Basic Information

Symbol
CBLIF
RNA class
mRNA
Alias
Cobalamin Binding Intrinsic Factor IFMH INF IF TCN3 GIF Gastric Intrinsic Factor (Vitamin B Synthesis) Gastric Intrinsic Factor Intrinsic Factor
Location (GRCh38)
11:59829273-59845499
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005142.3
Sequence length
1511.0 nt
GC content
0.4765

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-415.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -442.84 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 417.83
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((...(((((((..(((.((((((((((...((((((....((((((((((((((((..((((((((..((((((((.....))))).)))..))(((.((((.((.((((((...((((((((...((((((((((.(((((((....(((...(((......(((.(((...))).))).((((....)))).......))).)))...)).)))))...((((......))))(((((((.........((((.(((...(((((((.....(((((((.((((....))))....((((......))))(((((...((((..........))))...........))))))))...))))(((((...)))))..((((((..((.....((((((((((((.((...((((......))))..((....)).......)))))))))((((((.((((((((..(((.((((.....)))).((((....))))(((....))))))..))))))))...))))))........)))))..))..))))))..)))))))..)))...)))))))))))...(((((((((((((.......))).(((((((......((((((((..(((((.((((.((((.(....((.(((((((((.....((...((((.(.(((.......)))).))))..))....)))))))))))))))).)))).))))).....))))))))..))))))).(((.....)))..(((.(((((((........((((.(((....(((((.(((......((((...........))))..)))))))).))).)))).......((((...(((...((((......))))))).))))...)))))))))).(((((.(((((....(((.......((((.....))))...)))....))))))).))).........))).))))))).............))))))))))(((((....(((......)))....)))))...))))))))...)))))).).).)))).)))....)))))))))).))).))............((((....))))..........)))))))....)))))))))))))..))).))).))))))).....((((((((((((((...(((...))).)))).))))).))))).(((((..(((((((..((.......))..)))))))..)).)))..((((((((.((..(((................((((((((...........(((..(((((.....)))))..))).......)))))))).............((......))))))).)))))))).(((((......)))))...((((((.......))))))..........)))...........(((((...........)))))((((((((...))))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,...(((((((..(((.((((((((((...((((((,(((.{(((,(((,.,,,..|}}.}}}.,}}}((((((((.....))))).)))(((((.......}}))),{{{(({{{((,{((({{,,.,.....},,,.})))).{,{((({,.,(({.{{{{(({.{{({({({|..||.((((.,{,|,|||||.........((((((.....(((..(((((((....((((((.((((.(,...,).))))}|{{.,{{,.|||.......||||..(((({{{.|,,..............,.)))))))}}))))))......)))))))..))}.,,,,,,.....)))...))))))....{{|.((((((((....}}}...))))),.|||((((.......,}}}}....|||||,},,))))}.}}}},})))}}||||,,((,(.((((((((..(((.{{({.....)))).((({....,))){,,.,..})))))..))))))))..,))))))|},.|{{{|||,,{,,,..{{{|,{.{{|||||{...||,..}},,,})}||,.|}||}.|,|||,.{,.{,,,..}},,||{{{||}||,.,((((((((..(((((.((((.((((.,....((.(((((((((.....((...((((.(.(((.......)))).))))}}},....))))))))))),)))).)))).))))).....)))))))),||||}|||{{({....,||.,{({..{({(,,(.,{.....((((.(((....(((((.(({....,,((((...........)))).,)))))))).))).))))...|||,{{{{...||{|...|||.,,,,,)))}))}.))))}.,))))))})))})))),,}.|||,,..,,..{|{{{.,((({{,..,||((,({{(((((,({((.((,.,,,,,,,...{{{.....,,,.............)},}}}}}}}|||{{,,,{{{||||,,,|,|,|..,,.}})))}}))))},.,))))}))}},}|}}.}|}|}},,,}}}})},.||,.}},)}......,,,,,{{(((....}}},..,,,,})))},}},}))),.))))))))))))}..))).))).)))))))|,...((((((((((((((...{{{...})).)))).))))).))))).,,{{(..(((((((..((.......))..)))))))..},.,||..((((((((.((..{{{.....,.......,,.((((((((......,,...(((..(((((.....)))))..))),......)))))))).............((......)))}})).)))))))).(((((......)))))...{(((((.......))))))..........}})...},,,....(((((...........)))))((((((((...))))))))...,....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_005142.3 NCBI
GCAAAUCGCGGUACCUGUGGAUGAGAGACAUAGACGAGAGAGUGAGAUG… 1511 nt 0.4765
Summary

This gene is a member of the cobalamin transport protein family. It encodes a glycoprotein secreted by parietal cells of the gastric mucosa and is required for adequate absorption of vitamin B12. Vitamin B12 is necessary for erythrocyte maturation and mutations in this gene may lead to congenital pernicious anemia. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.