Basic Information

Symbol
ACTG1
RNA class
mRNA
Alias
Actin Gamma 1 ACTG Actin, Cytoplasmic 2 DFNA20 DFNA26 Deafness, Autosomal Dominant 20 Deafness, Autosomal Dominant 26 Epididymis Luminal Protein 176 Cytoskeletal Gamma-Actin Gamma-Actin EC 3.6.4.- HEL-176 ACT
Location (GRCh38)
17:81509413-81523847
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Individual identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001614.5
Sequence length
1919.0 nt
GC content
0.5466

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-691.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -722.33 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 441.78
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((.(((((((..(((.(((.((((((((..((...((((..(((......))))))).))..)))))))).)))..(((((((((.((...((((.((((((..((....))..(((.......)))(((((......)))))))))))))))((((((((((((..(((((((.........)))))))))))))(((....))).))))))........(((((......))))))).).))))))))..((((((.(..(((((((.....(((((((((..((((.((....))))))(((.((..((((((.((((..(((..(((((((((.((.(((....((((.(((((.(((((...))))).))..))).))))..(((........)))....((((..((((....(((((((...)))))))..))))........((((((....)))))).(((((..((((..((((.....((((....)))).......((((((((..(((((..(((((...(((.((((.....)))))))......((((((...))))))..(((.(((((((.......)))..)))))))..(((.(((((((((((.((((.((..(((((.(((((.(((((((.((((((((.((......(.((.(((.(....).))).)).).....)).)))))))))))...))))..(((((...((((((((...(((((((...(((((((.(((((((....)))))))......(((((((((((((((((((.....((((...))))((((.((((((...)))))).))))((((((((((........)))).)))))).((((((..((((((....((((((((.........))))).))).))))))...)))))).))))))...(((.....)))))))))))))))).............(((......)))..))))))).......((((..((...(((.((...)).)))))..))))..((((..((((((...((.((....)).)).)))))))))))))))))...)))))..)))...)))))........))).)).)))))..)).).))))))....)).))))))))))))))..)))))..)).)))))).......)))).((((((((((...))))))))))...((((((..((((.......(((((((...)))))))........))))...))))))))))...)))))((((((.(((((...((.....)).))))))))))).))))......))))).).))))))))..)))))))))))))..)).)))......))))..))))).....)))))))..(((((((((((((((.(((.......((..((...(((((((.((.(((((((((...))))))))).))...)))))))...))..))((((((...))))))..(((.((((.......)))).))).))).))))))))))))))).).))))))(((.((((((((((.......((((((((..((((((..(((.....)))))))))((((((..(.((.(((((...))))).)))..))))))((((.........))))...)))))))))))))))))..).))).......)))...))))))).)))))).(((((((((....)))))))))....................((((...(((((...((.(((((((....))).)))).))...))))).....((((((.((......))))))))....(((...(((((((((....)))))...............)))))))..))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,{.(({(((((,{((((((,..((({(((.((((((((..((...((((..(({......})))))).))..)))))))).)))..((((.(,,((((({,,,,|}|||||}}}||..}}}},.}}}))}}...||{(((((......)))))}}}}{|||||{{{{{(((((((..(((((((.........)))))))))))))|{(..{{|||.||||||,.||||||{||||,,,}}}||||{(((({,{,|{(((,.((((,({({{(((((((.....((((({(((.,((((.((....)))))){((.((..((((((.((((..(((..(((((((((.((.(((,.{.((((.(((((.(((((...))))).))..))).)))).,{{(,.......|}}....,{{,..((((..,.(((((((...)))))))..))))........((((((....)))))).{((((..{(((..((((.....{{{{...,)))),......((((((((..(((((..(((((...(((.((((.....)))))))......((((((...))))))..(((.(((((((.......)))..)))))))..(((.(((((((((((.((((.((..(((((.(((((.(((({({,((((((((.((......{.((.(((.{....),))).)).}.....)).)))))))))}}.,.))))..(((((...((((((((...(((((((,,,(((((((.(((((((....)))))))......(((((((((((((((((((.....{,{,,..,}}}((((.((((((...)))))).))))((((((((((........)))).)))))).((((((..((((((..,.((((((((.........))))).))}.))))))...)))))).))))))...(((.....))))))))))))))))........,,...{{(,,...,)))..))))))).,..|{.({((..{{...(((.((...)).)))}}..}}}}..{{{{..((((((...{(,({....}}.)),)))))))}}))))))))...)))))..)))...)))))........))).)).)))))..)).).))))))..,.}}.))))))))))))))..)))))..))}}})))).......)))}.((((((((((...))))))))))...((((((..((((.......(((((((...)))))))........))))...)))))}))}}...))))}((((({,(((((...{,.....},.))))))))))).}}}}....,.))))).).))))))))..)))))))))))))..)).))}......)))}..))))).....))))))}{,{((((((((((((((.(((...,.{{((.{((,,,((((((,{(({(,,,|||||..})))))))))})..}}))}}|||{{{,,...))}}}},.{.((({{(.((.(((.....))))).))))).}.))).)))))))))))))))},.,))))))}||.({{((((((,....,,{{{{{(((,.((((({.,{{{.....)))))))))((((((..{.((.(((({...))))).))}..)))))){{{{.........))))}..)))}})))))))}}}}))}}))),}}}},}})))}}})|}||||.||||||.{((((((((....))))))))}..,.,,|,{|,},,,.,}}})||{{{{((({(,,,((.(((((((....))),,))).}}.,.}}}},...,,((((((.((......))))))))....}||,,..}}.{{{{|....))))),,))}}},,....,}})),)},,,..,,,.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001199954.3 NCBI
CUCAGUCGCCGCUGCCAGCUCUCGCACUCUGUUCUUCCGCCGCUCCGCC… 2038 nt 0.5604
NM_001614.5 NCBI
CUCAGUCGCCGCUGCCAGCUCUCGCACUCUGUUCUUCCGCCGCUCCGCC… 1919 nt 0.5466
Summary

Actins are highly conserved proteins that are involved in various types of cell motility and in maintenance of the cytoskeleton. Three main groups of actin isoforms have been identified in vertebrate animals: alpha, beta, and gamma. The alpha actins are found in muscle tissues and are a major constituent of the contractile apparatus. The beta and gamma actins co-exist in most cell types as components of the cytoskeleton and as mediators of internal cell motility. Actin gamma 1, encoded by this gene, is a cytoplasmic actin found in all cell types. Mutations in this gene are associated with DFNA20/26, a subtype of autosomal dominant non-syndromic sensorineural progressive hearing loss and also with Baraitser-Winter syndrome. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2017]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the ACTG1 was differentially expressed between a female monozygotic twin pair, belonging to the least variable category of housekeeping genes in peripheral blood leukocytes [Sharma et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00228.2003]. Another human study characterized the ACTG1 as a protein-coding RNA with high steady-state expression levels, used as a reference gene expression example [Djebali et al. DOI:10.1038/nature11233].