Basic Information

Symbol
CBX4
RNA class
mRNA
Alias
Chromobox 4 E3 SUMO-Protein Ligase CBX4 NBP16 PC2 Chromobox Protein Homolog 4 NS5ATP1-Binding Protein 16 Polycomb 2 Homolog HPC2 Chromobox Homolog 4 (Pc Class Homolog, Drosophila) Chromobox Homolog 4 (Drosophila Pc Class) Pc Class 2 Homolog (Drosophila) Chromobox-Like Protein 4 Chromobox Homolog 4 Pc Class 2 Homolog EC 2.3.2.- HPc2 Pc2
Location (GRCh38)
17:79833156-79839469
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003655.3
Sequence length
2675.0 nt
GC content
0.6209

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1128.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1172.61 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 884.67
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_003655.3 NCBI
AGUUGUCUGAGCGAGCGCGAGCCGGGAGCCGGGGCGGGCGCGGGCAGCG… 2675 nt 0.6209
Summary

Enables SUMO binding activity; SUMO ligase activity; and enzyme binding activity. Involved in negative regulation of transcription by RNA polymerase II. Located in nuclear body. Part of PRC1 complex. Implicated in hepatocellular carcinoma. Biomarker of hepatocellular carcinoma. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic cocaine treatment increased synaptic protein levels of the CBX4 in striatal post-synaptic densities, with mature PC2 and its precursor forms increasing by 67% and 61%, respectively [Eipper-Mains et al. DOI:10.1261/Rna.2775511].