Basic Information

Symbol
CASP1
RNA class
mRNA
Alias
Caspase 1 ICE Caspase-1 IL1BC Caspase 1, Apoptosis-Related Cysteine Peptidase Interleukin 1, Beta, Convertase IL-1 Beta-Converting Enzyme EC 3.4.22.36 P45 Caspase 1, Apoptosis-Related Cysteine Peptidase (Interleukin 1, Beta, Convertase) Caspase 1, Apoptosis-Related Cysteine Protease (Interleukin 1, Beta, Convertase) Interleukin-1 Beta-Converting Enzyme Interleukin 1-B Converting Enzyme Interleukin-1 Beta Convertase IL1B-Convertase EC 3.4.22 IL1BCE CASP-1 IL-1BC
Location (GRCh38)
11:105023581-105035250
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001257118.3
Sequence length
1996.0 nt
GC content
0.4108

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-536.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -579.52 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 442.36
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((((((((((((((((((...((.((((.....)))).))..((((((.((....)).))).)))..((((.((((((.(((........((((((((.(((((((((....((((..((((..(((((...((((((...((((((((((..(((((....(((.((((((.(((.......)))))))(((((((..(((.((((.((((((..((((......)))).....(((((((((......)))))......((((..(((....)))..))))(((((.(((((((((.....))))).....((((............(((((...))))).(((((((((((((((((((((...(((..((.((.....)).))..)))(((.(((((..(((((...(((((..((........)))))))....).))))...))))).)))........((((((...(((((.((((....)))).)))))..)))).)).(((((((((((.(((((((((((........)))...((.((((...((((((.((((((.((((((.((((((.((((.....((((((.(((..........))))))))).(((((((.........((((..((((((......((.((((..(((.(((...........)))(((((........)))))...(((.((((.(((((((((((.....((((((((((((..((....(((........))).....))...)))).)).)))))).....))..................))))))))).))))))))))..)))).))......))))))))))))).))))......)))))))))).)))))((((((((.((((((((((((((((((.........)))))......))))))..)))))))(((((((..((((((((.(((........)))((..........))...))))).)))...)))))))))))))))...(((((((...))))))).......).))))))))))))...)))).))((((.(((((...(((......))).)))))..))))((((((((....))))))))..((((((.......))))))...)))))))))))))).)))))......(((.....)))((((...(((..((((....((((...(((((((((((......((....)).....))))))).)))).)))))))).)))..)))))))))).))))))))...))))))))))))))).))))).(((.((((..(((((...)))))...)))).)))((((((((((((((((((((...(((((((((.................(((((......)))))....(((((.(((....))).))))).)))))))))...))))))))))))))))))))(((..(((((.((((((....(.((.(((..((((......))))..))).)).)..)))))))))))))).)))))))))))))).))))))))))........(((......))).......(((........)))..)))))...))))))))).)))))).....)))))).)))))..)))))))).)))))))))......((((.......))))))))).)))...))).)))))).))))..)))))))))))....((((((((....((((((((...(((...((((((.....(((((..((((((.(((......(((......)))....))).))))))..))))).....((((((((((((...........................))))))))).))))))).))...)))....))))...))))....))))))))........)))))))).............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,,,((({{{((((((((((({,..,((.((((.....)))).}|,,((((((,((,...}}.}}}.}}}..((((.((((((.(((........{(((((((,(((((((((..,.((({.,((((..(((((...((((((...(((((((((,.{(((((....(((.{(,,,,.,((......,)}|,({{(((((((..(((.(((,{((((((..((((......)))).....{,{.(((((......))))).,....{{({..(((,,,.}}}..))))||{{(,((((({{{{.....}}|||,,...{,{(((,,..,,...{((({(,..}}}||.{(((({{((((((((((((((..((((..((.((.....)).))..)))|((.(((((..(((((...(((((..{,,......,}})))))....),}))},..))))).))|........((((((...(((((.((((....)))).)))))..)))).)).(((((((((((.((((((((({({{,,,,.,|,|,,,((.((((...((((((.(((((,.,(((((.((((((.((((.{...((((((.(((..........))))))))).(((((((.........((((..((((((...,,.((.((((..(((.(((...........)))(((((........)))))...(((.((((.(((((((((.,...{{(({{(,{,((((..(({({{((({,......,,,,||,.},...)))),}).,,,}}},,....}}}}}..}}},...)))}.))))))))).))))))))))..)))).))..,...))))))))))))).))))...}},)))))))))).)))))((((((((,((((((((((((((,,,,,{{{....,}}},}..,,,}))))))..))))))){((((((..{{{{,{{,,{{{....,,,,|||,....,,,,,..,|.,,}}))}}))))}})))))))))))))))...(((((((...))))))).{{,...}}))))))))))))...)))).))|(((.(((((...(((......))).)))))..)))}((((((({....})))))))..|||{||,,,,,,,)})}}}.}.}))))))))))))).))))).....((((.....)))),,,..,{(,..{{{|...{((((...(((((((((((...,,.((....)).,...))))))).)))).)))))}}}.}}}..}))})))))).))))))))..})))}}}))))))))).))))),|||}||{{..{{{{|,,,)))))...})))}))){(((((((((((((((((((.{.(((((((((................,(((((......)))))|...{(({,.,{{,.,,}}}.}}})}.))))))))).,.)))))))))))))))))))|(((..{((((.((((((....,.(({(({,,((((......)))).,)}),))})..)))))))))))))),},).)))))))))).)))))))))))),.....{((......})}..,....{{{........))},.}})))...))))))))).)))))).....)))))).))))).})))))))),))))))))),.....((((.......))))))))).)))...))).)))))).))))..)))))))))))).,,((((({{|,,,.,{,{,,{{,,.{{{.|,|||||||}},,||,,,.,|||||{.(({.,....{{{,,....}}|.,,,|}}.}}}}},,,||||,......{{(((((((((...........................))))))))).)))}}|},||,,.}}}.}}})}}},,,))}},},.}))))))}........,}}}}}}}...........,,,.,,,,..........

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001223.5 NCBI
CAGUCACACAAGAAGGGAGGAGAGAAAAGCCAUGGCCGACAAGGUCCUG… 1373 nt 0.4385
NM_001257118.3 NCBI
CAGUCACACAAGAAGGGAGGAGAGAAAAGCCAUGGCCGACAAGGUCCUG… 1996 nt 0.4108
NM_001257119.3 NCBI
CAGUCACACAAGAAGGGAGGAGAGAAAAGCCAUGGCCGACAAGGUCCUG… 1933 nt 0.4123
NM_033292.4 NCBI
CAGUCACACAAGAAGGGAGGAGAGAAAAGCCAUGGCCGACAAGGUCCUG… 1436 nt 0.4352
NM_033293.4 NCBI
CAGUCACACAAGAAGGGAGGAGAGAAAAGCCAUGGCCGACAAGGUCCUG… 1157 nt 0.4382
NM_033294.4 NCBI
CAGUCACACAAGAAGGGAGGAGAGAAAAGCCAUGGCCGACAAGGUCCUG… 1013 nt 0.4403
NM_033295.4 NCBI
CAGUCACACAAGAAGGGAGGAGAGAAAAGCCAUGGCCGACAAGGUCCUG… 488 nt 0.4078
Summary

This gene encodes a protein which is a member of the cysteine-aspartic acid protease (caspase) family. Sequential activation of caspases plays a central role in the execution-phase of cell apoptosis. Caspases exist as inactive proenzymes which undergo proteolytic processing at conserved aspartic residues to produce 2 subunits, large and small, that dimerize to form the active enzyme. This gene was identified by its ability to proteolytically cleave and activate the inactive precursor of interleukin-1, a cytokine involved in the processes such as inflammation, septic shock, and wound healing. This gene has been shown to induce cell apoptosis and may function in various developmental stages. Studies of a similar gene in mouse suggest a role in the pathogenesis of Huntington disease. Alternative splicing results in transcript variants encoding distinct isoforms. [provided by RefSeq, Mar 2012]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the CASP1 mRNA was significantly upregulated in salivary extracellular vesicles from emergency department patients with acute traumatic brain injury compared to healthy controls and concussion clinic patients, indicating its potential for TBI diagnosis and severity evaluation [Cheng et al. DOI:10.4103/1673-5374.266924]. In a separate forensic investigation on human cadaver liver tissues, the CASP1 was found to be massively down-regulated, with a fold change of -1,707,427.729, in decaying tissues compared to a 6-hour postmortem control, contributing to the defined apoptotic thanatotranscriptome [Javan et al. DOI:10.1007/S12024-015-9704-6].