antigen-Binding Protein P88 CNX Epididymis Secretory Sperm Binding Protein
Location (GRCh38)
5:179678628-179731641
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001746.4
Sequence length
4915.0 nt
GC content
0.3990

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1353.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1453.70 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1328.42
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001024649.2 NCBI
AGCGGUGGCCGAGGCCUCUUGGUUCUGCGGCACGUGACGGUCGGGCCGC… 4862 nt 0.3947
NM_001363993.1 NCBI
AGGGCCGGGCUUCGUGCGGUGGGGCUCGCUCGCGCGGCAGCGGUGGCCG… 5149 nt 0.4069
NM_001363994.1 NCBI
AAUCCGGCCAGGCGCUCGCGCUGGGUUCUGCUCACGCCCGUAGGGGCCC… 4956 nt 0.3999
NM_001363995.1 NCBI
AGGGCCGGGCUUCGUGCGGUGGGGCUCGCUCGCGCGGCAGCGGUGGCCG… 5055 nt 0.4042
NM_001363996.1 NCBI
ACACUCCACGAAGAAUAGCCGUAGGGGGCGUAUGGGACGAUCAUGGAAG… 4818 nt 0.3908
NM_001363997.1 NCBI
AGGGCCGGGCUUCGUGCGGUGGGGCUCGCUCGCGCGGCAGCGGUGGCCG… 4856 nt 0.3950
NM_001363998.1 NCBI
AGGGCCGGGCUUCGUGCGGUGGGGCUCGCUCGCGCGGCAGCGGUGGCCG… 4950 nt 0.4022
NM_001363999.1 NCBI
AGGGCCGGGCUUCGUGCGGUGGGGCUCGCUCGCGCGGCAGCGGUGGCCG… 4947 nt 0.4023
NM_001364000.1 NCBI
AGGGCCGGGCUUCGUGCGGUGGGGCUCGCUCGCGCGGCAGCGGUGGCCG… 4894 nt 0.4025
NM_001364001.1 NCBI
AGGGCCGGGCUUCGUGCGGUGGGGCUCGCUCGCGCGGCAGCGGUGGCCG… 4820 nt 0.4023
Showing 1 to 10 of 11 entries
Summary

This gene encodes a member of the calnexin family of molecular chaperones. The encoded protein is a calcium-binding, endoplasmic reticulum (ER)-associated protein that interacts transiently with newly synthesized N-linked glycoproteins, facilitating protein folding and assembly. It may also play a central role in the quality control of protein folding by retaining incorrectly folded protein subunits within the ER for degradation. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described. [provided by RefSeq, Jun 2018]

Forensic Context

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