Basic Information

Symbol
CD200R1
RNA class
mRNA
Alias
CD200 Receptor 1 CD200R OX2R HCRTR2 MOX2R Cell Surface Glycoprotein CD200 Receptor 1 CD200 Cell Surface Glycoprotein Receptor Cell Surface Glycoprotein OX2 Receptor 1 MOX2 Receptor Cell Surface Glycoprotein Receptor CD200 CRTR2
Location (GRCh38)
3:112921205-112975103
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_138806.4
Sequence length
3765.0 nt
GC content
0.3548

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-920.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -991.98 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1187.19
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_138806.4 NCBI
AUACAGGAAAUCUAUUGCUGUGUCAAGUUCCAGAGAAAAGCUUCUGUUC… 3765 nt 0.3548
NM_138939.3 NCBI
AUACAGGAAAUCUAUUGCUGUGUCAAGUUCCAGAGAAAAGCUUCUGUUC… 1038 nt 0.4470
NM_138940.3 NCBI
AUACAGGAAAUCUAUUGCUGUGUCAAGUUCCAGAGAAAAGCUUCUGUUC… 969 nt 0.4469
NM_170780.3 NCBI
AUACAGGAAAUCUAUUGCUGUGUCAAGUUCCAGAGAAAAGCUUCUGUUC… 3696 nt 0.3531
Summary

This gene encodes a receptor for the OX-2 membrane glycoprotein. Both the receptor and substrate are cell surface glycoproteins containing two immunoglobulin-like domains. This receptor is restricted to the surfaces of myeloid lineage cells and the receptor-substrate interaction may function as a myeloid downregulatory signal. Mouse studies of a related gene suggest that this interaction may control myeloid function in a tissue-specific manner. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in human patients identified CD200R1 as an mRNA that is upregulated in myocardial fibrosis compared to acute myocardial infarction, based on RNA sequencing analysis of blood samples [Wang et al. DOI:10.3389/fcvm.2021.664044].