Basic Information

Symbol
CATSPER3
RNA class
mRNA
Alias
Cation Channel Sperm Associated 3 CACRC Cation Channel Sperm-Associated Protein 3 One-Repeat Calcium Channel-Like Protein Ca(V)-Like Protein Calcium Channel Repeat Containing 1 Cation Channel, Sperm Associated 3 Putative Ion Channel CatSper3 CatSper3
Location (GRCh38)
5:134967907-135011696
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_178019.3
Sequence length
1355.0 nt
GC content
0.4856

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-421.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -447.55 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 449.25
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_178019.3 NCBI
AGAAUCCAGACGCUAAGGAAAAUCCCUAAGCAGAGAUUUUCUGUUGGAU… 1355 nt 0.4856
Summary

Predicted to enable voltage-gated calcium channel activity. Predicted to be involved in flagellated sperm motility; sodium ion transport; and sperm capacitation. Predicted to act upstream of or within establishment of localization in cell. Predicted to be located in plasma membrane. Predicted to be part of CatSper complex. Predicted to be active in acrosomal vesicle. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that spinal cord injury (SCI) causes significant, time-dependent reductions in sperm quality and quantity, along with degenerative histological changes in testes [Rezaian et al. DOI:10.1038/sc.2008.81].