Basic Information

Symbol
ACSL6
RNA class
mRNA
Alias
Acyl-CoA Synthetase Long Chain Family Member 6 LACS5 ACS2 KIAA0837 LACS2 FACL6 Fatty-Acid-Coenzyme A Ligase, Long-Chain 6 Long-Chain-Fatty-Acid--CoA Ligase 6 Arachidonate--CoA Ligase EC 6.2.1.3 LACS 6 Long Fatty Acyl-CoA Synthetase 2 Long-Chain Acyl-CoA Synthetase 6 EC 6.2.1.15 EC 6.2.1
Location (GRCh38)
5:131949973-132012243
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001009185.3
Sequence length
6535.0 nt
GC content
0.4075

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1992.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2123.04 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1721.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001405480.1 NCBI
AGUGCGGGGCAAGCCCCAGACCCGGCCGGCCAGGCUGCAGGGCAGGGAA… 6429 nt 0.4013
NM_001405481.1 NCBI
GCUGUGUGCCCUGUUCCCUGCCAGACCUGCUCCCACAGCCACCAGGGAG… 6661 nt 0.4079
NM_001405482.1 NCBI
GCUGUGUGCCCUGUUCCCUGCCAGACCUGCUCCCACAGCCACCAGGGAG… 6661 nt 0.4077
NM_001405483.1 NCBI
AGAGCACCCAGGCCUUGAGGUCCAGGAAGCAUCAUUCCCAGAGCUGCCA… 6529 nt 0.4024
NM_001405484.1 NCBI
AGAGCACCCAGGCCUUGAGGUCCAGGAAGCAUCAUUCCCAGAGCUGCCA… 6529 nt 0.4025
NM_001405485.1 NCBI
AGCGGCGGCGGCGGCGCGGCUACUGCUGGGGCUGCUGGGCUGCGGGGCU… 6430 nt 0.4047
NM_001405486.1 NCBI
AGCGGCGGCGGCGGCGCGGCUACUGCUGGGGCUGCUGGGCUGCGGGGCU… 6376 nt 0.4054
NM_001405487.1 NCBI
AGCGGCGGCGGCGGCGCGGCUACUGCUGGGGCUGCUGGGCUGCGGGGCU… 6464 nt 0.4047
NM_001405488.1 NCBI
ACUCCCUCCCCUCACUGGUUUGCAGAGGUGGCACCCGGAGGCUCCCCAU… 6401 nt 0.4002
NM_001405489.1 NCBI
GCUGUGUGCCCUGUUCCCUGCCAGACCUGCUCCCACAGCCACCAGGGAG… 6556 nt 0.4051
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Summary

The protein encoded by this gene catalyzes the formation of acyl-CoA from fatty acids, ATP, and CoA, using magnesium as a cofactor. The encoded protein plays a major role in fatty acid metabolism in the brain. Translocations with the ETV6 gene are causes of myelodysplastic syndrome with basophilia, acute myelogenous leukemia with eosinophilia, and acute eosinophilic leukemia. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene.[provided by RefSeq, Apr 2011]

Forensic Context

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