Basic Information

Symbol
CBX7
RNA class
mRNA
Alias
Chromobox 7 Chromobox Protein Homolog 7 Chromobox Homolog 7
Location (GRCh38)
22:39120167-39152719
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_175709.5
Sequence length
4111.0 nt
GC content
0.5930

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1803.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1873.14 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 931.46
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001346743.2 NCBI
CCCCUCCUUGCGCGCGCUCGCUCGCUGGCGCCGAGGAAAACGUUGCGCA… 4108 nt 0.5930
NM_001346744.2 NCBI
CCCCUCCUUGCGCGCGCUCGCUCGCUGGCGCCGAGGAAAACGUUGCGCA… 3832 nt 0.5866
NM_175709.5 NCBI
CCCCUCCUUGCGCGCGCUCGCUCGCUGGCGCCGAGGAAAACGUUGCGCA… 4111 nt 0.5930
Summary

This gene encodes a protein that contains the CHROMO (CHRomatin Organization MOdifier) domain. The encoded protein is a component of the Polycomb repressive complex 1 (PRC1), and is thought to control the lifespan of several normal human cells. [provided by RefSeq, Oct 2016]

Forensic Context

A study in zebrafish demonstrated that the CBX7 transcript, an epigenetic repressor, exhibited a significant increase in abundance at 12 hours postmortem [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].