Basic Information

Symbol
CD59
RNA class
mRNA
Alias
CD59 Molecule (CD59 Blood Group) Membrane Attack Complex Inhibition Factor Membrane Inhibitor Of Reactive Lysis CD59 Glycoprotein 16.3A5 P18-20 HRF20 MACIF MIC11 MSK21 EJ16 EJ30 EL32 G344 MIN1 MIN2 MIN3 MIRL CD59 Antigen P18-20 (Antigen Identified By Monoclonal Antibodies 16.3A5, EJ16, EJ30, EL32 And G344) CD59 Molecule, Complement Regulatory Protein 20 KDa Homologous Restriction Factor MEM43 Antigen 1F5 Antigen Protectin HRF-20 MAC-IP Surface Anitgen Recognized By Monoclonal Antibody 16.3A5 Membrane Attack Complex (MAC) Inhibition Factor CD59 Antigen, Complement Regulatory Protein Lymphocytic Antigen CD59/MEM43 Human Leukocyte Antigen MIC11 T Cell-Activating Protein CD59 Blood Group Antigen MAC-Inhibitory Protein Ly-6-Like Protein CD59 Molecule CD59 Antigen MEM43 1F5
Location (GRCh38)
11:33703010-33736639
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000611.6
Sequence length
7563.0 nt
GC content
0.4521

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2451.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2600.31 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1922.82
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((((......)).))))))))...((((((((..((((((.((((.((((((.......((((((.((.(((((((((((((((((((......((((((..((((.....))))..))))))(((((((((..((((.((((((((((...(((.........(((..((((((....((....))..))))))..)))...........))))))))))((..(((...)))..))..)))))))..)))))))))........((.(((((..(((......)))......(((............)))(((.(((((((.(((....(((..................(((((((.....))))))))))...)))))))))))))..))))))).......))))))))))))))......................))))).)).)))))).......))))))..)).)).))))))...(((..((((....(((((.....(((((((...(((....)))...)))))))..))))).....))))..))).))))))))..(((((((...(((((((.........(((((((.(((((((.(((((((..........((((((((((((((....(((((..(((((((((((((.((..((((((.(((((.((((........)))).))..)))..))))))...)).))))))(((((.((((.((((.(((((((((((((((..(((((((..(((((((.(.(((.......)))).)))))))..)))).((((((.((((((......)).)))).))))))..(((((((((((....((((((((((((...(((((((.(((.(((((.(((.(((...))).)).).)))))..))).)).))))).)))))))........((((((.....))))))...)))))..)))))))))))((((((((((((...((((.(((((((.........((((........)))).........))))))).))))......)))))))))))).)))..)))))))))...((((((((.......))))))))((((((..((((.(((.((((......)))).))))))).....))))))(((((..((((((...(((((....)))))...)).))))..)))))......((((((((.........((((((((((((..((((.(((((..(((((....)))))...)))))....((((((...((((((.((((.((...)).))))..))))))...)))))).............((((((((((.....)))).))))))....)))).))))))....(((((((...)))).)))...((((...))))....))))))......)))))))).......))))))))))..))))))))).((........))..))))))))))))...))...)))))))))))))))))))....((((.(((((..........))))).)))).((((.(((((.........))).))))))((.((((((((.(...((((((((((((((((.(((..((.((((((((((((.(((.......)))..)))))))(((((.(((.....))).)))))...(((.((.(((((((((((((.((((((((.((((((((((...(((((((.(((((((((((......((((.((((.......))))))))......(((((....((((((((((((((((..((((((((.((((((((.(((((((((............((((...........))))............))))))))).......(.((((((.(((.((((........(((((...............)))))))))))))))))).).(((...(((((...))))).))).(((((.((((((..(((((((((...(((((........)))))...))))))..)))..)))))).))))))))))).........(((...((((((((........)).)))))).....))).)).))))))))....))))))((((((.(((((....))))).))).)))..))))..)))))).....))))).........)))))))))))))))))).((((((((.(((((((((((..(((.......(((((((......((..((..(((((((....))))..)))..))..))((((((((....))))))))......(((((((((.....)))).....((((((.(((((.(((........))))))))((((((............(((((((((((....))).))))))))))))))..))))))))))))))))))((((....)))))))..)))))))).(((((.((......)).)))))...((((..((..(((((...(((.......((((.(((((((((((((((((.((((((.(((((.((((((((.....))))))))(((((.(((........(((.......))).........)))..)).)))))))).)))))).........))))))))..)))..)))))))))).......))))))))..))..))))....(((((((..((((......((((((((((.(((((((((...((((((.((((((((((((((((.......(((((...)))))......)))).)))))....(((.(((((((((((..(((.((((......)))).)))..))))))............)))))..))).((((((.((((((....(((((...(((((..((((((((.....))))))))....((((((...((((......))))..))))))....(((((((((.((((((((((.((.((...(((((((((((..(((((.(((((((((((((((((((((((.(((((.(((..((((((...........)))))))))..)))))...((((....))))....((((....))))...........((((((((.....(((.(((((((.......))))))).)))....))))))))..((((((...............))))))))..)))).(((((((((((((.((((.((((((.((((.......((......)).....)))).)))))))))).)).))))))))))).)))))))((((((((((((((((....)))))))....)))))))))......))))))))))))))))).)))))))))...)).).......).))))))))))........)))))))))..))))).....)))))....)))))).))))))..........((((........))))...)))))))))))))((((.(((((...((((((((((.(((((((((......)))).....((.(((((((.....))).)))).))...)))))....(((.(((.(((....)))..))))))))))))))))...)))))....)))).(((((((....))).))))...((((..(((((..((((.......))))..))))).....))))((((((((...(((((((((.......))))))))).))))))))))))))...))).))))))...))))....))))))))))).(((....)))................))).)))))))).............)))))))......)))..))))))))))))))))))))).)).)))((((((.((.(((((....))))).))))))))....((((((((((((..((((((.(((.((((((((................(((((((.(((((......(((((((.(((((.((((.(((......(((((((.(((.(((((((((....(((((.(((.((.((((.((.....)).)))).)).....((((((((((.(((((((((((..(.((((((((...(((((((((((((((.....((((((...(((......)))...))))))...........((((......))))...........((((((((((.((((((...)))))).))))))))))(((((((((......((((.....))))........((((........))))..)))))))))..((((((((((............))))).))))).)))))))))))))))..)))).))))).))))...))))))).)))))))))).((((((((((..(((((((((((((((.((((((...((((((((((.(..((((.....((((.(((.(((((....))))).)))..))))))))..).)))).)))))).))).))))))))))))))))))(((.....)))(((((.......)))))....))))).)))))((((........))))..))).)))))....)))))..)))).))).....((((((((((..(((....(((((((((..((((..............))))...)))))))))...)))..))))))))))((((.........)))))))))))(((((((..((((((((....)))..))))).....)))))))))).))))))))))))))))....(((((......)))))..((((.(.(((((..(((........)))))))).).))))))))).)))))))((((....))))(((((((.((.((.....(((((....)))))...(((((.((((...(((((((...(((((((((.((((....((((.((..((((((..(((....)))........(((((((((..((........)))))))))))..(((((.(((((((((((((.(......((..((....)).))......(((((((...)))))))......((((((..........))))))).))).))))))))).).))))).......))))))..)).))))...))))........(((((....)))))....(((((((.((((.(((...(((((..((((....((((.(((((((((((((((.......))))))).((((((((((((((........)).))..))))))))))...........(((((((((((.(((((((...(((((..((((((((((((.(((...((...((((((....(((((...((..(((((((..............)))))))..)).(((((((((.((((.((((((.((........((((((((..((..(((((....(((.......)))....)))))....))..)))))))).............((((((((((((.(((((((((....)))))))))(((..((((..((....))..))))..))).(((((......))))).................((((((((.((((((((((...)))))))))))))..)))))...((((.......)))).....)).))))).)))))((((...)))))).)))))))))))).))))))).(((((.(((((((((((((((((((((((((....((((((.....))))))))))))))))).((((((((((...((.....))...)))))))))).((((..((.((((((((((((((.....((((((.........((((.(((((......))))).))))(((((((....)))))))..................)))))).....))))))))((((((.......))))))(((.....)))..(((.....))))))))).)))))).....))))).))))))))))))))......((.((((((..((((((........)))))))))))).))...((((((((..(((....)))...))))))))))))).....))))))....))))).)))))))))))).)))))....))))))).)))).))))).....))...))))))))....................(((((((((.((........)))))))))))....))))..))))))))).))).)))).)))))))........)))))))))(((((...))))).........(((((.....)))))(((((......(.(((((...((((......))))...))))).).....))))).............))))))).))))...))))))).)).).)))))).....)))))))).))).))))))))))))))))))....(((..(.((((((..(..(((..(((((((.............)))))))..)))..)..)))))))..))).((..(((((.((((......(((((.((.....)))))))))))))))).))...))))).))....))).)))))).))))))))))).)))))))).))((((((((.((((((((((((.((((((.(((((.((((((((.....))))))))(((((.(((........(((.......))).........)))..)).)))))))).)))))).........))))))))..))))...)))))))).(((.((....((((.((.(((((..((((.((..((.(.(((.(((((((((((((((..((((....))))..)).))))).)))).)))).))).)))))))))...))))).)).))))....)).))).....(((((((((((...(((((((....))))))).))))))............)))))....(((((........)))))))))))))))).)))...((((...(((((((.((((((.(((((((..(((.....(((((((..((((..((((((((((((((((((((((((((..(((.........)))..)))))))))....))).))))...)))))...((((....))))..)))))..)))).))))))).....))).((((((((((...((((...(((....)))...)))))))).)))))).(((((..((((((.(((....))).))))))..))))).))))))).))))))))))))).))))((((((((((............))))).....))))).)))))))....)))))))....(((((...(((..((((((((((((.....))))))))))))..)))))))).(((((...........)))))))))))......................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((((((....((((.(((.(((((...((((.((.((.(((((((((,....,)))}...})))))...)).))))))))))).))).)))))))))},..((((((((((((((((((...{(((....)))|((((((((.,((((.((({((((((.{{{{({,,.{{...{{{,,{(((({....{{....}}..}))))).,}}}...........}),))))))|{{..({{...})}..}),.))))))),})))))))),........,..,,.....(((......)))(((((((((..((.{{.((((((,(({{(,((((,{(({{,..{{{{{,.....,|,||,....(((((((.....)}}}))}{{{{....||||||||||}{(|{({(({{{.....(((....)))})}}).......,....,))},.)),))|||)))}}|||||,,..,{(((({({{{{{(..(((((.((,.((((((({{((({.{((({{(({{{,,.,.(((((({(,,({...)}}))))))))..,,......}||||{||{,|.{||||||.,...||||||{{.,||||||..,}|||||,,}}}}||{.|{((((((({..((((((({,,({......(((((((((((((.((((((((((......)).))))).....))).))))))))))))}....}},{||,|,,,,..,.,))}}))))))))))))))))}....}})}.,..|||}))}.,}}||||}},,,,,||}|}}},,.}}.}}}..},),}})))}})))).||||||}|(((((.{{{{{||.|||,.,,,,,,..|||,,|||,||}}}.|||||(((((((...(((((((.(((.(((((.(((.(((,..,))}),})})))))..))).)).))))).))))))).....}}}|,,||,}}}}),,,,))}}}))},)}})))}))}}}}}{((((((((((({{{((({.(((((((.{.......((((........)))).,....,}.))))))).)))),}....)))))))))))}.||}.,)))}.,||({,....,,}}},,.....(((((.((((((((..((({{(((.((((......)))).))))))).....)))))))).))))).(((((((((((((,....}},))).}.)))))))))))))).},.))..)))))))))....,....))))))}}})))))}}))))(((((((((((.((((.((,.,{{{,,(((,,..}||{{{(|{(((,.,....|,||||,.,,,}))},.})}}}..,,,}..,,,,..((((((((((.....)))).))))))((((((((((((((......((((((.,.((((..(((({.,(((((((((...(((...((({({.{{|,,,{{{{..,.}}},))))}}|,..||||}},.,}},.......|{{((((,........,{(((.(((........))).)))))))))}{(((.(((((..........))))).)))}.......)))...))))))))))))))..))))((((((((.(...((((((((((((((((.(((,{,{.{{({{{{{{,...{{{.......,,|{{||,|||.(((((.(((.....))).))))).,,|.{.({.((((((((((({{{((((((((.(((((.((((,..(((((((.((((((((((({,{{{,((((.((((.......))))))))..{{({..(((((((((.((.(...((((((..((((((((.((((((((.(((((((((....,{{.....((((...........)))).....,,,,,.,))))))))).......{.((((((.(((((((({..{{{{.{((,,..........,..}})),,)))))))))))))).,.(((...(((((...))))).))).(((((.((((((..(((((((((...(((((........)))))...))))))..)))..)))))).))))))))))).......,.(((...((((((({........)).)})))).....))).)).))))))))....))))))|.}})))))))}.,...)))).|,{{|{{{,||||...,,))))))}})),)),}}}...,.)))))))))))))))))).{{{{{({,,((,,.{||||}..,{{,.....,{((,|||,,...{(((((((((((,,,(,,..|||{((((..{{{..|{((((((((....)))))))).,{{{{,,(((((((({.(((({.....{(((((({.(,,,.|,|}}}}.}},,,}}|||(((((((.,,....}|,..(((((((((((....)))})))))))),,.,}}....,)},,,))))))))))(((,((((((.....)))),)),)))(((((.((......)).)))))..})))).))),))))))}}}}}....,,.{(((({(((((((((((((((((.((((((.(((((.((((((((.....))))))))((,,,.||,...,,...,{{.,...|{||,.....,.,,))},.},.}))))))).)))))).........))))))))..))),.})))))||||{{({((((...((((,{{.(((|({{(({,.(({{((.{.{{,.(((((((((((((((.,((((....))}}.,)).))))).)))).)))).,||||,,}}}))),..))))),},.}))}..,,{{{{{..{{{,,((((((((((..(((.((((......)))).)))..)))))){(({.{{{{....{(((.((((((.|{,((((.,{.{,.{....})},,.)))),|(((((((.....)))))))}...)))))}.)))},,..}}}}.))))...,)))).}))))}}))))).||||{{{||||{||||...(((((((((({..(({(((((((((((((((((((({(({((.{((((,(({,.({((((...,.,,.,..}}|||}||}..}}))}||.,|,||||,}}}}||||((((....}))}...,.,,,.,,((((((((.,,,,(((,((({({{.....,,))))})),))}....)))))))).,|{{{{,.,.{,,.........,}|||||,..||||,({{{{||||||||}|||{.{{{{{{.{{{|,......,|...,}}))....,)))).)))))})))).)).))))}}})))).)))))))((((((((((((((((....)))))))....)))))))))......)))))))))))))))}}},))))))))..,)}}}.|}},}}}|))}})))))},,,}}}}}),}})))))..)))))}}|{((((.(((((((.{{{{{,,.(((((({{,...{{{{.......,)))},,||((((((|.....{{,{,((((,...({((({(({{.{((((((((......)))),,,,.{{,,{({{((.{{{{,,,.)))).)}},,})))),,..{((,{((.{{(....}}},.))))))}}}))))))),}})))},....,}}|{{{{{{(({({,..,||||||.||||{..(((((..((((.......))))..)))))..,,,|,,,{{||||||,..{((((((({.......})))))))}.||}},,))}.,,})},.,},.)))))))..,}))))})))))))),..))))))}..)))},.............,,)))))))))))).,}},,))))..,,,))))})},)))))..))))))))))))))))))))).)}.}}.((((((.((.(((((....))))).))))))))....((((((((((((..,(((((.(((.((((((({.,.....................,||{,({{{{{{(((((((.{{{{{{{(((({{(,{({.{{.,{{{..{{(,((({{((((....(((({.(({.((.((((.((.....)).)))).)).....((((((((((.((((((({(((..{.{(({((((...(((((((((((((((,...{(({{(({{,{{{..,{,,|||...,,{(({,..|,,,|,,,{{||,}...,},,,...........{(((((((((.((((({...}))))).)))))))))}(((((((((......,{{{.,,..}}}}........{{{||,.....,))))..))))))))),.,,{{{{{{{{.........}}})))))}.)))).)))))))))))))))..)))).))),}.)}))...))))))).)))))))))).((((((((((.{(((((((((((((((.((((((...((((((((((.{..(((,.....{(((.({{.(((((....))))}.))),,))))))))..).))))))))))).))).))))))))))))))))))|((.....))}(((((.......)))))....))))).))))|((((........)))),.})).}))))....})))}..}))).))}.....((((((((((..(({....(((((((((..((((.,.,,......,}.))))...)))))))))...}})..)))))))))).,{{|,.,,,,.,}}}}.,,||||,{||,||.,{{||{{||..,,)}},}))))),,,.{||||||||||||,,||}}||||}}}},....(((((......))))).{((((.{.(((((..(((........)))))))).}.)))))||||.||||}||((({{{{((((,,,{(((((((,{......{|||,..,{{||||,.,,,({..(((({{{((({((((((((({.((((...)))),.}}}{{{..,}||.((((......)))),,..,...((((((((,.,((........)))))))))))..(((((.(((((((((((((.(......({..{,....},.}}......(((((((...)))))))......((((((..........))))))).))),})))))))).).)))))..}))}})..},.|})),,,|)}}}},,}}....,,,|||{{....)))))..,,|||||{|,{|||.|||,..|||||..,,,,....((((.(((({{{{(((((((.......))))))).((((((((((,,,({,......}),),..)))))))))).,,,}}}},..,.(((((((((.(((((((...(((((..((((((((((((.(((...,(,,.((((((....(((({...((..(({((((((.......))),)),}))))..)).(((((((({.(((((((((((.{{........((((((((..{,....,,,..,,{{({{{.....))}}..,}})}....,}..))))))))............,((((((((((((.{((((((((....))))))))}(((..((((..((....))..))))..))).(((((......)))))...,.......,{,,,.(((((,{(,((((((((((...))))))))))}))..)))))...||||.......,}},.....)).)))))},))))|(((...))),}}.)))))))))))},))))))).,{(((,(((((((((((((((((((((((((....((((((.....))))))))))))))))).{(((((((((...((.....))...)))))))))).{(((..((.((((((((((((((.....((((((,{{,.....((((.(((((......))))).))))(((((((....))))))).........,,....,),)))))).....))))))))((((({......,}}))))||{.....,,...{{,.....}}})))))).)))))).....))))).)))))))))))))}......((.((((((..((((((........)))))))))))).))..,((((((((.,{((....)))...))))))))))))).....))))))....))))).)))))))))))).)))))....))))))).)))).)))))}},}..},..)}}))))),,,||||,..,..,.|.,,.||{{{{{{||||,..||||||}}}},,}}})},..))))},,}})))))),))),))}}.}||||||{|,...}))))}}))}}||||{.,,)}))),}},.....(((((.....))))),,,,,.,....,,(((((,,.((((,,,,..}}}}...))))).),}...))),)}}}}..,||,..,|}))|||,}|||,,}|||||,.,}}...}})))}},},,)))))))).))).))))},))))))))))))..,}||{,{{{(((({{..({{((({{((,,,,,..}}}}}}}}},.)))))))..})}..},.)))))))..})).{{..(((((.((({.....,((((({((.....)))))))))))))))),||,.,|},,,.})..},))).)))))).))))))))))).)))))))).,,((((((((.((((((((((((.((((((.(((((,((((((((.....))))))))((,,,.|{{...,,.,.,{{.,...|,||,.....,.,,)}},.}..}))))))).)))))).........))))))))..))))...)))))))).{(.((((..{(((.....)))))))).}}.((((((.{..,,.(((((((((((((((.,({({....))}}.,)).))))).)))).)))).,|{{{..,,,)))}.,)))))},.))))))..,|,..,....,,(((((((((((...(((((((....))))))).)))))),......,....))))))))))))).))).))).((((((,..(((((({.{({{{,((((...(((((({{((((((.(((((((..{(((,.{{((((((({(((((.{((({((((((.{{{({{(((((((((..(((.........)))..)))))))))....}}}.,}}},,,)))))},,,{{{.,{{|||,..))))),.|||,{|||||........))}.)}}}))}.))}},||}}}}{{{....,,...})))),))))..},)}}{((((.{((((((.(((....))).)))))),}))))).))))))).))))))))))))).)))),{{{((((((............)))))},}}})))))}}|{{{....,,|||,...))))),}})))))))..((((((((((((.....))))))))))))}})))).))))))))))).,((,,(({{...{{{{.,,}},,............}}}}}}}}..,,,,..,}}}..

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000611.6 NCBI
AGAAGCGGCUCGAGGCUGGAAGAGGAUCUUGGGCGCCGCCAGGUUCUGU… 7563 nt 0.4521
NM_001127223.1 NCBI
AUUUGACUCACUGACCCUGAUGGGGAAGAUAGUGUUAUUCCCACAGUGU… 7801 nt 0.4521
NM_001127225.2 NCBI
AUUUGACUCACUGACCCUGAUGGGGAAGAUAGUGUUAUUCCCACAGUGU… 7678 nt 0.4526
NM_001127226.2 NCBI
AUUUGACUCACUGACCCUGAUGGGGAAGAUAGUGUUAUUCCCACAGUGU… 7613 nt 0.4513
NM_001127227.2 NCBI
AUACUUCUUACAGUGAGGAGCCAGAGCUUCCAGGUUCUGUGGACAAUCA… 7554 nt 0.4510
NM_203329.3 NCBI
AGAAGCGGCUCGAGGCUGGAAGAGGAUCUUGGGCGCCGCCAGUCUCUCU… 7679 nt 0.4537
NM_203330.2 NCBI
GGGGCCGGGGGGCGGAGCCUUGCGGGCUGGAGCGAAAGAAUGCGGGGGC… 7796 nt 0.4550
NM_203331.3 NCBI
AGAAGCGGCUCGAGGCUGGAAGAGGAUCUUGGGCGCCGCCAGUCUUUAG… 7608 nt 0.4520
Summary

This gene encodes a cell surface glycoprotein that regulates complement-mediated cell lysis, and it is involved in lymphocyte signal transduction. This protein is a potent inhibitor of the complement membrane attack complex, whereby it binds complement C8 and/or C9 during the assembly of this complex, thereby inhibiting the incorporation of multiple copies of C9 into the complex, which is necessary for osmolytic pore formation. This protein also plays a role in signal transduction pathways in the activation of T cells. Mutations in this gene cause CD59 deficiency, a disease resulting in hemolytic anemia and thrombosis, and which causes cerebral infarction. Multiple alternatively spliced transcript variants, which encode the same protein, have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans using proteomics and RNA sequencing on peripheral blood samples from sepsis patients and healthy volunteers identified CD59 as a protein-coding gene with high expression in the sepsis group based on RNA sequencing data and located it at the center of the protein-protein interaction network, suggesting its role as a potential diagnostic biomarker for sepsis [Wang et al. DOI:10.2147/IDR.S380137].