Basic Information

Symbol
CCDC80
RNA class
mRNA
Alias
Coiled-Coil Domain Containing 80 DRO1 URB TCONS_00006930 SSG1 CL2 Up-Regulated In BRS-3 Deficient Mouse Homolog Long Intergenic Non-Protein Coding RNA 1279 Coiled-Coil Domain-Containing Protein 80 Down-Regulated By Oncogenes Protein 1 Steroid Sensitive Gene 1 LINC01279 Nuclear Envelope Protein Okuribin Okuribin
Location (GRCh38)
3:112596797-112649530
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HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_199511.3
Sequence length
12301.0 nt
GC content
0.4275

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3681.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3924.57 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2900.24
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_199511.3 NCBI
AGCCUUCUCACUCCUCACUGAGUCCACUCUGAACGUGCUAAAAUGGGAA… 12301 nt 0.4275
NM_199512.3 NCBI
AGCCUUCUCACUCCUCACUGAGUCCACUCUGAACGUGCUAAAAUGGGAA… 11704 nt 0.4252
Summary

Predicted to enable fibronectin binding activity and heparin binding activity. Predicted to be involved in extracellular matrix organization and positive regulation of cell-substrate adhesion. Predicted to act upstream of or within response to bacterium. Predicted to be located in extracellular region; interstitial matrix; and membrane. Predicted to be active in basement membrane. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the CCDC80 is part of a 38-gene transcriptomic signature of obesity, with a positive coefficient of 0.0599, and this signature score correlated strongly with body mass index (R = 0.63, p = 2.87 × 10−71) and fat mass (R = 0.61, p = 6.46 × 10−66) in subcutaneous adipose tissue from 626 twin samples [Francesc Font-Clos et al. DOI:10.1088/1361-6579/aab85a].