Basic Information

Symbol
AATF
RNA class
mRNA
Alias
Apoptosis Antagonizing Transcription Factor CHE1 DED CHE-1 BFR2 Rb-Binding Protein Che-1 Protein AATF Apoptosis-Antagonizing Transcription Factor
Location (GRCh38)
17:36948925-37056874
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_012138.4
Sequence length
2062.0 nt
GC content
0.5276

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-698.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -736.35 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 566.69
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001411094.1 NCBI
GCGCCUCCCGGAAGUGGCCGGUCCAGAGCUGUGGGGUGGCCUCCGCGCG… 1990 nt 0.5317
NM_012138.4 NCBI
GCGCCUCCCGGAAGUGGCCGGUCCAGAGCUGUGGGGUGGCCUCCGCGCG… 2062 nt 0.5276
Summary

The protein encoded by this gene was identified on the basis of its interaction with MAP3K12/DLK, a protein kinase known to be involved in the induction of cell apoptosis. This gene product contains a leucine zipper, which is a characteristic motif of transcription factors, and was shown to exhibit strong transactivation activity when fused to Gal4 DNA binding domain. Overexpression of this gene interfered with MAP3K12 induced apoptosis. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A systematic review of human, mouse, rat, and pig tissues found that the stability of the AATF mRNA is influenced by circadian rhythm, remaining stable for postmortem interval estimation up to 24 hours when animals were sacrificed at 8:00 pm [Cianci et al. DOI:10.3390/ijms25158185].