Basic Information

Symbol
CD44
RNA class
mRNA
Alias
CD44 Molecule (IN Blood Group) HUTCH-I CDw44 Hermes-1 HUTCH-1 ECM-III PGP-1 HCELL CSPG8 H-CAM MC56 Pgp1 MDU2 MDU3 MIC4 Hematopoietic Cell E- And L-Selectin Ligand GP90 Lymphocyte Homing/Adhesion Receptor Chondroitin Sulfate Proteoglycan 8 Extracellular Matrix Receptor III Homing Cell Adhesion Molecule Heparan Sulfate Proteoglycan Phagocytic Glycoprotein 1 Phagocyte Glycoprotein 1 Hyaluronate Receptor In(Lu) Related-P80 Hermes Antigen CD44 Antigen ECMR-III Epican CD44R LHR IN CD44 Antigen (Homing Function And Indian Blood Group System) Homing Function And Indian Blood Group System CD44 Molecule (Indian Blood Group) Extracellular Matrix Receptor-III Cell Surface Glycoprotein CD44 Indian Blood Group Antigen Phagocytic Glycoprotein I Soluble CD44 PGP-I
Location (GRCh38)
11:35138882-35232402
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000610.4
Sequence length
5431.0 nt
GC content
0.4430

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1524.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1622.98 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1289.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000610.4 NCBI
CUCAUUGCCCAGCGGACCCCAGCCUCUGCCAGGUUCGGUCCGCCAUCCU… 5431 nt 0.4430
NM_001001389.2 NCBI
CUCAUUGCCCAGCGGACCCCAGCCUCUGCCAGGUUCGGUCCGCCAUCCU… 5302 nt 0.4432
NM_001001390.2 NCBI
CUCAUUGCCCAGCGGACCCCAGCCUCUGCCAGGUUCGGUCCGCCAUCCU… 4684 nt 0.4374
NM_001001391.2 NCBI
CUCAUUGCCCAGCGGACCCCAGCCUCUGCCAGGUUCGGUCCGCCAUCCU… 4288 nt 0.4373
NM_001001392.2 NCBI
CUCAUUGCCCAGCGGACCCCAGCCUCUGCCAGGUUCGGUCCGCCAUCCU… 3668 nt 0.4264
NM_001202555.2 NCBI
CUCAUUGCCCAGCGGACCCCAGCCUCUGCCAGGUUCGGUCCGCCAUCCU… 4492 nt 0.4377
NM_001202556.2 NCBI
CUCAUUGCCCAGCGGACCCCAGCCUCUGCCAGGUUCGGUCCGCCAUCCU… 4225 nt 0.4357
NM_001202557.2 NCBI
CUCAUUGCCCAGCGGACCCCAGCCUCUGCCAGGUUCGGUCCGCCAUCCU… 1959 nt 0.4497
Summary

The protein encoded by this gene is a cell-surface glycoprotein involved in cell-cell interactions, cell adhesion and migration. It is a receptor for hyaluronic acid (HA) and can also interact with other ligands, such as osteopontin, collagens, and matrix metalloproteinases (MMPs). This protein participates in a wide variety of cellular functions including lymphocyte activation, recirculation and homing, hematopoiesis, and tumor metastasis. Transcripts for this gene undergo complex alternative splicing that results in many functionally distinct isoforms, however, the full length nature of some of these variants has not been determined. Alternative splicing is the basis for the structural and functional diversity of this protein, and may be related to tumor metastasis. [provided by RefSeq, Jul 2008] CIViC Summary for CD44 Gene

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.