Basic Information

Symbol
CD68
RNA class
mRNA
Alias
CD68 Molecule CD68 Antigen Macrosialin SCARD1 GP110 LAMP4 Scavenger Receptor Class D, Member 1 Macrophage Antigen CD68 DKFZp686M18236 Gp110
Location (GRCh38)
17:7579380-7582112
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001251.3
Sequence length
1705.0 nt
GC content
0.5584

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-598.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -631.28 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 260.74
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((.....(((((((((((((..((.((((((((((((((((.(((((((........(((((((((((((((((...((((((....((((((((.......)))))))).........((((......))))...((((....((((........((((......((..(((.............)))..))......)))).......))))......))))...........(((.......))).((......)).)))))).........................(((((((......)))..))))....((....))...))).)))).))))).)))))..........))))).)).)))........))))))...(((...((.....)).....)))((((...((((.((((.((.((.....)).((((((......))))))..(((((((((((((((((............)))...))))....((((((.......((((((((..((((...)))).)).)))))))))))).....(((((......))))).............))))))))))...)).))))))))...)))).))))))))).))....)))))))))))((((((.(((.(((.......))))))..)))))).....(((.....)))...(((((((((.(((((..(((((((....(((.((.((.(((((((.((.(((.(.(((.((.((((.(((...))).))))))))).).))).))))))))).)))).)))..(((...(((((.(((((((......(.(((((((((((((((((((((....((((..(((((.......((......))........)))))..))))....))))))))).....(((((((..(((((.....)))))..)))))))..........)))))))).)...))).)...(((((((.((((......((((.((....))..))))((((((((((((.......(((.....)))......(((........)))((((...)))).....((((....))))......)))))))...))))).(((((((.(.((.((((((((((((((.((((((((((..(((.(((((((.......................(((((((..........))))))).(((((((((....)))))))))...((((((....))))))((((((((((((.(..((((((..(((((((.(((...)))...)))))))..)..)))))..)))))))))................)))).(((.(((.(((((.((..(.(((.((.((((((((((.((.((((((....(.(((((....))))).).)))))))).))).))))))))).))).)..)).))))).))).)))....((((.(((..((......)).)))))))..)))))))..(((((((.((......)).))))))).))).)))))).)))).))))).................((.....))))))))))).)).))))))))..)))))))))))...........))).)))).))))).)))...)))))))..))))).)))))..))))....))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((({.....{((((((((((.(,.((.((((((((((((((((.(((((((........(((((((((((((((((...((((((....((((((((.......)))))))).........{(((......)))},..,,......,(((.....,,,|||{...|||||,.((((.....)))).....({.||..,...}}}}..................||....,,......(((.......))).{{......}).)))))}.........................(((((((......)))..))))....((....))...))).))))},)))).)))))..........)))))}),.)))........))))))...{((...{(.....)).....))}((((...((((.(((({({.((.....)).((((((......))))))..((((((((((((((({(............}}}...)))),...{(((((.......((((((((..((({...}))).)).)))))))))))}...,,(((((......))))).,}..........}))))))))).,.)),))))))))...)))).)))))))))..}....))))))))))|((((((.(((.(((.......))))))..))))))},,,,,,,...,,))}...(((((((((.(((((..(((((((....(((.(,{((.(((((({,((.(((.(.(((.((.((((.(({...})).))))))))).).))).))))))))).)))).)))..|{,...(((((.(((((((...,..{.({{{(((((((((((((((((..,.((((..(((((....,..{,......}}..}.....)))))..))))....))))))))}.,{(((((((((..(((((.....)))))..))))))}..)}},...,)))))))).)...))}.....(((((({{((((......((((.((....))..))))((((((((((((.{.....{((.....))}......(((........)))((((...))))....|((((....))},,,....)))))))...))))).(((((((.(.((.((((((((((((((.((((((((((..(((.(((((((...,,..................(((((((..........))))))).(((((((((....)))))))))...((((({....})))))(({,((((((((.(..((((((..(((((((.{{(...,}}...)))))))..)..}))))..)))))))))..,,............,||{{{,{,|{{,{{{{,..,}}|,{|||||{{({{{(((((,{{.{{||||,.,,{.(((((....))))).,.||||||}}.|||,|}}||||||{}||{|{,,|.||}},.....)),..},|||{}|||}}||,,,,}}}),))))}},..)))))))..(((((((.((......}).))))))).))).)))))).)))).))))).......,{,.......||.....,,))))))))),)}},)))))))..)))))))))))......,}...)))}}})).))))).,,,...)))))))..))))).)))))..))))....,)))).

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001040059.2 NCBI
GCAGACAGCCUAGCUGGACUUUGGGUGAGGCGGUUCAGCCAUGAGGCUG… 1624 nt 0.5597
NM_001251.3 NCBI
GCAGACAGCCUAGCUGGACUUUGGGUGAGGCGGUUCAGCCAUGAGGCUG… 1705 nt 0.5584
Summary

This gene encodes a 110-kD transmembrane glycoprotein that is highly expressed by human monocytes and tissue macrophages. It is a member of the lysosomal/endosomal-associated membrane glycoprotein (LAMP) family. The protein primarily localizes to lysosomes and endosomes with a smaller fraction circulating to the cell surface. It is a type I integral membrane protein with a heavily glycosylated extracellular domain and binds to tissue- and organ-specific lectins or selectins. The protein is also a member of the scavenger receptor family. Scavenger receptors typically function to clear cellular debris, promote phagocytosis, and mediate the recruitment and activation of macrophages. Alternative splicing results in multiple transcripts encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CD68 transcript was upregulated 3.3-fold in the injured ipsilateral neocortex three days post-closed head injury, indicating its role as an integral membrane marker associated with inflammatory responses [Israelsson et al. DOI:10.1089/neu.2008.0676]. In human bioinformatics research, the CD68 gene was utilized as a marker for manual annotation of macrophage clusters in carotid atherosclerosis datasets, supporting its identification in specific immune cell populations [Xue et al. DOI:10.3233/JAD-230559]. In human traumatic brain injury, analysis of pericontusional tissue showed the CD68 mRNA was upregulated by 36% in one patient [Michael et al. DOI:10.1016/j.jocn.2004.11.003].