Basic Information

Symbol
CC2D1A
RNA class
mRNA
Alias
Coiled-Coil And C2 Domain Containing 1A Freud-1 Five Prime Repressor Element Under Dual Repression-Binding Protein 1 Akt Kinase-Interacting Protein 1 Aki-1 MRT3 Lgd2 TAPE Coiled-Coil And C2 Domain-Containing Protein 1A FRE Under Dual Repression-Binding Protein 1 Putative NF-Kappa-B-Activating Protein 023N TBK1-Associated Protein In Endolysosomes Lethal (2) Giant Discs Homolog 2 FLJ20241 Five Repressor Element Under Dual Repression-Binding Protein 1 Mental Retardation, Nonsyndromic, Autosomal Recessive, 3 Putative NFkB Activating Protein Freud-1/Aki1 AKI1 LGD2
Location (GRCh38)
19:13906160-13930884
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_017721.5
Sequence length
3581.0 nt
GC content
0.6442

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1577.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1631.35 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 860.66
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001411138.1 NCBI
GUAGUUUCGGCUCGGCAGACCCGGCGAGCCCAGUGGCCGCGCUCCGGUG… 3578 nt 0.6442
NM_017721.5 NCBI
GUAGUUUCGGCUCGGCAGACCCGGCGAGCCCAGUGGCCGCGCUCCGGUG… 3581 nt 0.6442
Summary

This gene encodes a transcriptional repressor that binds to a conserved 14-bp 5'-repressor element and regulates expression of the 5-hydroxytryptamine (serotonin) receptor 1A gene in neuronal cells. The DNA binding and transcriptional repressor activities of the protein are inhibited by calcium. A mutation in this gene results in a nonsyndromic form of cognitive disability (MRT3). [provided by RefSeq, Jul 2017]

Forensic Context

A study in rats identified the CC2D1A as a developmentally-regulated, presumable long non-coding RNA that is acutely upregulated by methamphetamine and cocaine in the neocortex of postnatal day 50 animals in a D1 receptor antagonist-sensitive manner, but this inducibility is eliminated following repeated methamphetamine treatment, paralleling properties of behavioral sensitization [Yamamoto et al. DOI:10.1016/J.Euroneuro.2014.07.010].