Basic Information

Symbol
ACSS3
RNA class
mRNA
Alias
Acyl-CoA Synthetase Short Chain Family Member 3 Acyl-CoA Synthetase Short-Chain Family Member 3, Mitochondrial Propionate--CoA Ligase Acetate--CoA Ligase 3 EC 6.2.1.1 FLJ21963 Acyl-CoA Synthetase Short-Chain Family Member 3 AMP-Binding Enzyme, 33217 EC 6.2.1.17 EC 6.2.1
Location (GRCh38)
12:80936414-81261210
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_024560.4
Sequence length
8391.0 nt
GC content
0.3636

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2142.64 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2309.89 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2284.64
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001330242.2 NCBI
ACCAUUUGUCGCACACUCGGGGACCGCGGGUGGCCGGAGGAGAUGAAAC… 8388 nt 0.3635
NM_001330243.2 NCBI
ACCAUUUGUCGCACACUCGGGGACCGCGGGUGGCCGGAGGAGAUGAAAC… 8442 nt 0.3632
NM_024560.4 NCBI
ACCAUUUGUCGCACACUCGGGGACCGCGGGUGGCCGGAGGAGAUGAAAC… 8391 nt 0.3636
Summary

Enables propionate-CoA ligase activity. Predicted to be involved in ketone body biosynthetic process. Located in mitochondrial matrix. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the ACSS3 gene was downregulated in the adipose tissue of heavier co-twins within BMI-discordant monozygotic twin pairs, where it is involved in mitochondrial metabolism [van der Kolk et al. DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100226].