Basic Information

Symbol
CD84
RNA class
mRNA
Alias
CD84 Molecule SLAMF5 HCD84 MCD84 Signaling Lymphocytic Activation Molecule 5 Leukocyte Differentiation Antigen CD84 CD84 Antigen (Leukocyte Antigen) Cell Surface Antigen MAX.3 SLAM Family Member 5 Hly9-Beta Leucocyte Differentiation Antigen CD84 Leukocyte Antigen CD84 CD84 Molecule CD84 Antigen LY9B
Location (GRCh38)
1:160541095-160579516
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003874.4
Sequence length
8204.0 nt
GC content
0.4325

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2367.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2519.89 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2156.57
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001184879.2 NCBI
AAACUGACUCUGCUAGAACAGUGCCGUGCUUUUCCACAGAAGGUUAGAC… 8255 nt 0.4326
NM_001184881.2 NCBI
AAACUGACUCUGCUAGAACAGUGCCGUGCUUUUCCACAGAAGGUUAGAC… 8106 nt 0.4324
NM_001184882.2 NCBI
AAACUGACUCUGCUAGAACAGUGCCGUGCUUUUCCACAGAAGGUUAGAC… 7862 nt 0.4317
NM_001330742.2 NCBI
AAACUGACUCUGCUAGAACAGUGCCGUGCUUUUCCACAGAAGGUUAGAC… 8237 nt 0.4326
NM_003874.4 NCBI
AAACUGACUCUGCUAGAACAGUGCCGUGCUUUUCCACAGAAGGUUAGAC… 8204 nt 0.4325
Summary

This gene encodes a membrane glycoprotein that is a member of the signaling lymphocyte activation molecule (SLAM) family. This family forms a subset of the larger CD2 cell-surface receptor Ig superfamily. The encoded protein is a homophilic adhesion molecule that is expressed in numerous immune cells types and is involved in regulating receptor-mediated signaling in those cells. Alternate splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CD84 transcript, a marker for cell adhesion, was upregulated 3.1-fold in the injured ipsilateral neocortex three days post-closed head injury, as identified via GeneChip microarray profiling and validated by qRT-PCR [Israelsson et al. DOI:10.1089/neu.2008.0676].