Basic Information

Symbol
CATSPER1
RNA class
mRNA
Alias
Cation Channel Sperm Associated 1 CATSPER Cation Channel Sperm-Associated Protein 1 HCatSper Cation Channel, Sperm Associated 1 Sperm-Associated Cation Channel 1 Sperm Ion Channel CatSper1 SPGF7
Location (GRCh38)
11:66016752-66026479
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_053054.4
Sequence length
2581.0 nt
GC content
0.5692

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-860.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -908.79 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 669.06
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((...((((((...))))))...))).(((.......(((..((((((((((((((((((.(((((...((((((.((((((.(.........).)).))))))))))))))).)))))....))))))((.(((((((((.(((.............))))))...)).)))).))..............)))))))..))).(((((((((((...........)))).(((((......).)))).........(((((((...)))))))((((((((((((((((.((((..(..(((.((((((........(((((((.(((((((((((((..((((((...(((..((((.(((((.(((.((((.....)))).)))..((((.((.......)).)))).....(((((((((....)))))).)))((.(((((.((((((((...(((((((.((..(......(((((((.((((......)))).)))))))......)..)).))))))).....)))).)))).))))).)).............((((.((.....)).))))....))))).)))).(((((((.((((.((...)))))).))))))))))..))))...(((((.(((((..((..(((((((((.(((((...(((((((((...........((((((((.........))).))).))..................(.(((((((((............(.(((......)))).(((((((((........((......))..((((((((((.((......)))))))..)))))((((((......))))))((((((....))))))...(((.......)))...(((((((...((((.....))))...))).))))....(((((((...................................((....))....(((.....((((((((..(((.(((.((((((..(((.(......).)))...((((((((....(((((((............((....(((............)))....))....(((.(((((.((...((((((.....(((..(((....)))..)))...))))))...))..))))))))(((..(((((((((.(((((.((..((((...........)))).....((((((((.................))))))))..............)).)))))((((((.((((((((....(((((((...........((((((((((.((((..((((..(((((((...........)))))))..)))))))).)))...)))............(((((..((((((........)))))))))))..........)))))))))))......)))))))).))))))...........)))))))))..)))(((((...(((..((((((((((((((((((((.((((.(((...(((...((..((((.......((((......))))))))..))..))).)))))))))))))))))..))))).)))))..)))..))))).....)))))))....))......)))))))))))).))).)))..))))))))........)))..)))))))..........(((((((.(.((((((.....(((((((.(.(((....)))).))))))).....)))))).).)))))))..((((((((((....)).))))))))))).))))))..))))))))))((((........))))........................)))))......(((((...((...(((((((..((((((((..............)))......)))))..................((((((((...........(((((((((.((((..........(((((....))))).(((((...)))))...........................))))))))))))).((((..(((.(((((.((((......((((((....))))))...))))..(((.((......)))))))))).))).))))..))))))))..))))))).))..))))))))).))))))))))))))..))..(((.(((((((..(((.....(.((((.(.......).)))).))))...)))))))...))).......))))).)))))........((((..(((((....))))).....)))).))))))))...((.((((((.(((((.......)))))))).))).))...((....)).)))))))))))))).......))))))))).)..)))).)))..))))))....)).)))))((.((((...((((((((((...)))).)))))).....))))))...(((((.......))))).)))))))((((..((((..(((((((((...))).))))))..)))).))))......))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((...((((((...))))))...))).(((.......(({,,(((((((((((((,,(((,((((({..(((((({{{{,(({({........,.,,.)))},,,,))))),).)))}},,,.))))))((.(((((((((.(((.,,.......,,.))))))...)).)))).))..............,}))))).,))).||||||(((((...........)))}|(({((.....||.||}},,}.},...(((((((...)))))))((((((({(((((,{(.{{((..{..(({{((((((........((((((,,(((((({{{{{{,,.({{(((.,.(((..((((.(((((.(((.((((.....)))).)))..{(((.{({,....,)).)))}.....(((((((((....)))))).))),,.(((((.((((((((...(((((({.,({{(.(,{{.(((((((.((({......}))).}))))))...|,|}|.))}))))))).....)))).)))).))))).}},........,,,.((((.({.....}}.}}}}....))))).)))).(((((((.((((.((...)))))).)))))))}}}..}||}...(((((.(((({.{{,,.({(((((({{(((({...{((((((((,..,{,,,,,.{,((((({......{,{|||,||,.||........,.........{,(((((((((............{.,,,......)))..(((((((((.....,..|{,,,,..|}.,(((({(((({{({.....,)))))))..})))}{{,{{,......)))))){(((({....)))))),..{{{.......,,}.{.(((((((...((((.....))))...))).)))),...{((({({...............................,.|.,,....}}|...|||.....((((((((..(((.(((.((((((,.(((.{......}.))),..((((((,{....(((((((,...........,|,.....,............}|||,,.|,....{((.(((((.((...((((((.....(((..(({....}))..)}).,.))))))...))..))))))))|||,.(((((((((.,(({...,,,((,......}},...||||.....((((((((.................))))))))........,...,.,..,,,||((((({.((((((((,.,,(((((((...........((((((((((.((((..((((..(((((((...........)))))))..)))))))).))}..,))}............(((((..((((((,......,))))))))))).........,))))))))))).,,.,.)))))))).}}}},)}}}}},..,,,))))))))).,))}(((((...(((..((((((((((((((((((((.((((.(((...(((...((..((((,......{{{(......)))))))).,))..))).)))))))))))))))))..))))).)))))..)))..))))).....}})))))....,,....,.)))))))))))).))).)))..))))))))..}.....}}}..}})))}}..........(((((((.(.((((((.....(((((((.(.(((....))),}))))))).....)))))).).)))))))..{(((((((((....)),})))))))))).))))))..)))))))))},{||.,......)}}},....,,||,,....,}.....,,))}}}...,,{(((((,..((.,,(({((((..((({{{((....,,........}}|,,..,,|}}}}..................(((((({(..{{((((...(((((((((.((((.,......,,,,,((|,.,..((({({(((...)))))))).......,,,,....||,....,,,,}})))))))))...,,,,{...,,,,..{{||}}}...((((((,.,.}}}}}},|,)}}}..{{(.((......)))))})))).,)))),))}}))))))))..)))}))).}}..))))))})),))))))))))))))..))},({{.{|{{{{|.,|||.,...|,||||,{.......).)})).}))),,.))))))),,.}}}.....,.})))).))))).,,|....{||{||(({((.,,,)))}}.,..,)))).}}))}}}),..((.((((((.(((((.......)))))))))))).))...|{,,..}).)))))))))))))).......})))))))).}..)))).))}..)))))}....}}.))))),,.,{{{...(((((({{{(,,.}})),)))))).....))))))}}}||{|{...}},.,}})).})))))){(((..((((..(((((((((...))))))))))..)))).)))}......))}.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_053054.4 NCBI
AGUCUGCAUUGAGCUUGGCUCAGGAAAGAAGGGAAAUCCAGGCGGGGCC… 2581 nt 0.5692
Summary

Calcium ions play a primary role in the regulation of sperm motility. This gene belongs to a family of putative cation channels that are specific to spermatozoa and localize to the flagellum. The protein family features a single repeat with six membrane-spanning segments and a predicted calcium-selective pore region. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that spinal cord injury (SCI) causes a significant time-dependent reduction in sperm parameters and degenerative testicular histology, with semiquantitative RT-PCR analysis revealing a specific and significant downregulation of the CATSPER1 at 4 and 6 weeks post-injury compared to control groups [Rezaian et al. DOI:10.1038/sc.2008.81].