Basic Information

Symbol
ACSL6
RNA class
mRNA
Alias
Acyl-CoA Synthetase Long Chain Family Member 6 LACS5 ACS2 KIAA0837 LACS2 FACL6 Fatty-Acid-Coenzyme A Ligase, Long-Chain 6 Long-Chain-Fatty-Acid--CoA Ligase 6 Arachidonate--CoA Ligase EC 6.2.1.3 LACS 6 Long Fatty Acyl-CoA Synthetase 2 Long-Chain Acyl-CoA Synthetase 6 EC 6.2.1.15 EC 6.2.1
Location (GRCh38)
5:131949973-132012243
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001009185.3
Sequence length
6535.0 nt
GC content
0.4075

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1992.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2123.04 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1721.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001009185.3 NCBI
AGCGGCGGCGGCGGCGCGGCUACUGCUGGGGCUGCUGGGCUGCGGGGCU… 6535 nt 0.4075
NM_001205247.2 NCBI
AGCGGCGGCGGCGGCGCGGCUACUGCUGGGGCUGCUGGGCUGCGGGGCU… 6430 nt 0.4048
NM_001205248.2 NCBI
AGUGCGGGGCAAGCCCCAGACCCGGCCGGCCAGGCUGCAGGGCAGGGAA… 6429 nt 0.4015
NM_001205250.1 NCBI
AUUCGAGCCUGCCCAGCCAUAAAACCCAGGCUGCGAGUCGCGCGGGGGC… 6551 nt 0.4044
NM_001205251.2 NCBI
AGUGCGGGGCAAGCCCCAGACCCGGCCGGCCAGGCUGCAGGGCAGGGAA… 6204 nt 0.3960
NM_001405475.1 NCBI
AGUGCGGGGCAAGCCCCAGACCCGGCCGGCCAGGCUGCAGGGCAGGGAA… 6498 nt 0.4032
NM_001405476.1 NCBI
AGCGGCGGCGGCGGCGCGGCUACUGCUGGGGCUGCUGGGCUGCGGGGCU… 6884 nt 0.4128
NM_001405477.1 NCBI
AGCGGCGGCGGCGGCGCGGCUACUGCUGGGGCUGCUGGGCUGCGGGGCU… 6499 nt 0.4059
NM_001405478.1 NCBI
CUUCCAGCCGGUUUCCGCAGAAUGCCAGAGUUUGUCCUCUCACUUCUGG… 6409 nt 0.3996
NM_001405479.1 NCBI
ACUCCCUCCCCUCACUGGUUUGCAGAGGUGGCACCCGGAGGCUCCCCAU… 6506 nt 0.4032
Showing 1 to 10 of 22 entries
Summary

The protein encoded by this gene catalyzes the formation of acyl-CoA from fatty acids, ATP, and CoA, using magnesium as a cofactor. The encoded protein plays a major role in fatty acid metabolism in the brain. Translocations with the ETV6 gene are causes of myelodysplastic syndrome with basophilia, acute myelogenous leukemia with eosinophilia, and acute eosinophilic leukemia. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene.[provided by RefSeq, Apr 2011]

Forensic Context

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