Basic Information

Symbol
CD163L1
RNA class
mRNA
Alias
CD163 Molecule Like 1 CD163B M160 CD163 Antigen-Like 1 SCARI2 WC1 Scavenger Receptor Cysteine-Rich Type 1 Protein M160 CD163 Molecule-Like 1 CD163 Antigen B CD163b Antigen STAR
Location (GRCh38)
12:7346685-7479897
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_174941.6
Sequence length
4583.0 nt
GC content
0.4927

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1590.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1674.16 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1237.66
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001297650.2 NCBI
AGGACUCAGGAAGAGAUAGACCCAUAAUGAUGCUGCCUCAAAACUCGUG… 4613 nt 0.4923
NM_174941.6 NCBI
AGGACUCAGGAAGAGAUAGACCCAUAAUGAUGCUGCCUCAAAACUCGUG… 4583 nt 0.4927
Summary

This gene encodes a member of the scavenger receptor cysteine-rich (SRCR) superfamily. Members of this family are secreted or membrane-anchored proteins mainly found in cells associated with the immune system. The SRCR family is defined by a 100-110 amino acid SRCR domain, which may mediate protein-protein interaction and ligand binding. The encoded protein contains twelve SRCR domains, a transmembrane region and a cytoplasmic domain. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2014]

Forensic Context

A study in humans using single-nucleus RNA sequencing of cardiac tissue from ischemic cardiomyopathy patients demonstrated that the CD163L1 is upregulated in macrophages and is associated with tissue-resident anti-inflammatory macrophages [Simonson et al. DOI:10.1016/j.celrep.2023.112086]. Another study in human neonates with hypoxic-ischemic encephalopathy found that the CD163L1 was a top differentially expressed gene upregulated in whole blood and associated with adverse outcome and HIF-1α signaling in a high-income country cohort [Montaldo et al. DOI:10.1001/jamanetworkopen.2023.54433].