Basic Information
Symbol
CDC27
RNA class
mRNA
Alias
Cell Division Cycle 27
ANAPC3
APC3
D0S1430E
D17S978E
NUC2
Cell Division Cycle Protein 27 Homolog
Anaphase Promoting Complex Subunit 3
D0S1430E, D17S978E
CDC27Hs
H-NUC
Anaphase-Promoting Complex, Protein 3
Anaphase-Promoting Complex Subunit 3
Cell Division Cycle 27 Homolog
CDC27 Homolog
Nuc2 Homolog
HNUC
Location (GRCh38)
17:47117703-47189422
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
MANE select
Transcript ID
NM_001256.6
Sequence length
5830.0 nt
GC content
0.3681
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1474.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-1596.37 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1546.68
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((..(((((((((..(((((.(((.(.(.......).).))).)))))))))))..))).........)))))))))..((((.((((.....))))))))))))...(((..(((((((((((((((((((((((..((..((.((((((...........))).)))))...))..)))).)))..)))).))))..))))...(((((((.....((((((..(((((..((((((..(((((..............)).)))..)))))).........((((((((((.(((..(((((.(((((((..((((....(((.....(((..((((((...(((.(((((....))))))))))))))..))).(((((...(((((((((....(((((...))))).....)))).)))))..))))).(((((((....)))))))(((((..(((..(((((....)))))...)))....)))))..........(((((((((((((.(((((((((....(((((....(((..(((((...(((((((((((((.(((..((((...))))....(((.....)))((((((((((............(((((((((((.((((.(..........))))).......((((.......))))....(((((.((.(((((.((((((...(((((.....((((.((.((((((.....((((.....(((((((....(((((........)))))...))))))).....))))(((((((((.....(((((((...))))))).....)))))..)))).(((((((((((((...))))((((((....................((((.......)))).....((((((...............)))))).........(((((((....(((.(.((((((.((((.......)))).)))))).).))).)))))))............................))))))(((((.((.(((((...(((((((((.........(((((((.(((......)))((((((((((.....((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((.((((((((((((.(((((..((....((((.........((((((........((((((((.(.((((((((.(((((........((...)).....((((((......(((((((((((((((((..((.((((((((((((...((..(((((......((.((((((((.(((.......................(((...))).....(((..((.....))..)))...........)))..)))))))).))......((((.((((.(((((((((((((((.....)))..........((((...((((((((((...((.(........).))..))))))))))))))....)))).)))))))))))).))))...(((((((.(((..........)))..))))))).....)))))..))..))).))).................))))))))..)))).(((...)))((((((((.(((((..(((((((.((....))...)))))))....(((((((.((......(((((((((...............(((((..((.((((((((.........((((((((....)))))))).....((((..(((((.((.....)).)))))..)))).........(((((....)))))(((((....((((.(((.....(((((((((((((((...((.(((.....((((((((..............((((((..(((.....((((((((((...........)))))))))))))..)))))))))))))).......))).))...))))))))...((((....((((((.((((((((..(((........)))..)))))))).))))))......))))..............)))))))...))).))))....)))))..............((((((........))))))......)))))))).))..))))).((((.....))))....(((((((...........)))))))....)).)))))))...(((((((((((((((((.....(((((....))))))))))).............((((((........)).))))(((.((((......)))).))).....((((((.......(((((((...((......))...))))))).(((((....).)))).((((.((........))..))))...)))))).(((((((..((((((((.....(((...((((((((((....((((((..((((((..((((((.....(((((((((((.((........)).))))............((((((((((.((((((.((.((.(.......).)).)))))))).))).(((((.....)))))..)))))))...(((((((.(((((........)))))..))).)))).......(((((...(((((((((..((((........((((.((((((((....)).))))))))))..(((((((.((...)).)))).))).....)))))))))))))......((((((..........)))))).)))))(((((........)))))((((((....))))))(((((((.(((.(((((((..........)))))))))).))))))).)))))))....))))))....))))))...))))))..((((((((.((((..((((.((((((((.(((....((((((......))))))))))))))..................((((..(((((((.....))).).))).))))..))).))))))))))))))))(((((((((((((.((((((((..((((((....((((((((........)))))((((..((.((((...((((((((...........((((((..(((((..((....)).))))).))))))(.(((.(((((.(((...........))).)))))))).)......((((((((..(((((......)).)))..))))))))..))))))))...)))))).))))...)))....))))))))).)))))))))))))................))))))))))))))).)))))).))))).)))))))........((((....)))))))))).))))).)).)))))))..)))))..)))))))).......((((..(((((.....)))))...))))....))))..)))))))))))))))..)))))..))))))))...).))))))))........)))))).......((((((........))))))...........))))...))..)))))(((....)))..)))))))))).)).)))))))))))))))......))))))))))...((((((.(((((...((.....)))))))...))))))((((.....(((((...)))))))))....((((((((.....((((......)))).....))))))))..)).)))))))))).....)))).)))))).......))))))))).).))))))...))))))))))))....((((((((((((.(((.....)))))))))....)))))).(((((((..((..((((((((.....))))))))..))..))))))).....(((((((((((....)))))))))))......(((((....))))).)))))))))..(((((....))))))))))))).))))..)))))...(((........)))(((((...((((.(((.........))).))))...)))))...))))))..))))).)))))))..))))))))))).........((((....))))((((((.((.....)).))))))((((((.(((......))))))))).......................))))))))))...(((((...)))))(((.((((((...((((((((........)))))..)))..)))).)).))).........((((((....))))))...)))..))))))......................))))))).........)))))..)))....((((....)))).........)))))))))))))).......)))))).............))))))).)))...))))..))))))).))))).))))))).))))))....)))))...)))))))))))))..........(((((((((((((((..........(((((.(((..((..((((((((..((..((((((.(((.((((((((((........))))))))))))).))))))..)).))))))))....))..))).)))))((..(((((....)))))..))(((((((.....))).))))))))))))........)))))))((((((((((.((((((..(......)..))))))((....(((((((((((.((.....((((((((...(((((((((((((((((((((((((..((((.....))))..)))))))))))....))))))))).((((((((......))))))))..(((((........))))).......(((((..(((((((....)))))))..........)))))..........(((((((((((((((.((((((((((((.(((((((((((...))))))))))).)))))))))))).)))))))))))))))....((((((......)))))).............(((((((.(((((.((((((.((((((.(((((((....((((((((..(((((.((((((((....)))))..))))))))...)))))))))))))))..........((((((...(((((((...((((.....))))...)))))))...))))))......))))))..))))))))))).)))))))...)))))((((........)))).....((((.(((..((((..(((..(((.(((((((.....))))))))))..)))..))))..))).))))..))))))))..)).)))).((.(((((.((((((.((((....)))))))))).))))).)).)))))))..))....))))))))))((((((((((((((((....(((((((...(((..(((((((((..((((((((((((.(((((........(((((((..(((((((.((((((....)))))).)))))))...))))))).......((((.......))))..(((((((.(((....))).)))))))....)))))))))))))..........(((((((.(((...........))).))))))).))))..)))))))))..))))))))))....)))).))))))........................)))))).........................))))..))).....(((((((.((((......))))...)))))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((((,.{{{{{((((..(((((.(((,(.(,,.....}.}.)}}.))))})))))),,)}},,,,.....)))))))))..((((.((((.....))))))))))))...(((.,(((({(({((((((((({{{{{{..((,{((,...{||,{((((.,,......}}))))}.)),.}}}),))),,)))).))))..}|}|,,,(((((((.....((((((..(((((..((((((..{((((..,,,{........}}.))),.}})))}...,,,,},((((((((((.{((..(((((.(((((((..(((({{...||......(({{((((({.,{({{{{(,,,.,{{||||{{,,,|,,,{{{{{{,(((((,{.(((((((((....(((({...})))).....)))).))))).,))))).(((((((....))))))),,,,|..,,}}}||||,}}}})))))}},}})},}}))))).}}}...,(((((((((((((((,(((((((((....(((((....({{..{{{{(,..(((((((((((((..,,..{(((,,,||}}....(((.....)))((((((((((............(((((((((((.,(({,{,.,.{,,.,,|||||....,,.{{((.......}})),..,({,{{.{{|{{{,,.{,{|||}|}|{{||,...,||||,,,.(((,,(,.,{,((((,....(((((((....{{|{{.,,....,|||||...,||||||.,...,}})|||||{,||,},,.(((((((...)))))))...,,}|||}..|||},((((({(((((((...)))}.}}|(((,(({{{.{,,{{{......|||{.......}}||...,,{(|||...}}}}},|||||,{}},.,}..,}}}}||||,,,{,..,,{{{,{,{{{(((.((((.....,.)))}.))}}}}|}}})).}|))|,},,.................,,,,.,,,,{,,}|||{{{(.{(,{{{{{,..{{{({{{,{,........{((((({.(((,,....}}}(({({({({{...,,{{((({{{{{{{.((((((((((((((({((((((((((.((((((((((((..,,,,..,{,{,{({{...,,,,,..((((((...,....((((((((({,(((({(((,,{{{({{{{....(({{{{{{{..{{((({,.{{{(,,((,,({{{{((,({{,,({{,,,{,.,,(((({.({{..,,{{{{..,,,,.{,{(((((({{{{....{{{,................,{|....,,.....,{({{,.....}))..,||..,.....||.|||{((((||.||.{,,,({{((.((((({{{{{{(((,,((((({(.....}}}...{{{.....,,,|},|{{{((((((,,{((.......{{,{,{|,{{(((((,,{({{{(((((((((({...))))))}}})))}...{{(((((,(((..........)))..)}})}}}.,,....,,,,,}}}})).))))))}.,(((.{,......}))},||||,.},}}}},,,.|}||||}||},|||||||.,||||||,}},,,,||..,|||||||,..(((((((,..,{,.....,.}))))))}..|{{{{{,{,,,,,.{{{{{..,.,))))},,.....,||(((((((....}))))))|||}))))))}}|{|((,.,..,,,||,}||}|..,||{,..,{(((((.(((.(((..((((((,|,,.(((((((((((((((((.,,..((((.(((((((.{{{,.......(({...}}}(((((((((((((((({.,,,.....((((((((((,........},)))))))))){(((((...........,,)))))|(((....||||{((((.(((((((..,,.((((((.((((((((..(((........)))..)))))))).)))))).......(((((...........))))).,,...))))))).,,)))))}.}}}..}})))}...((((((........)))))).....))))).))))))....}}},((((.....))))....(((((((...........)))))))..)))))}}).)))).{({....}}}.(((((((...,,,((,,..,.)),,,)))))))...........,{(((((........))},)))).))}}))))))))....))))))...,....,,{..,..(((((((...{{,.....}},,.))))))).}}|,....))))))..)))))).)))))}|{{{{{{((,({{((,{,,..,|||....}}}||{..,..,,..|||,,...)}}..,}},,...,|||||||}}.}))))))),}))}))))),.||||}||.,,.....}|.||||,.........}}))}|}||{({.((((((.((.((.(.......).)).)))))))).))){{{({{..||,,||||,.}}}})))}}.}||,|}}}}|,....})}}..))),))})))},,))))))}))))),||..(((((((((.|((({....,,,.((((.((((((((....)).))))))))))..((((((({(,..,}},|}}},})).....},},)))))))))..}}.))|||||}}........|}}}}}...,..(((((........))))),{{{{{....))))))))))))),))))))))||||||{||||,,|}||||{,,||,}},,,.,},)}})}},)),.,)),}}}}}))))))))..|||},.(((((((((((((..((((.(((((,,,,(((,,..((((((......}))))),,},,,}},,,,,..,..,,,|,,,,{({{{,(({||,|...}})))}}.,))}),,,})))).))))))))))))))))..||,((((((({{(((((({{{,((((({....,{{|||{|...,,,{,|||||((((..({{((((...((((((((.........{.((((((..(((((..{{....}).))))).)))))),}(((.(((((.(((.........,.))).)))))))).,......{(((((((..((({{......}}.)))..))))))))..))))))))...)))))).})}},},}}}..,,))))))))}}))))))))))))).,{{,{,..((((({..{{{{.,{{.,{{((({{((({,.(((.((((((((({{((((.((((....)))).)))))))))..))))).)))..(((.......))).,,,,,.....,,||,,|((((.....)))))},,))))})}....})),)))))))))),}}}}})))}|,,|}}}}))),..}.)))))))).....,..)))))).......((((((........))))))..........,}{{{{....}}))}||{((....))))})))))))))).)).)))))))))))))))......))))))))))...{(((((.(((((...{{....,)}})))),,.)))))},,,,..{,.(((({...))))}.})}}}}}{|||||{{,},..||||,,}},,)))),....,|||}}|||,,||||||||}}}}.},},)))),))}})),......,}||||||}.|,|}|}}}...}})))}}))}}}....{{{{{|||||{{.{{{.....}})))))),..,})))))),(((((((..((..((((((((.....))))))))..))..))))))){{({.(((((((((((....))))))))))).,,,..||||{....,||}|{|}}|||||}..(((({.,,,|,,,.)))),))),)},)}}))))),,.(((........)))(((((...((((.(((.........))).)))).,.))))).,})))))}..,},))}))}}}}}..))))))))))).........((((....))))((((((.{{.....}}.)))))),{{{{{.{{{..,...}||||||||..............,}}},,,..))))))))))...(((((...))))){({.(({({{.,.,,{{{{{{,....,..)}})),.}})}.}))),)},}}}...,,....((((((....}))))),..,}},,)))))).............,,....,,,)))))))..}}....,||}}}..}}}..,.{{{{....)))}.,,,,....))))))))))))}}...,,}.))))))}............,)))))}}))....))))..))))))).))))).))))))))))}))}....)))))...))))))))))))}...,,,},..((((((((((((((({.........(((((.{((..{{..((((((((..((..((((((.(((.((((((((((.{,...,}))))))))))))).))))))..)).))))))))....}}..))).)))))((..(((((....)))))..)){((((((.....))).))))))))))))........)))))))((((((((((.((((((..(......)..))))))|{....(((((((((((.((...,.{(((((((...{{{({{((((((((((((((((((({{(((......)))),,})))))))))),...}))))))}}.((((((((......))))))))..{((((........))))}.......,,,{|||{|{{{{,....,)))))).......,,,},}}}.....,.,..(((((((((((((((.((((((((((((.(((((((((((...))))))))))),)})))))))))).)))))))))))))))....((((((....,})))),}.,.{{{.......(((((((.(((((.{(((((.((((((.,((((((....((((((((..(((((.{(((((({....})))}.}})})))))...))))))))))))))|,,,....,..{(((((...(((((((...((((.....))))...)))))))...)))))}......))))))..)))))}))))).)))))))..,)}))){(((........)))).....((((.(((..((((..(((..(((.(((((((.....))))))))))..}))..))))..))).))))..)))))))),.)).)))).({.(((((.((((((.((((....)))))))))).))))).)).)))))))..}}....))))))))))((((((((((((((((....(((((({.,{{((..(((((((((,{{{({((((((((.(((((,,,...{,(((((((..(((((((.((((((....)))))).)))))))...)))))))}......{{{{.,,,...}))),.{((((({.(({....))).))))))}....)))))))))))))..........(((((((.(((.,......,,.))).))))))).,}}}.,)))))))))..})))))))))....)))).))))))..{{{{....,......,,}}}}.})))))...,{,,....,},,,....,.,,.)))),.)))..,,.(((((((((((,{....,),)))),))))))).,,.........
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| GCUCGGCCUCCCCCAUCCCCCGGUAACGGUCGCUGGUGAGUUUAAAUGA… | 5848 nt | 0.3680 | |
| GCUCGGCCUCCCCCAUCCCCCGGUAACGGUCGCUGGUGAGUUUAAAUGA… | 5830 nt | 0.3681 | |
| GCUCGGCCUCCCCCAUCCCCCGGUAACGGUCGCUGGUGAGUUUAAAUGA… | 5827 nt | 0.3681 | |
| GCUCGGCCUCCCCCAUCCCCCGGUAACGGUCGCUGGUGAGUUUAAAUGA… | 5682 nt | 0.3671 | |
| GCUCGGCCUCCCCCAUCCCCCGGUAACGGUCGCUGGUGAGUUUAAAUGA… | 5766 nt | 0.3673 | |
| GCUCGGCCUCCCCCAUCCCCCGGUAACGGUCGCUGGUGAGUUUAAAUGA… | 5763 nt | 0.3673 | |
| GCUCGGCCUCCCCCAUCCCCCGGUAACGGUCGCUGGUGAGUUUAAAUGA… | 5618 nt | 0.3663 | |
| GCUCGGCCUCCCCCAUCCCCCGGUAACGGUCGCUGGUGAGUUUAAAUGA… | 5574 nt | 0.3667 | |
| GCUCGGCCUCCCCCAUCCCCCGGUAACGGUCGCUGGUGAGUUUAAAUGA… | 5631 nt | 0.3665 |
Summary
The protein encoded by this gene shares strong similarity with Saccharomyces cerevisiae protein Cdc27, and the gene product of Schizosaccharomyces pombe nuc 2. This protein is a component of the anaphase-promoting complex (APC), which is composed of eight protein subunits and is highly conserved in eukaryotic cells. This complex catalyzes the formation of cyclin B-ubiquitin conjugate, which is responsible for the ubiquitin-mediated proteolysis of B-type cyclins. The protein encoded by this gene and three other members of the APC complex contain tetratricopeptide (TPR) repeats, which are important for protein-protein interactions. This protein was shown to interact with mitotic checkpoint proteins including Mad2, p55CDC and BUBR1, and it may thus be involved in controlling the timing of mitosis. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. Related pseudogenes have been identified on chromosomes 2, 22 and Y. [provided by RefSeq, May 2014]
Forensic Context
A study in mice demonstrated that the CDC27 is a marker for cycling B-cells, as it is enriched in the cycling B-cell subpopulation (Cyc) [Bian et al. DOI:10.3892/mmr.2025.13680]. A study in humans analyzing pericontusional brain tissue from traumatic brain injury patients via cDNA microarray identified the CDC27 as a differentially expressed mRNA involved in cell cycle and apoptosis, showing down-regulation by 28% in patient T3 and 24% in patient T4 [Michael et al. DOI:10.1016/j.jocn.2004.11.003].