Basic Information

Symbol
CD47
RNA class
mRNA
Alias
CD47 Molecule IAP Antigenic Surface Determinant Protein OA3 Leukocyte Surface Antigen CD47 MER6 OA3 CD47 Antigen (Rh-Related Antigen, Integrin-Associated Signal Transducer) Antigen Identified By Monoclonal Antibody 1D8 Integrin Associated Protein Rh-Related Antigen CD47 Glycoprotein Integrin-Associated Signal Transducer Integrin-Associated Protein Protein MER6 CD47 Antigen
Location (GRCh38)
3:108043091-108091862
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001777.4
Sequence length
5292.0 nt
GC content
0.3711

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1354.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1459.93 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1477.76
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001382306.1 NCBI
GCAGCCUGGGCAGUGGGUCCUGCCUGUGACGCGCGGCGGCGGUCGGUCC… 5259 nt 0.3716
NM_001777.4 NCBI
GCAGCCUGGGCAGUGGGUCCUGCCUGUGACGCGCGGCGGCGGUCGGUCC… 5292 nt 0.3711
NM_198793.3 NCBI
GCAGCCUGGGCAGUGGGUCCUGCCUGUGACGCGCGGCGGCGGUCGGUCC… 5234 nt 0.3712
Summary

This gene encodes a membrane protein, which is involved in the increase in intracellular calcium concentration that occurs upon cell adhesion to extracellular matrix. The encoded protein is also a receptor for the C-terminal cell binding domain of thrombospondin, and it may play a role in membrane transport and signal transduction. This gene has broad tissue distribution, and is reduced in expression on Rh erythrocytes. Alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2010]

Forensic Context

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