Basic Information

Symbol
CD109
RNA class
mRNA
Alias
CD109 Molecule CPAMD7 C3 And PZP-Like Alpha-2-Macroglobulin Domain-Containing Protein 7 150 KDa TGF-Beta-1-Binding Protein Platelet-Specific Gov Antigen DKFZp762L1111 CD109 Antigen FLJ38569 P180 R150 CD109 Antigen (Gov Platelet Alloantigens) Activated T-Cell Marker CD109 Gov Platelet Alloantigens
Location (GRCh38)
6:73695785-73828316
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_133493.5
Sequence length
9031.0 nt
GC content
0.3841

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2475.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2652.11 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2246.02
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001159587.3 NCBI
AGACGCCGUCGAGAUGCAGGGCCCACCGCUCCUGACCGCCGCCCACCUC… 8980 nt 0.3837
NM_001159588.3 NCBI
AGACGCCGUCGAGAUGCAGGGCCCACCGCUCCUGACCGCCGCCCACCUC… 8800 nt 0.3841
NM_133493.5 NCBI
AGACGCCGUCGAGAUGCAGGGCCCACCGCUCCUGACCGCCGCCCACCUC… 9031 nt 0.3841
Summary

This gene encodes a glycosyl phosphatidylinositol (GPI)-linked glycoprotein that localizes to the surface of platelets, activated T-cells, and endothelial cells. The protein binds to and negatively regulates signalling by transforming growth factor beta (TGF-beta). Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Apr 2014]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.