Basic Information

Symbol
CASP2
RNA class
mRNA
Alias
Caspase 2 ICH1 PPP1R57 NEDD2 Neural Precursor Cell Expressed Developmentally Down-Regulated Protein 2 Protein Phosphatase 1, Regulatory Subunit 57 Protease ICH-1 EC 3.4.22.55 Caspase-2 MGC2181 CASP-2 NEDD-2 Neural Precursor Cell Expressed, Developmentally Down-Regulated 2 Caspase 2, Apoptosis-Related Cysteine Peptidase Caspase 2 Apoptosis-Related Cysteine Peptidase MRT80
Location (GRCh38)
7:143288215-143307696
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_032982.4
Sequence length
4089.0 nt
GC content
0.4801

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1256.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1334.49 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1005.85
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.(((((((.(.((((((((.((((((.((((((((.((((.(((..((((.....(((..(((((.((((...(((.(((((((((((((((((((((((.((.((.(((((((.....).)))))))).))....(((((((((((((((.(((((((((.((((((.((((((......((((((...(((((.(((((......(((((...((((....(((...(.(((((((.((((((.(((.((((....)))).....((((((....))))))((((((.(((((....(((((.......(((.(((.((.((((..(((((((.(((((((.........))))))).))).))))...))))..))))).))))))))....)))))))))))((((((((....((((((....(((.((((...((((((((((.(((...........((((((((((..(((.((.((((((((((((((..(((.(((((((..((((((.....(((.(((((((..(((.((.(((.......(((((((......((.((((((((((((((..((((((((...((.....((...(((.((((.(((((((.(((((...(((((............((((.(((.....(((((........)))))((((((.((((....)))).)).))))))))))).....)))))))))))))))).)..)).)).)))...))....))..))))).)))..)))))))).))).)))))........)))))))))).)).)))(((((((...)))).)))..(((((..(((((..((((........))))...)))))..)))))....))))))))))....))))))..)..)))))))))....)))).)))))).))))((((((((((((...))))))))......((....))((.(((((.........))))).))...)))).)))))..)))))..))))).....)))..))))))))))....))))))).(((.((.(((((.(((..((((((.((.(((......))).......(((.((((....)))).)))...((((((.((((.((((((.......)))))).........((.((((((.((((...((((....(((((..(.(((.......))).)..))))))))).(((((..(....)..))))).((((((.((((((.........((((((..((((.((((((.(((...(((..((((((..((((((((...(((.((((((((......(((.(((...........(((((.((((.(........).)))).)))))...((((.(((((((((((....((((......(((((((((....))))...............(((((..((((((((...((((((..(((((...)))))....(((((((((((.(((((((((....((((...))))....)).))))))).))))(((...))).(.(((((...))))).)......)))))))((((.((.(((.......)))))))))....(((((..(((.(........).))).....)))))(((..(((((....)))))..)))(((.((((....(((((((....)))))))..)))).)))(((..........))).))))))..))))))))..)))))..........(((.(((((.(((((..((((((..(((((..((((.((....)).))))....)))))..))).((((((...((((.....)))).))))))...((((((((........................))))))))(((((((.....))))))).(((((....))))).....)))..)))))...))))).)))..)))))..))))..))))))))))).))))..))))))))))))))))))))))).))..).)))))..((((......))))((((((((....)))).))))))).)))))))))))))..))))))))))))....))))))............(((.((((((((((...))).))))))).))).(((((..(((......)))..)))))))))..)))))).))..((((.(((((..(((((((..((((.(((..............)))))))..))).))))...)))))))))........)))).)))))).....)).))))))..))).))..)))..)).)))......(((((....))))).(((((....))))).)))))))))))))).............................))))))))))).))))))...)))...)))).)))))......))))))))))..))))))(((((...........)))))..)))))).)))))).)))))...........(..((((((..((((((............)))))).))))))..)....(((((((((((((.........(((..((((.........(((....(((......((((.......(((((((((((((((((((((((((((((...))))))))((((.((((((((.((((((((.........)).))))))...))))).......((((((((((..(((.(((.....((........((((((((.(.((.((((.....)))))))))))))))........)).....))).)))((((((......)).))))....(((.(((((.(((((....))..))).)).)))))).........((((((....)))))).....)))))))))).....))).))))...........))))))))))))))))))))).......))))........)))...))).........))))..)))...)))))))).........))))).(((((((((..((...(((((((.((((((..((((.((((...))))))))...)))))).((((.....)))).......(((.((((..........)))))))....(((((.(((((((((....))).((((...((((((((((....)))))..)))))....))))..(((((..(....)..)))))......((((.........(((((.(........))))))))))...)))))).)))))...)))))))...))..)))))))))...........((((......)))))))).....))))))))).....)))))).))))))))..)))))))))))..)))).)))...)))))))))..)))..))))..)).).)))))))))))).))............))))...)))))))).)((((.(((((.((((((((((..(((((((.((.((((((((((.(((((((((((.....)))))).....................(((((((................(((((....(((((((((.(((((.......))))).....((((.((((.((((....)))).)))).)))))))))))))....))))).)))))))..))))).)))))))))).........(((((((..((((((...((((((.((((......))))..(((((.(((.....................))).)))))..((((..........)))).....(((.((((((..((..((((((.(.(((((............)))))))))))).(((((((...)))))))......))..)))))).))).........)))))).)))))).)))).)))((((....)))).........))))).))))...))))))))))..((.(((((.....))))))).....)))))))))...............)))))))).((((((((....)))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((({.((,,,,|}{.(((((((({(((((({((((({,(,(((,((((,{((((,....|||}}|,|||,{||{,|,(((.(((((((((((((((((((((((.((.((.(((((((.....).)))))))).))....(((((((((((((((.((((((((((((((({.((((((((..((((((((...(((((.(((((......(((((...((((....(((...{.(((((({.(((({{{(((.,{.,,.{{{{,{.....{(((({....}))))}((((((.(((((....(((({......{(((.(((.({.((((..(((((((.(((((((.........))))))).))),})))...))))..)}))).))))))))....)))))))))))(((((((,...{((((((....(({{((((...((((((((((,(({...........,{,(((((((..(({.{{.((((((((((((((..(((.(((((({..((((((.....{{,(((((((({.((,{(({..........,|,,(((.((({((..(.((((((,,{,(({.({,({,,{,..,..,...||,,.|||}))))).|,,)))))).|)}{{((((,{{{((........,....,,.....(((((((({((((({,,{(({{{{.((({,.,,||||,||,,||||{|,.{.{{{..,))),)..))))||||.{{,|,,.,.,,,.}})).}}}}{((((({|{,||{{|,,.,}}..))}.))).)))))}...,}},.,|||||,,,}}.)))|||},,}))))}),)})),}}}..}|||}..||||}}......|(({,....))))}))),,,}.}))))))))})....))))))..}..)))))))))....)))).)))))).))))((((((((((({...)))))))),...,,{,..},},{{.(((((.{.....}.))))).)}...)))).}})))..))))),..||||,.........}))))))))}....))))))).({(,((,(((({.(((..((((((,({.(({......}}|......,(((.((((....)))).))).|.((((((.((((.((((((.......))))))..,,,,.,.((.((((((.((((((,((((....(((((..(.(((.......))).)..))))))))).((((({{(,,,{|{{|,,,,.((((((.((((((.........((((((..((((.((((({{(((...(((..((((((..((((((({..,(((.((((((((......,{{,(((....,,,,.,.(((((.((((.(........).)))).}))))...((((.(((((((((((....((((.((((..((((({{(,...,.(({{{{...........(((((..((((((((.,.(((((({.{((((...)))))}}..(((((({((((.(((((((((..,,((((...)))).,}.))}))))))).)))){{{...|}}.{.(((((...))))).}......)))))))((((.{{.(((.......)))}))))).{,,(((((.,(((,(,,....,.)|})}..,..))))){{|.,(((((....)))))..}}}|,|.{|||...,(((((((..,,)}}))}}..)))).))}.}}..,}}},...}},.))))))..))))))))..))))),,,,,,.......,,}})))}}}.|...}})}....))))))))).(((((((.(((((((({.,,,{{..{{{,{((((({{{({((,,...)))).,,,||,...,,((((((........................))))))||{{{{|||.,,,,))}}}}},|,,,,.}}})))),..,,})))},.}},)))))))}..}).)))))))..))))..))))))))))).))))..,}})))))))))))))))))))).))..).)))))..((((......))))((((((((....)))).))))))).)))))))))))))..))))))))))))....)))))).....{({{{{{({,.,{{{,,|,{,}}})))})))))))}))},}}}}}}}|}|}}...,||...,,,,})))}..)))))).))}.((((.(((((..(((((((..((((.(((............,.)))))))..))).)))}...))))))))).....,,,)))).)))))),.......})))))..))).))..)))..)).)))......(((((....))))).(((((....))))).)))))))))))))}....,,,,..........}))}...,,..))))))))))).)))))}...)))...)))).)))))......))))))))))..))))))(((((.(.{{.((((..........)))).}})))))).||{{{{{{{......}}}}}}}}}.{(((((............)))))},|,,.,..,},{(((......)))}))..)))}}}))).....,{........,}..})))))))}....,{{{.......{((((((((((((((((((((((((((((...))))))))((((.((((((((.((((((((.........)).))))))...)))))......,((((((((((......,,{.({({((.......,.,||||||...,{,((((.....}|||||,||||||{{{{...,,{{{.,,....,,)))}}|||(|,....)}..)))))))|||,||||{.{(({(....}}..,}}.)),),,,,,..,,..,..((((({....)))))).....)))))))))).....))).))))...........))))))))))))))))))))}.......,,,,.......(((({((({{,,.....,||}))|}}}..}}}}....,,,.......}|}|,}.{{(({{{{{..{{...{{{{(((.((((((..{(({.(({,...)))))))}...)))))}.((((.....)))}.......(((.((((..........)))))))....{((({.((((({,,,....,)),||{(,..{(((((((({....}}))}..)))))....))))..(((((..{....)..}}}}}......{{{{,.......{{(({{.,........}))}}))}}}...}}|}}}.})))}...))}))))...))..)))))))))......|||..|,...}))...))))))).....))))))))).....)))))).))))))))..)))))))))))..)))).)))...}}))))))}{{|||,.|,,.,,)),))))))))))}}))})}.,....}}},..,|||{{{|},}}|||.}((((.(((((.((((((((((.,(((((((.{{.((((((((((.(((((((((((.....)))))).........,,..,.......,{||{{|.....,,,........{{{((..,.(((((((((.{((((.......))}}}.....((((.((((.((((....)))).)))).))))))))))))).,..)}}}).})}}}}}..))))).)))))))))).........(((((((.,(,((((...(({{(((((((......{{{{{.{((((.(((..,..,.........}}.}..))).))))}.,||{{..........))}}.....(((.((((((..((..((((((.(.(((({............)))))})))))}.(((((({...}))))))......))..)))))).))),}}..}}}}))))}).)))))).)))),})),,,{,,..}}))....,,...}}))).)))).,,))))))))))..,(,({(((,,...))))),.,,,..)))))))))...,,}....}}|..})))}},,.{(((((({....}))))))))))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001224.5 NCBI
AGAGGAAGAGAACGAUUUAAGGAGCGAAUACUACUGGUAAACUAAUGGA… 4040 nt 0.4710
NM_032982.4 NCBI
GCAGUGUGCGUCCGCGUCUGAGGGGAGGGAUGUGGGGGAAGCGACGGCC… 4089 nt 0.4801
NM_032983.4 NCBI
GCAGUGUGCGUCCGCGUCUGAGGGGAGGGAUGUGGGGGAAGCGACGGCC… 3871 nt 0.4771
Summary

This gene encodes a member of the cysteine-aspartic acid protease (caspase) family. Caspases mediate cellular apoptosis through the proteolytic cleavage of specific protein substrates. The encoded protein may function in stress-induced cell death pathways, cell cycle maintenance, and the suppression of tumorigenesis. Increased expression of this gene may play a role in neurodegenerative disorders including Alzheimer's disease, Huntington's disease and temporal lobe epilepsy. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms have been observed for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2011]

Forensic Context

A study in human cadaver liver tissues demonstrated that the CASP2 was down-regulated (-2380.4332 fold) in decaying samples compared to a control [Javan et al. DOI:10.1007/S12024-015-9704-6]. In contrast, research on human postmortem prostate tissues found that the CASP2 was progressively elevated as the postmortem interval increased, showing significant up-regulation at longer intervals (96 and 120 hours) [Tolbert et al. DOI:10.1016/j.gene.2018.06.090]. A review of post-mortem interval estimation methods notes that the CASP2 is a protein marker whose immunoreactivity shows a significant increase with increasing PMI [Lopez et al. DOI:10.1016/J.Forsciint.2025.112412].