Basic Information

Symbol
CDH1
RNA class
mRNA
Alias
Cadherin 1 Uvomorulin CD324 UVO Cadherin 1, Type 1, E-Cadherin (Epithelial) Epithelial Cadherin E-Cadherin Cadherin-1 CAM 120/80 CDHE Calcium-Dependent Adhesion Protein, Epithelial Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Cadherin 1, E-Cadherin (Epithelial) Cell-CAM 120/80 CD324 Antigen E-Cadherin 1 Arc-1 BCDS1 ECAD LCAM
Location (GRCh38)
16:68737292-68835540
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004360.5
Sequence length
4811.0 nt
GC content
0.4824

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1535.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1621.77 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1074.12
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001317184.2 NCBI
AGUGGCGUCGGAACUGCAAAGCACCUGUGAGCUUGCGGAAGUCAGUUCA… 4628 nt 0.4827
NM_001317185.2 NCBI
AGUGGCGUCGGAACUGCAAAGCACCUGUGAGCUUGCGGAAGUCAGUUCA… 4878 nt 0.4828
NM_001317186.2 NCBI
AGUGGCGUCGGAACUGCAAAGCACCUGUGAGCUUGCGGAAGUCAGUUCA… 4665 nt 0.4817
NM_004360.5 NCBI
AGUGGCGUCGGAACUGCAAAGCACCUGUGAGCUUGCGGAAGUCAGUUCA… 4811 nt 0.4824
Summary

This gene encodes a classical cadherin of the cadherin superfamily. Alternative splicing results in multiple transcript variants, at least one of which encodes a preproprotein that is proteolytically processed to generate the mature glycoprotein. This calcium-dependent cell-cell adhesion protein is comprised of five extracellular cadherin repeats, a transmembrane region and a highly conserved cytoplasmic tail. Mutations in this gene are correlated with gastric, breast, colorectal, thyroid and ovarian cancer. Loss of function of this gene is thought to contribute to cancer progression by increasing proliferation, invasion, and/or metastasis. The ectodomain of this protein mediates bacterial adhesion to mammalian cells and the cytoplasmic domain is required for internalization. This gene is present in a gene cluster with other members of the cadherin family on chromosome 16. [provided by RefSeq, Nov 2015] CIViC Summary for CDH1 Gene

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the CDH1 (E-cadherin) was significantly upregulated in the plasma of coronary artery disease (CAD) patients compared to healthy controls and showed high diagnostic predictive value with an area under the curve (AUC) of 0.90 in receiver operating characteristic (ROC) analysis [Abdallah et al. DOI:10.1007/s40291-022-00622-1].