Basic Information

Symbol
CARNS1
RNA class
mRNA
Alias
Carnosine Synthase 1 KIAA1394 ATPGD1 ATP-Grasp Domain-Containing Protein 1 ATP-Grasp Domain Containing 1 EC 6.3.2.11
Location (GRCh38)
11:67414968-67425613
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001166222.2
Sequence length
3966.0 nt
GC content
0.6485

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1908.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1969.97 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 783.27
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001166222.2 NCBI
GCUGUGCCACUGCCACCGCCGCCGCCGCUGCAUCCCGCCCGGUCCGAGU… 3966 nt 0.6485
NM_001394577.1 NCBI
GCUGUGCCACUGCCACCGCCGCCGCCGCUGCAUCCCGCCCGGUCCGAGU… 3876 nt 0.6476
NM_001394578.1 NCBI
GCUGUGCCACUGCCACCGCCGCCGCCGCUGCAUCCCGCCCGGUCCGAGU… 3695 nt 0.6452
NM_001394579.1 NCBI
GCUGUGCCACUGCCACCGCCGCCGCCGCUGCAUCCCGCCCGGUCCGAGU… 3578 nt 0.6445
NM_020811.2 NCBI
GCUGUGCCACUGCCACCGCCGCCGCCGCUGCAUCCCGCCCGGUCCGAGU… 3939 nt 0.6489
Summary

CARNS1 (EC 6.3.2.11), a member of the ATP-grasp family of ATPases, catalyzes the formation of carnosine (beta-alanyl-L-histidine) and homocarnosine (gamma-aminobutyryl-L-histidine), which are found mainly in skeletal muscle and the central nervous system, respectively (Drozak et al., 2010 [PubMed 20097752]).[supplied by OMIM, Apr 2010]

Forensic Context

A study in humans analyzing leukocyte gene expression profiles from severe burn patients identified the CARNS1 as a top biomarker for burn recovery, showing a sustained decreasing expression pattern from the healthy state through the late recovery phase [Xu et al. DOI:10.1159/000493451].