Basic Information

Symbol
CDC42SE1
RNA class
mRNA
Alias
CDC42 Small Effector 1 SPEC1 SCIP1 Small Effector Of CDC42 Protein 1 CDC42 Small Effector Protein 1 CDC42-Binding Protein SCIP1 Small Protein Effector 1 Of Cdc42 Signaling Molecule SPEC1 Beta 1300002M12Rik
Location (GRCh38)
1:151050971-151070325
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_020239.4
Sequence length
3006.0 nt
GC content
0.4744

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-994.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1051.58 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 772.40
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001038707.2 NCBI
AGCCGGCCCCACCUCUGCCGGCUCGUACUCGGCUCCCCCACCUCGCCGC… 3142 nt 0.4749
NM_020239.4 NCBI
AGCCGGCCCCACCUCUGCCGGCUCGUACUCGGCUCCCCCACCUCGCCGC… 3006 nt 0.4744
Summary

Predicted to enable GTPase inhibitor activity. Predicted to be involved in signal transduction. Located in cell junction. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in human menstrual blood-derived stem cells (MenSCs) demonstrated that the CDC42SE1 gene, associated with cytoskeleton formation, was down-regulated with increasing donor age [Chen et al. DOI:PMC4713568].