Basic Information

Symbol
CARMIL1
RNA class
mRNA
Alias
Capping Protein Regulator And Myosin 1 Linker 1 CARMIL DJ501N12.1 LRRC16A LRRC16 Capping Protein Regulator And Myosin 1 Linker Protein 1 Capping Protein, Arp2/3 And Myosin-I Linker Homolog 1 Capping Protein, Arp2/3 And Myosin-I Linker Protein 1 Leucine-Rich Repeat-Containing Protein 16A Leucine Rich Repeat Containing 16A Leucine Rich Repeat Containing 16 F-Actin-Uncapping Protein LRRC16A CARMIL Homolog FLJ20048 Capping Protein, Arp2/3, And Myosin-I Linker Homolog 1 (Dictyostelium) Capping Protein, Arp2/3, And Myosin-I Linker Homolog 1 Testicular Tissue Protein Li 107 DJ501N12.5 CARMIL1a
Location (GRCh38)
6:25279078-25620537
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_017640.6
Sequence length
5485.0 nt
GC content
0.4653

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1677.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1778.74 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1381.22
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.(((((((((((((((.(((.((...(((((.(((.(((((((((.((((((((.((.......)).)))).))))))))((((.((.((((.((((((..(.((.((.(((......))))).)).)..)))).)).)))).))..))))).)))).)))....)))))...)))))..))).))))))))......((....)).((((((.((...)).))))))((((((((....(((((((((.(((((((((((((.(.((((......)))).))))))))).....(((((............)))))........))))).)))))))))..)))))))).)))).))))).(((((........(((........)))......)))))....((((((((((.(((((...(((((((((((((((((((((.(((((((((..(((((..((.(((..((((((((((((((........))))(((((...((((((....((((..........(((....((.((((....((((((((((((((..(((((.(.((((....((((((((.(((((((((.(((...((((.(((.....))).))))...))).)))))...)))).)))....)))))...)))).))))))((((((..(((((((((.(((((((((((...(((((((.(((...(.((((((((((.((...)).)))))).(((((....)))))(((((.....)))))....((((......))))............)))).).))).))))))).(((((((((.......)))))))))...(..((((((.....))))))..).(((.(((((((((.((...(((((..(((((.(((((((......(......).......))))))).).....)))).)))))(((((((.(((((.......(((.........)))))))).))))))).(((....)))...)).))))))))).)))...((((((..((((((((((.((.....((((((((..((.......(((((...))))).......)).))))))))(((((....))))).)).))))))))))))))))((((((........).)))))...))).)))))))).)))).(..(((.((((.....)))))))..).((((....))))..........)))))...)))))).............((((((...(((((((((((......))))))))...))).......)))))).........)))))))..)))))))...)))).)).....)))....((((((....)))))).))))))))))...)))))...))))))).....)))..))).))..))).))....)))).))))).)))))))))....(((((((.....)))).)))(((.(((((..((((((...))))))....))))).))).((((....))))..(((((((((((...))))))..)))))))))))))))))))))).))))))(((...((((.(((((((....((((((((((((((((((....((.....))...))))).))...(((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((.(((((((.......((((...(((((((.......(((((((((..((((((..(..((.......))..)..)))(((.(((((.(((((((((........))))))))).))))).))).......((((((((((.(((.((((.............((((..(((((....)))))...))))))))))).)))))).))))))))))))))))))))))).....))))((((.((((......((.(((.((((.((((((((((.........................(((((((((.....))))))))).((((((........))))))(((.((((((.(((((((((((.((((......((((....)))))))))))..........(((..(((..((((...((((((((.((........((((..((....)).))))..)).)).))))).)....))))..)))..))).(((((.((..............)))))))....)))))))).........))))))..)))((((.....((((((....))))))..))))........)))))))))).))))))).))..))))))))((((...)))).............)))))))..........((((((((....(((..(((.((.((((((.((......)))).((.(((......))).)).((((((.....)))))).((.((((..(((.....)))..)))).))((((((((........................))))))))....((((((((....))))))))..........)))).)).)))...))).))))))))((....))....((.(((.(((........))).))).))............)))))).)))))))...(((....))).(((((((.(..(((((.(((.((((((....)))))).....)))))))))))))))).)))))..)))).)))).)))))))).))))))))).....(((.((.(((((((..(((((((((((..((((((............)))))).))))))....)))))...(((((.(((....(((((.((((.(((.....((((((((..(((((...(((((....)))))....)))))..))))))))....))).))))))))).....)))((.(.(((((((((((.......(.(((((.....((((((.((..(((.((((((((........))))...((((.((....)).))))(((((((((..(((...(((....))).)))....((((((((.......))))))))....(((((.((((....)))).)))))....(((((((((((((((((......(((((((((.................(((....))))).)))))))...))))))))).....)))))))))))).))))).)))))))..))))))))..........(((((.(((.....(((.....))).....)))))))))))))))))))))))))..).))(((((((((....)).))))))).(((((....)))))......)))))....(((((......)))))((.....)).......)))))))...)).))).((((((((((((((((((......((((....))))(((((((((...((.(((((((((....(((.((((((((((((.((((...(((((.....)))))(((...)))...(((((((((((........(((((((........)))))))...(((((((((((.((((((((((((((((...))))(((((((....))))).))................(((((........).))))........((((........))))...((((((.((....))(((.(((....((((.((((.(((...)))))))..)))).....))).)))..((......)).((((.....)))).))))))...........((((((((....)).))))))((((((.......(((.((((((((.((((.(.((((.......(((....))).((((((.(((.((.((....((((((((((.(((.(((((((((..........))).))).)))....(((((((.(...((...((((((.((((((((((....))).))))))).))))))..))))))))))...((((........))))..(((((((((((((((......))))).))))...)))))).....((((((((((((((.....)))))....................)))))))))..(((((.....(((.((((.((((...............)))))))).)))...)))))......(((.((...)).)))...))).)))))))))))).))...))).....))))))...(((..((((...............))))..))).....)))).)))))))))))))(((.((((.........)))))))(((((((((((.((..(((((((((((((((....(.((..((.((((((...)))))).))..)).)..))))(((((....))))).((((.(((...............))).))))......((((((.(((((((((.(...............(((((....(((.(((((.......))))).))).....)).))).(((((........)))))...).))))))))).))))))(((((((((((..(((..............)))..).))))))))))))).)))..))))))))))))))))))........))).......))))))..)))))))))))).)))))))))))..(((((......))))).))))))))))).((((((((((.....(((.((.......)))))....))).))))))).......))))..)).)))))))))).......))).......))))))))).))...)))..))))))...)))))).)))))))))..))))))))))).))))))))).............(((......(((......)))....)))..(((.((.((((((((.(((((.((((.(((((((.......)))))))))...)).)))))...))))).))).)).)))(((((((...))))))).........)))))))))))....)))....(((((((((((((.(((((.((((..(((....)))...((((((.(((((........))))).))).))).............((((((.(((.(((.............))).))).)).))))....(((..((((((..((((...))))..))))))..)))))))))))))))))))))))))(((.(((((((((((((..(((((....)))))...))))))))..))))).))).......((((((.((((((((((((((((((((((.((.(((((............))))).)).).)))))).)))))..............))))..)))))).))))))(((((((((((((..((((......))))..)))))))).)))))....))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.(((((((((((((((.(((.((...(((((.(((.(((({((((.((((((((.((.......)).)))),,)))))))((((.((.((((.((((((..(.((.((.(((......))))).)).)..)))).)).)))).))..))))).)))).)))....)))))...)))))..))).))))))))......((....)).((((((.((...}).))))))((((((((....(((((((((.(((((((((((((.(.((((......)))).))))))))).....(((((............)))))..,.....))))).)))))))))..)))))))).)))),))))).(((((...,....(((.,,....,)))...,..)))))....(((({(((((.(((((...(((((((((((((((((((((.(((((((((..({(((..((.(((..((((((((((((((........))))(((((...((((((....((((........{{({(....((,((((....(((((((((({{{{..{{{{{.|.((({||,.{(((((((.(((((((((.(((...((((.(((.....})),))))...))).)))))...)))).)}),}}}),}}}..,)))).}))))}((((((..(((((((((.(((((((((((...(((((((.{(,...{{{{|{((((((.((...)).)))))).{((((....))))}((((({...,))))).,,,||{{{{,,..||||............,)))),.))),))))))).(((((((((.......)))))))))...{..((((((.....))))))..).(((.(((((((((.{{,..(((((..({(({.((((({{.,,,,,{,,.|.,|..,....}}})))).},,..,)})}.||||,{{,((((,,,,,,}}}}}..|||,..,,...,))}}}}}}.}}}},||,{{{....,},}}))),))))))))).)))...((((((,,((((({((({.((.....((((((((..{{.......(((((...))))).......}).))))))))(((((....))))),)},))))))))))))))))((((((........),,))))...)))))))))))).)))).(..(((.((((.....)))})))..).((((....))))..........)))))...)))))),,|......,,}.{((({{...,{{((((((((......))))))))...})).......)))))}...,,,,..}))))}}..})))))}...}}}}.}}....,)),....((((((....)))))).))))))))))...)))))...))))))}....,)))..))).))..))).}}....))))}})))).)))))))))....(((((((.....)))).)))(((.(((((..((((((...))))))....))))).))).((((....))))..(((((((((((...))))))..)))))))))))))))))))))).)))))}......((((,(((((((....((((((((((((((((((....((.....))...))))).}}...(((({((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((...{{(((,{.....,|}|,,,(((((((.......{{{((((((..(({{{,,{(,,{({{{{...,|,||,...{(((.(((((.(((((((((........))))))))).))))).)))),,,,..{{{{{|||||,|,,,(((,.............{(((,.(((((....)))))...}|}}|||||,,.}}}})}.}}}}}},}}}))))))))))))).....}}}}..,..,,{,.....{(({(((({({{...((((((......})))}}.......,|||,,..(((((((({.....})))))))).((((((........))))))..(((((((({({(((((((((.((((,.....{{{{....))))))))))}.,,,,.,{..(((({(((({.{.....,,)))){{.((,...})).||.,,},)))}.,,}}}))})))))).))}|{,.....||||..|,..,)))))))))}..........,.{||||..|||.....(({.,.{{{{...(((((,{(((..{({,,{{{,{,.{(((((....)))))}.....,.......,||.,}}.,}},}}}},,..))}.))))))))|,}}}}...,)}}.....,},...))))),....,,,..,.((((((((....{,(.,{{{.((.(((({{.((......}}}}.{{.(((......))).}}.((((((.....)))))).((.((((..(((.....)))..)))).))((((((((.,{,.....|,|||.....,,}..))))))))...(((((((({....})))))))})........)))).)).)))...,}}.)))))))).}}..))),)))})}||{.{{{........))),))}.,.............))))))}}))))))...(((....))).(((((((.{..(((((,({{,((((((....)))))),,...})))))))}))))))).}))))..)))).)))).)))))))).))))))))),....,(({((.((((((({.(((((((((((..((((((............)))))).))))))....)))))....|}}},.,{....,,||||(((({(,,.....((((((((..(((((...({(((....)))))....)))))..))))))))..,.||,,|,,...,)).}}..{{((((({(((((((((((.......(.(((((.....{(((((.({,,(({.{,(((((((......((,{((((.....)))))))..))))))},.......,{{...(((,..{|||{|||....((((((((.......))))))))....(((((.((((....)))).))))).,((((.(....(((((((((......(((((((((.................{{{....)}})).)))))))...)))))))))....))))))}}}||}|{|||}}..,||||}..}}}))))}..,,,,,.,,{((((.(({.....{((.....))}.....})))))))))))),)))))))))),..)}),{((((((({....}),))))))}.(((((....))))).....,||||{......,,.}},,))).)))}}}....))}}}..,,))))}))}}},,.},,.((((((((((((((((((..,,..{{,(,,,.,}}}.}))}.{({...((,({(((((((,{.{(({,((((((((((((.{{{,...{((((.....))))}(({...}}}...(((((((((((((..,,..(((((((........)))))))..}|((((((((((.((((((((((({((((...)))},...,{,.,{{|||||{{{.......,,,..,,,,(((({....,,,.}.}}}}......,.((((........))))...((((({.{{....||((({(((...{({{{.{||{.{||,,,)))))))..))}}.....,}}}|||,..,....,})).,|||},...}}||.}}||}}.........,,((((((((....}).)))))).|||{..{{{{{,{||{{|||{|{{.|||{|||{,{{..,,},,|{{,,,,|||,((({((.(({.((((({{{,{({{,|{(((,({{.{||||{(((.,,,,,,...}}}|||}|{|{{,,.((((((({(...,|}},((((({.((((((((((....))).))))))).})))))..||||}|}},,{{||(|{......|{({|(({((((({(((((((((......))))).)))){{{|||,,.,}}..||((((((((((((.....)))),.......,)))))}}.....}},,,},||,.(((((.....(((.((((.((((...............)))))))).)))...)))))..}}}.,.......,{|{|||,.,||}{|}||||}},},,|,.,...,,.....,,)}},.,}}}}}}),|}.,...}}}}}}}}))))))}.))),,...||||||||||||||,|||(({{((((.........)))))))},,{,,,{,(({((({(,,{{,{({{{({{(.,,,({((..((.((((((...)))))).))..)).)..))))||(((....))))}.((((.(((...............))).))))......{{||||}|||,,(({(,{...,,....},}}}}|||||}}},{((.({{({.......}}}}},}||...{{.|,|||.||{{|,,......)))))..)),))))))}}}.}||}||(((((((((((..(((.||.......,.},)))..).))))))))))))}})))}},}))))))))))}}))))))))),,)))),,},}},}})}))))))))))))))))))))))))))))}}||{{{......}}})).))))))))))).|(((((((((.....{,{{((.......))))}....))).))))))}.......},,),,))})}}))}}}|........,},.,..},.}))))))))}),...,,,....,,}},,.)))))).))))))))).,)))})))))))}))))))))).............{(.......,...,,,,,.||.,{{{...{((({((.,,,,,||,}||||,.|}||,|{|||||,...,,,||||||||,...,,.}}}}}...}}}}}||||,||,|||((({{{,...))))}}),,,,,....)))}}}}||||,,..,||{{..{{{||||{|||||||,{(,{((({,.(((....)))...{||||{.(((((.....,,,))))),})),))).,,,....,,,..,{{{{(|({{,{{{....,,.......})}.,)),))}))))}},.{((..((((((..((((...))))..))))))..)))}}}}}}}}}|||}}}}}}}|}}(((.((((((((((((({.(((({....})))}.}}))))))))..})))).})),||{{{{((({{,.||||||||{{{{{{{{((((({,{{.((({{..,,,.,,....}}}}}.}}...}}}))}.}))))....,,........},,,..}))))).)))))}||||{((((((((..((((......))))..)))))))),,}},}....))))..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001173977.2 NCBI
GCCCUCUCCCACGCCUUCCGCUUUCACCUAGGGCUGUAGGUGCGGCGCG… 5467 nt 0.4650
NM_017640.6 NCBI
GCCCUCUCCCACGCCUUCCGCUUUCACCUAGGGCUGUAGGUGCGGCGCG… 5485 nt 0.4653
Summary

Involved in several processes, including actin filament network formation; plasma membrane bounded cell projection organization; and positive regulation of cellular component organization. Located in several cellular components, including lamellipodium; macropinosome; and nuclear speck. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that exosomes from heat stroke patients carry significantly increased levels of the CARMIL1 mRNA, which is associated with the blood coagulation pathway [Li et al. DOI:10.3389/fimmu.2021.624753].