Basic Information

Symbol
CASZ1
RNA class
mRNA
Alias
Castor Zinc Finger 1 ZNF693 SRG Zinc Finger Protein 693 Cst Zinc Finger Protein Castor Homolog 1 Castor-Related Protein FLJ20321 Castor Castor Homolog 1, Zinc Finger (Drosophila) Putative Survival-Related Protein Castor Homolog 1, Zinc Finger Survival Related Gene Survival-Related DJ734G22.1 CAS11 CST
Location (GRCh38)
1:10636604-10796650
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001079843.3
Sequence length
7934.0 nt
GC content
0.6126

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3285.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3407.58 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2299.73
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001079843.3 NCBI
GCGCGCCCGCGGCGCUCCAUCCCAAACACACACACAUUUUUCCCCCGGA… 7934 nt 0.6126
NM_017766.5 NCBI
GCGCGCCCGCGGCGCUCCAUCCCAAACACACACACAUUUUUCCCCCGGA… 4403 nt 0.6325
Summary

The protein encoded by this gene is a zinc finger transcription factor. The encoded protein may function as a tumor suppressor, and single nucleotide polymorphisms in this gene are associated with blood pressure variation. Alternative splicing results in multiple transcript variants that encode different protein isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2012]

Forensic Context

A study in humans using postmortem dorsolateral prefrontal cortex tissue identified a gene co-expression module whose expression progressively decreased from controls to MDD non-suicides to MDD suicides [Zeng et al. DOI:10.1016/j.psychres.2020.113513].