Basic Information

Symbol
CD1D
RNA class
mRNA
Alias
CD1d Molecule Antigen-Presenting Glycoprotein CD1d CD1D Antigen, D Polypeptide CD1d Antigen R3G1 HMC Class I Antigen-Like Glycoprotein CD1D Differentiation Antigen CD1-Alpha-3 T-Cell Surface Glycoprotein CD1d Thymocyte Antigen CD1D CD1A R3
Location (GRCh38)
1:158178015-158186427
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001371762.2
Sequence length
3492.0 nt
GC content
0.4883

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1232.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1296.28 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 975.56
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001319145.2 NCBI
GCAGCUCGCACAGCUAAGGGCGAGGGCGCCCUUCGGCAGAAGCAGCAAA… 3213 nt 0.4762
NM_001371761.1 NCBI
GCAGCUCGCACAGCUAAGGGCGAGGGCGCCCUUCGGCAGAAGCAGCAAA… 1926 nt 0.5223
NM_001371762.2 NCBI
GCAGCUCGCACAGCUAAGGGCGAGGGCGCCCUUCGGCAGAAGCAGCAAA… 3492 nt 0.4883
NM_001371763.1 NCBI
GUCGCUGGAGUUUUGCUCCUGGGACUGGACGUCCGAGAGGAAAUUGAGA… 2076 nt 0.5284
NM_001766.4 NCBI
GUUUUCUACCCAAGAAUGCUACUUCAGGAGAUCAGUCAAAAGGUUAGGG… 3784 nt 0.4865
Summary

This gene encodes a divergent member of the CD1 family of transmembrane glycoproteins, which are structurally related to the major histocompatibility complex (MHC) proteins and form heterodimers with beta-2-microglobulin. The CD1 proteins mediate the presentation of primarily lipid and glycolipid antigens of self or microbial origin to T cells. The human genome contains five CD1 family genes organized in a cluster on chromosome 1. The CD1 family members are thought to differ in their cellular localization and specificity for particular lipid ligands. The protein encoded by this gene localizes to late endosomes and lysosomes via a tyrosine-based motif in the cytoplasmic tail. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2016]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CD1D was down-regulated at 10 days post-injury in gastrocnemius muscle following a distant dorsum burn, but was not differentially expressed in response to a local hind limb burn [Padfield et al. DOI:10.01.ta.0000230567.56797.6c]. A systematic review of human skin wound studies identified the CD1D as a proteomic marker useful for distinguishing vital from post-mortem injuries and for estimating the interval between injury and death [Ros et al. DOI:10.3389/fmed.2021.786798].